转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 94 / 149 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000109 Chr03 NC_080389.1:1198613-1198627promoter 内 972-986 bp - 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1201642-1202819(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTCTGGATAAGAGT
SmilChr03G002485 Chr03 NC_080389.1:39511568-39511582promoter 内 964-978 bp + 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39505343-39508545(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAATTGGATAAACTT
SmilChr04G003904 Chr04 NC_080390.1:54816180-54816194promoter 内 947-961 bp - 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54810042-54813140(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTGCTTATCCAATTG
SmilChr02G004877 Chr02 NC_080388.1:70855319-70855333promoter 内 939-953 bp + 3048 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70842455-70852271(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
SmilChr02G004176 Chr02 NC_080388.1:64047848-64047862promoter 内 922-936 bp - 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64042824-64044783(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCATCTG
SmilChr04G002495 Chr04 NC_080390.1:39845975-39845989promoter 内 882-896 bp - 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39849094-39851883(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
SmilChr01G000707 Chr01 NC_080387.1:15844163-15844177promoter 内 877-891 bp - 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15847287-15848716(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTATTGGATAAGTAG
SmilChr02G002475 Chr02 NC_080388.1:43118161-43118175promoter 内 873-887 bp - 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43114958-43115047(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTAATCCATAAA
SmilChr03G001253 Chr03 NC_080389.1:14460086-14460100promoter 内 851-865 bp + 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14450949-14456950(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
SmilChr03G003235 Chr03 NC_080389.1:50262318-50262332promoter 内 823-837 bp + 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50257257-50259154(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
SmilChr04G001415 Chr04 NC_080390.1:23018467-23018481promoter 内 799-813 bp - 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23009713-23015279(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCCCTTATCCTCAAA
SmilChr03G000395 Chr03 NC_080389.1:4322987-4323001promoter 内 765-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4316937-4319765(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCAAACC
SmilChr01G004819 Chr01 NC_080387.1:66376044-66376058promoter 内 750-764 bp + 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66379295-66382038(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTACTTATCCACTTC
SmilChr02G002474 Chr02 NC_080388.1:43118161-43118175promoter 内 719-733 bp - 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43114805-43114893(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTAATCCATAAA
SmilChr03G000525 Chr03 NC_080389.1:5630315-5630329promoter 内 707-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5633609-5636927(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTA
SmilChr03G002322 Chr03 NC_080389.1:36571758-36571772promoter 内 699-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36565637-36568470(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTA
SmilChr03G002545 Chr03 NC_080389.1:40619528-40619542promoter 内 699-713 bp + 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 40622830-40623603(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCTTATAT
SmilChr03G002434 Chr03 NC_080389.1:38671179-38671193promoter 内 697-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38665392-38667889(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
SmilChr01G002125 Chr01 NC_080387.1:37255062-37255076promoter 内 692-706 bp - 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 37245846-37251767(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTA
SmilChr04G001821 Chr04 NC_080390.1:29731643-29731657promoter 内 674-688 bp - 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29726378-29728330(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGTTTATCCACAAG
SmilChr02G002499 Chr02 NC_080388.1:43431324-43431338promoter 内 647-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43427181-43427984(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGTTTATCCACAAG
SmilChr04G003103 Chr04 NC_080390.1:47605970-47605984promoter 内 639-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47609332-47610499(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATTTATCCATAAA
SmilChr01G002429 Chr01 NC_080387.1:41830133-41830147promoter 内 629-643 bp - 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41833505-41837531(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
SmilChr01G002585 Chr01 NC_080387.1:43997263-43997277promoter 内 625-639 bp + 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43985532-43993901(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
SmilChr04G000644 Chr04 NC_080390.1:7290977-7290991promoter 内 617-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7294361-7294434(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTATAGATAAGGGT
SmilChr04G000645 Chr04 NC_080390.1:7290977-7290991promoter 内 613-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7294365-7297958(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTATAGATAAGGGT
SmilChr03G004568 Chr03 NC_080389.1:63590486-63590500promoter 内 605-619 bp + 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63593882-63597689(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCATATCCATATA
SmilChr04G001822 Chr04 NC_080390.1:29731643-29731657promoter 内 595-609 bp - 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29727649-29728251(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGTTTATCCACAAG
SmilChr02G002473 Chr02 NC_080388.1:43118161-43118175promoter 内 594-608 bp - 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43114682-43114768(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTAATCCATAAA
SmilChr01G002073 Chr01 NC_080387.1:36637038-36637052promoter 内 591-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36630279-36633642(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATTATCCATATT
SmilChr03G004758 Chr03 NC_080389.1:64691545-64691559promoter 内 573-587 bp - 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64694973-64702313(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTAATGGATAACAAC
SmilChr02G005218 Chr02 NC_080388.1:73384315-73384329promoter 内 555-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73387761-73394913(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGATTGGATAATATA
SmilChr04G003798 Chr04 NC_080390.1:54165945-54165959promoter 内 523-537 bp + 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54169423-54171061(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTA
SmilChr03G003960 Chr03 NC_080389.1:58649884-58649898promoter 内 520-534 bp - 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 58638148-58646417(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCCCTAAT
SmilChr01G002147 Chr01 NC_080387.1:37466151-37466165promoter 内 517-531 bp - 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 37456800-37462681(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATACTTATCCTTAAA
SmilChr01G002268 Chr01 NC_080387.1:39454517-39454531promoter 内 472-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39458046-39461824(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
SmilChr03G000373 Chr03 NC_080389.1:4171105-4171119promoter 内 462-476 bp - 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4164639-4167580(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCACAAA
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SmilChr04G002261 Chr04 NC_080390.1:36581644-36581658promoter 内 187-201 bp - 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36576393-36577844(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTA