转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 95 / 167 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002444 Chr01 NC_080387.1:42027245-42027254promoter 内 3759-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42027487-42027560(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr03G000684 Chr03 NC_080389.1:7634988-7634997promoter 内 3757-3766 bp - 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7635232-7652488(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr07G000381 Chr07 NC_080393.1:2572385-2572394promoter 内 3732-3741 bp + 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2566741-2572125(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr07G004311 Chr07 NC_080393.1:55674685-55674694promoter 内 3725-3734 bp - 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55672679-55674418(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr02G003044 Chr02 NC_080388.1:51232062-51232071promoter 内 3718-3727 bp - 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51230962-51231788(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr05G000581 Chr05 NC_080391.1:4374748-4374757promoter 内 3710-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4375039-4379401(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr08G001650 Chr08 NC_080394.1:13709321-13709330promoter 内 3705-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13709617-13710488(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr02G003931 Chr02 NC_080388.1:61389939-61389948promoter 内 3704-3713 bp + 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61390236-61391747(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr01G002100 Chr01 NC_080387.1:37035164-37035173promoter 内 3698-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 37033679-37034870(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr07G002541 Chr07 NC_080393.1:24113216-24113225promoter 内 3686-3695 bp + 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 24109220-24112910(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr06G002158 Chr06 NC_080392.1:29433945-29433954promoter 内 3679-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 29434267-29436312(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr01G004904 Chr01 NC_080387.1:67103387-67103396promoter 内 3668-3677 bp + 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 67101257-67103063(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr04G000124 Chr04 NC_080390.1:1058320-1058329promoter 内 3664-3673 bp - 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1057497-1057992(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr05G000571 Chr05 NC_080391.1:4298308-4298317promoter 内 3658-3667 bp - 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4297118-4297974(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr02G002725 Chr02 NC_080388.1:47159870-47159879promoter 内 3641-3650 bp - 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47160230-47162357(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr03G001461 Chr03 NC_080389.1:17461670-17461679promoter 内 3635-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 17462036-17467359(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr01G001709 Chr01 NC_080387.1:31558836-31558845promoter 内 3629-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31559208-31560709(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr02G001686 Chr02 NC_080388.1:31096398-31096407promoter 内 3629-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31094973-31096035(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr07G001847 Chr07 NC_080393.1:15989145-15989154promoter 内 3622-3631 bp + 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 15986068-15988775(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr07G000780 Chr07 NC_080393.1:5488008-5488017promoter 内 3606-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5488403-5493810(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr01G005300 Chr01 NC_080387.1:70296348-70296357promoter 内 3593-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70295068-70295949(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr08G002109 Chr08 NC_080394.1:18947557-18947566promoter 内 3563-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18942112-18947128(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr07G004716 Chr07 NC_080393.1:60002405-60002414promoter 内 3548-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60002858-60007235(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr02G000729 Chr02 NC_080388.1:11837385-11837394promoter 内 3544-3553 bp - 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 11835444-11836937(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr07G000680 Chr07 NC_080393.1:4625180-4625189promoter 内 3538-3547 bp - 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4623885-4624726(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr07G002318 Chr07 NC_080393.1:21452822-21452831promoter 内 3516-3525 bp + 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21446943-21452346(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr02G002447 Chr02 NC_080388.1:42700398-42700407promoter 内 3503-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42698713-42699909(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr07G000713 Chr07 NC_080393.1:4965571-4965580promoter 内 3486-3495 bp + 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4966086-4968391(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr05G002350 Chr05 NC_080391.1:25476834-25476843promoter 内 3485-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 25477350-25481881(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr07G002372 Chr07 NC_080393.1:22024530-22024539promoter 内 3476-3485 bp + 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 22025055-22027185(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr04G001643 Chr04 NC_080390.1:27351484-27351493promoter 内 3471-3480 bp + 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27352014-27353088(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr04G003345 Chr04 NC_080390.1:50102063-50102072promoter 内 3471-3480 bp + 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 50102593-50104370(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr06G001412 Chr06 NC_080392.1:14814526-14814535promoter 内 3471-3480 bp + 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14815056-14815812(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr06G001372 Chr06 NC_080392.1:14381064-14381073promoter 内 3469-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14381596-14383368(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGC
SmilChr05G002208 Chr05 NC_080391.1:23539139-23539148promoter 内 3465-3474 bp - 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23539675-23540631(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
SmilChr07G004244 Chr07 NC_080393.1:54877386-54877395promoter 内 3441-3450 bp + 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54871338-54876835(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCATATCTTT
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