转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 93 / 144 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001671 Chr02 NC_080388.1:30977319-30977333promoter 内 483-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 30980837-30982737(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTACTATTTTTGG
SmilChr01G001247 Chr01 NC_080387.1:24982662-24982676promoter 内 103-117 bp - 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24986560-24987734(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGAGAAACG
SmilChr02G003207 Chr02 NC_080388.1:53239793-53239807promoter 内 87-101 bp + 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 53233294-53235893(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAAT
SmilChr01G000825 Chr01 NC_080387.1:17796005-17796019promoter 内 34-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17789722-17792052(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTGAAAAAGGCAAGA
SmilChr03G003205 Chr03 NC_080389.1:49595890-49595904promoter 内 33-47 bp + 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49589777-49591936(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGATAAT
SmilChr03G001697 Chr03 NC_080389.1:22519125-22519139promoter 内 2636-2650 bp - 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 22520490-22521910(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCGAAAAGGAATAT
SmilChr01G000143 Chr01 NC_080387.1:2427817-2427831promoter 内 2472-2486 bp + 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 2425303-2426302(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCCAAAAAGGAAAGT
SmilChr03G002230 Chr03 NC_080389.1:35210795-35210809promoter 内 2294-2308 bp + 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 35208085-35209102(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCGAAAAGGAATAT
SmilChr03G001521 Chr03 NC_080389.1:18657088-18657102promoter 内 2127-2141 bp - 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 18652653-18655228(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTGTTAAGG
SmilChr04G001846 Chr04 NC_080390.1:30071297-30071311promoter 内 2034-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 30067678-30069344(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCATTTTAAG
SmilChr01G004967 Chr01 NC_080387.1:67778988-67779002promoter 内 2013-2027 bp - 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 67780976-67783807(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTAAAAAGGAAAGT
SmilChr04G002333 Chr04 NC_080390.1:37638454-37638468promoter 内 1685-1699 bp - 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 37632740-37636152(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTACCTTTTTGAG
SmilChr02G003935 Chr02 NC_080388.1:61418824-61418838promoter 内 1435-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 61412549-61416272(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCGAAAAGGAATAT
SmilChr05G002568 Chr05 NC_080391.1:28853649-28853663promoter 内 1332-1346 bp - 2655 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 28849769-28850994(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTAGT
SmilChr03G002132 Chr03 NC_080389.1:33215495-33215509promoter 内 960-974 bp + 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 33208351-33212468(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTAAAAAGGAAAGT
SmilChr04G001845 Chr04 NC_080390.1:30071297-30071311promoter 内 336-350 bp - 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 30057955-30067646(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCATTTTAAG
SmilChr02G005368 Chr02 NC_080388.1:74375571-74375585promoter 内 313-327 bp - 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 74368868-74371897(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TATTTCCTTTTTTAG
SmilChr01G005554 Chr01 NC_080387.1:72377395-72377409promoter 内 219-233 bp - 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 72370681-72373627(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGCTGCCGTTTTTGG
SmilChr01G001276 Chr01 NC_080387.1:25496638-25496652promoter 内 3985-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25496654-25497888(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAACAGAAATT
SmilChr04G000188 Chr04 NC_080390.1:1676240-1676254promoter 内 3966-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1664960-1676219(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCATTTTAAG
SmilChr01G005063 Chr01 NC_080387.1:68535125-68535139promoter 内 3893-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 68531427-68535031(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCGAAAAGGAATAT
SmilChr05G000201 Chr05 NC_080391.1:1605079-1605093promoter 内 3844-3858 bp - 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1602192-1604936(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTAGCCTTTTTGGG
SmilChr06G001474 Chr06 NC_080392.1:15649689-15649703promoter 内 3792-3806 bp - 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15645269-15649494(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTGGA
SmilChr02G001737 Chr02 NC_080388.1:31945784-31945798promoter 内 3731-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31944839-31945528(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTAAAAAGGAAAGT
SmilChr04G001509 Chr04 NC_080390.1:24853085-24853099promoter 内 3699-3713 bp + 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24848321-24852797(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCGAAAAGGAATAT
SmilChr03G003343 Chr03 NC_080389.1:51765730-51765744promoter 内 3683-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 51757803-51765426(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATATTCCTTTTCGGG
SmilChr03G001888 Chr03 NC_080389.1:26347198-26347212promoter 内 3671-3685 bp + 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26347528-26349009(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATATTCCTTTTCGGG
SmilChr03G003674 Chr03 NC_080389.1:55575096-55575110promoter 内 3553-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55571864-55574662(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCTTAACAGGAAAGA
SmilChr04G001858 Chr04 NC_080390.1:30267191-30267205promoter 内 3520-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 30267672-30268295(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTAGT
SmilChr03G004738 Chr03 NC_080389.1:64499474-64499488promoter 内 3493-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 64499982-64503334(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTGGA
SmilChr01G003080 Chr01 NC_080387.1:49643568-49643582promoter 内 3333-3347 bp + 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 49644236-49647282(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATATTCCTTTTCGGG
SmilChr06G000476 Chr06 NC_080392.1:3878786-3878800promoter 内 3297-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3876372-3878096(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTGGA
SmilChr05G003543 Chr05 NC_080391.1:47301500-47301514promoter 内 3253-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47302248-47304332(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTAAAAAGGAAAGT
SmilChr03G004524 Chr03 NC_080389.1:63292830-63292844promoter 内 3249-3263 bp - 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63289198-63292092(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATATTCCTTTTCGGG
SmilChr01G005153 Chr01 NC_080387.1:69318324-69318338promoter 内 3237-3251 bp + 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 69319088-69323489(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATATTCCTTTTCGGG
SmilChr01G001063 Chr01 NC_080387.1:21995891-21995905promoter 内 3203-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 21996689-22001360(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCGAAAAGGAATAT
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