靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00006890-RA_Salv |
SmilChr04G000157 |
bHLH | XP_057807462.1 |
MP00081 |
AGCCACGTGA |
9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 93 / 135 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr03G001417 |
Chr03 | NC_080389.1:16817029-16817038promoter 内 172-181 bp |
- | 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.3/ 100 | 1 | 16810959-16813209(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TACCACGTGT |
SmilChr02G002701 |
Chr02 | NC_080388.1:46842147-46842156promoter 内 169-178 bp |
+ | 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.3/ 100 | 1 | 46845979-46850611(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
AACCACGTGC |
SmilChr05G002692 |
Chr05 | NC_080391.1:30648989-30648998promoter 内 141-150 bp |
- | 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.3/ 100 | 1 | 30643519-30645138(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
GGACACGTGA |
SmilChr01G003601 |
Chr01 | NC_080387.1:54564934-54564943promoter 内 127-136 bp |
- | 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.3/ 100 | 1 | 54568808-54571642(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
GCACGTGGTT |
SmilChr02G003849 |
Chr02 | NC_080388.1:60239496-60239505promoter 内 114-123 bp |
+ | 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.3/ 100 | 1 | 60233021-60235618(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
GCACGTGGTT |
SmilChr01G002384 |
Chr01 | NC_080387.1:41063639-41063648promoter 内 86-95 bp |
- | 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.3/ 100 | 1 | 41067554-41070519(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
GCACGTGGTT |
SmilChr02G003522 |
Chr02 | NC_080388.1:56391650-56391659promoter 内 72-81 bp |
+ | 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.3/ 100 | 1 | 56395579-56397687(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
AACCACGTGC |
SmilChr03G001030 |
Chr03 | NC_080389.1:12017318-12017327promoter 内 41-50 bp |
+ | 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.3/ 100 | 1 | 12012932-12013367(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
ACACGTGGTA |
SmilChr04G003379 |
Chr04 | NC_080390.1:50346941-50346950promoter 内 27-36 bp |
+ | 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.3/ 100 | 1 | 50330508-50342976(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
ACACGTGGTA |
SmilChr04G002386 |
Chr04 | NC_080390.1:38403558-38403567promoter 内 7-16 bp |
- | 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.3/ 100 | 1 | 38396918-38399573(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
AACCACGTGC |
SmilChr02G002824 |
Chr02 | NC_080388.1:48356450-48356459promoter 内 547-556 bp |
+ | 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 4 | 48351833-48353005(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr02G001031 |
Chr02 | NC_080388.1:18239386-18239395promoter 内 3387-3396 bp |
+ | 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 3 | 18236777-18238781(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr04G002655 |
Chr04 | NC_080390.1:41957776-41957785promoter 内 1830-1839 bp |
- | 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 3 | 41959947-41960776(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr02G000572 |
Chr02 | NC_080388.1:8181705-8181714promoter 内 3330-3339 bp |
- | 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 2 | 8088579-8181043(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
CACCACGTGA |
SmilChr02G001384 |
Chr02 | NC_080388.1:26343925-26343934promoter 内 1176-1185 bp |
- | 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 2 | 26346750-26349169(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr01G003288 |
Chr01 | NC_080387.1:51567723-51567732promoter 内 429-438 bp |
- | 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 2 | 51558949-51564160(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
CACCACGTGA |
SmilChr02G002201 |
Chr02 | NC_080388.1:39238820-39238829promoter 内 184-193 bp |
+ | 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 2 | 39230773-39235012(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr04G002864 |
Chr04 | NC_080390.1:44752693-44752702promoter 内 3989-3998 bp |
- | 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 44752705-44755034(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr02G002850 |
Chr02 | NC_080388.1:48677980-48677989promoter 内 3946-3955 bp |
- | 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 48674009-48677934(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
CACCACGTGA |
SmilChr01G000903 |
Chr01 | NC_080387.1:19086467-19086476promoter 内 3925-3934 bp |
+ | 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 19085731-19086400(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr03G004588 |
Chr03 | NC_080389.1:63730120-63730129promoter 内 3892-3901 bp |
+ | 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 63722991-63730020(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr01G000662 |
Chr01 | NC_080387.1:14736230-14736239promoter 内 3588-3597 bp |
- | 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 14736643-14738495(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr05G000761 |
Chr05 | NC_080391.1:5894529-5894538promoter 内 3375-3384 bp |
+ | 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 5895155-5898721(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
CACCACGTGA |
SmilChr01G005696 |
Chr01 | NC_080387.1:73232277-73232286promoter 内 3090-3099 bp |
- | 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 73233188-73241369(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr01G004670 |
Chr01 | NC_080387.1:64798106-64798115promoter 内 2953-2962 bp |
- | 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 64795713-64797067(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
CACCACGTGA |
SmilChr01G004998 |
Chr01 | NC_080387.1:68019728-68019737promoter 内 2801-2810 bp |
- | 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 68020928-68023989(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr01G003416 |
Chr01 | NC_080387.1:52796398-52796407promoter 内 2714-2723 bp |
+ | 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 52797685-52800784(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
CACCACGTGA |
SmilChr05G000412 |
Chr05 | NC_080391.1:3130904-3130913promoter 内 2697-2706 bp |
+ | 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 3121589-3129609(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr01G004098 |
Chr01 | NC_080387.1:59438384-59438393promoter 内 2377-2386 bp |
+ | 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 59440008-59447385(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
CACCACGTGA |
SmilChr01G005695 |
Chr01 | NC_080387.1:73232277-73232286promoter 内 2301-2310 bp |
- | 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 73223758-73230586(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
CACCACGTGA |
SmilChr01G003289 |
Chr01 | NC_080387.1:51590778-51590787promoter 内 2078-2087 bp |
- | 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 51592701-51596225(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
SmilChr05G001613 |
Chr05 | NC_080391.1:14857674-14857683promoter 内 2036-2045 bp |
- | 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 14852260-14855718(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
CACCACGTGA |
SmilChr03G003995 |
Chr03 | NC_080389.1:58991229-58991238promoter 内 2022-2031 bp |
- | 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 58993208-58995627(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
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Chr01 | NC_080387.1:71881341-71881350promoter 内 1983-1992 bp |
- | 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 71883359-71887955(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
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+ | 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 17293787-17295810(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
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- | 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 46562883-46564539(+) |
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- | 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 28085535-28090191(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
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TCACGTGGTG |
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- | 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 69310133-69311824(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
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+ | 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 49276093-49281214(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
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TCACGTGGTG |
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SMil_00006890-RA_Salv |
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CACCACGTGA |
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MP00081 |
CACCACGTGA |
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SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
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SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
TCACGTGGTG |
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SMil_00006890-RA_Salv |
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TCACGTGGTG |
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+ | 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 15211923-15213264(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
CACCACGTGA |
SmilChr05G001629 |
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+ | 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 15211925-15213264(+) |
SMil_00006890-RA_Salv |
MP00081 |
CACCACGTGA |
SmilChr01G002494 |
Chr01 | NC_080387.1:42693528-42693537promoter 内 678-687 bp |
+ | 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.2/ 100 | 1 | 42685787-42690214(-) |
SMil_00006890-RA_Salv |
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SmilChr05G002111 |
Chr05 | NC_080391.1:22127621-22127630promoter 内 241-250 bp |
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