转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 93 / 135 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001417 Chr03 NC_080389.1:16817029-16817038promoter 内 172-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 16810959-16813209(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TACCACGTGT
SmilChr02G002701 Chr02 NC_080388.1:46842147-46842156promoter 内 169-178 bp + 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 46845979-46850611(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AACCACGTGC
SmilChr05G002692 Chr05 NC_080391.1:30648989-30648998promoter 内 141-150 bp - 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 30643519-30645138(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGACACGTGA
SmilChr01G003601 Chr01 NC_080387.1:54564934-54564943promoter 内 127-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 54568808-54571642(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGTT
SmilChr02G003849 Chr02 NC_080388.1:60239496-60239505promoter 内 114-123 bp + 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60233021-60235618(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGTT
SmilChr01G002384 Chr01 NC_080387.1:41063639-41063648promoter 内 86-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 41067554-41070519(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGTT
SmilChr02G003522 Chr02 NC_080388.1:56391650-56391659promoter 内 72-81 bp + 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56395579-56397687(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AACCACGTGC
SmilChr03G001030 Chr03 NC_080389.1:12017318-12017327promoter 内 41-50 bp + 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 12012932-12013367(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGTA
SmilChr04G003379 Chr04 NC_080390.1:50346941-50346950promoter 内 27-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50330508-50342976(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGTA
SmilChr04G002386 Chr04 NC_080390.1:38403558-38403567promoter 内 7-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 38396918-38399573(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AACCACGTGC
SmilChr02G002824 Chr02 NC_080388.1:48356450-48356459promoter 内 547-556 bp + 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 48351833-48353005(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr02G001031 Chr02 NC_080388.1:18239386-18239395promoter 内 3387-3396 bp + 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 18236777-18238781(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr04G002655 Chr04 NC_080390.1:41957776-41957785promoter 内 1830-1839 bp - 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 41959947-41960776(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr02G000572 Chr02 NC_080388.1:8181705-8181714promoter 内 3330-3339 bp - 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 8088579-8181043(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CACCACGTGA
SmilChr02G001384 Chr02 NC_080388.1:26343925-26343934promoter 内 1176-1185 bp - 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 26346750-26349169(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr01G003288 Chr01 NC_080387.1:51567723-51567732promoter 内 429-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 51558949-51564160(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CACCACGTGA
SmilChr02G002201 Chr02 NC_080388.1:39238820-39238829promoter 内 184-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 39230773-39235012(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr04G002864 Chr04 NC_080390.1:44752693-44752702promoter 内 3989-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 44752705-44755034(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr02G002850 Chr02 NC_080388.1:48677980-48677989promoter 内 3946-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48674009-48677934(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CACCACGTGA
SmilChr01G000903 Chr01 NC_080387.1:19086467-19086476promoter 内 3925-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 19085731-19086400(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr03G004588 Chr03 NC_080389.1:63730120-63730129promoter 内 3892-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 63722991-63730020(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr01G000662 Chr01 NC_080387.1:14736230-14736239promoter 内 3588-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14736643-14738495(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr05G000761 Chr05 NC_080391.1:5894529-5894538promoter 内 3375-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 5895155-5898721(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CACCACGTGA
SmilChr01G005696 Chr01 NC_080387.1:73232277-73232286promoter 内 3090-3099 bp - 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 73233188-73241369(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr01G004670 Chr01 NC_080387.1:64798106-64798115promoter 内 2953-2962 bp - 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64795713-64797067(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CACCACGTGA
SmilChr01G004998 Chr01 NC_080387.1:68019728-68019737promoter 内 2801-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 68020928-68023989(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr01G003416 Chr01 NC_080387.1:52796398-52796407promoter 内 2714-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 52797685-52800784(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CACCACGTGA
SmilChr05G000412 Chr05 NC_080391.1:3130904-3130913promoter 内 2697-2706 bp + 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3121589-3129609(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr01G004098 Chr01 NC_080387.1:59438384-59438393promoter 内 2377-2386 bp + 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 59440008-59447385(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CACCACGTGA
SmilChr01G005695 Chr01 NC_080387.1:73232277-73232286promoter 内 2301-2310 bp - 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 73223758-73230586(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CACCACGTGA
SmilChr01G003289 Chr01 NC_080387.1:51590778-51590787promoter 内 2078-2087 bp - 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 51592701-51596225(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr05G001613 Chr05 NC_080391.1:14857674-14857683promoter 内 2036-2045 bp - 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14852260-14855718(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CACCACGTGA
SmilChr03G003995 Chr03 NC_080389.1:58991229-58991238promoter 内 2022-2031 bp - 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58993208-58995627(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr01G005499 Chr01 NC_080387.1:71881341-71881350promoter 内 1983-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71883359-71887955(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr05G001758 Chr05 NC_080391.1:17297989-17297998promoter 内 1813-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 17293787-17295810(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
SmilChr02G002689 Chr02 NC_080388.1:46560655-46560664promoter 内 1773-1782 bp - 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46562883-46564539(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTG
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