转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 95 / 151 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004660 Chr02 NC_080388.1:68999500-68999512promoter 内 570-582 bp + 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69002931-69006333(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCCCTCT
SmilChr03G003506 Chr03 NC_080389.1:53662759-53662771promoter 内 532-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 53666228-53668962(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAATT
SmilChr05G000342 Chr05 NC_080391.1:2554143-2554155promoter 内 529-541 bp + 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2548633-2550683(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAGTTAGGTAAT
SmilChr04G002890 Chr04 NC_080390.1:45118891-45118903promoter 内 385-397 bp - 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 45111525-45115287(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTTT
SmilChr02G001488 Chr02 NC_080388.1:27858016-27858028promoter 内 378-390 bp - 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 27861639-27865958(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAGGTAGGTATC
SmilChr01G005576 Chr01 NC_080387.1:72504012-72504024promoter 内 337-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 72499456-72500360(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACTTAA
SmilChr03G001193 Chr03 NC_080389.1:13746682-13746694promoter 内 336-348 bp + 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 13750347-13751267(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCCAACTACCTTC
SmilChr04G003962 Chr04 NC_080390.1:55124106-55124118promoter 内 293-305 bp - 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 55127814-55127886(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTGGTAGGTATC
SmilChr05G001482 Chr05 NC_080391.1:13588923-13588935promoter 内 275-287 bp + 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 13592649-13593918(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAATTA
SmilChr02G004010 Chr02 NC_080388.1:62419084-62419096promoter 内 268-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 62422817-62427184(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTTTTAGGTAAA
SmilChr02G002094 Chr02 NC_080388.1:37590902-37590914promoter 内 200-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 37594703-37595305(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCTGTAGGTAGC
SmilChr03G003112 Chr03 NC_080389.1:48256254-48256266promoter 内 184-196 bp - 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 48249562-48252449(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAATT
SmilChr04G000897 Chr04 NC_080390.1:11537582-11537594promoter 内 71-83 bp + 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 11541512-11547534(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTTT
SmilChr05G000386 Chr05 NC_080391.1:2911219-2911231promoter 内 41-53 bp + 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2905327-2907271(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACGGTAGGTATG
SmilChr05G000588 Chr05 NC_080391.1:4443675-4443687promoter 内 10-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 4447666-4447801(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACATAA
SmilChr01G004746 Chr01 NC_080387.1:65633545-65633557promoter 内 3891-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 65631238-65633447(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTTGTAGGTAGA
SmilChr02G002543 Chr02 NC_080388.1:44287247-44287259promoter 内 2929-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 44288319-44293962(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTATT
SmilChr02G001006 Chr02 NC_080388.1:17745541-17745553promoter 内 2172-2184 bp - 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 17747370-17751640(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTTGTAGGTAAA
SmilChr02G005171 Chr02 NC_080388.1:73020161-73020173promoter 内 1778-1790 bp + 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 73022384-73027079(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTAAA
SmilChr01G005818 Chr01 NC_080387.1:74184774-74184786promoter 内 344-356 bp - 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 74169886-74181129(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACCATA
SmilChr04G002694 Chr04 NC_080390.1:42378758-42378770promoter 内 3470-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 42376747-42378239(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAATCA
SmilChr01G000463 Chr01 NC_080387.1:9478737-9478749promoter 内 3295-3307 bp + 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 9475636-9478043(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGTGTAGGTAAC
SmilChr01G003752 Chr01 NC_080387.1:55900609-55900621promoter 内 3151-3163 bp - 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 55901459-55906911(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATAGTAGGTATA
SmilChr01G003765 Chr01 NC_080387.1:56034307-56034319promoter 内 3058-3070 bp - 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 56029544-56033376(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAATTGG
SmilChr03G000441 Chr03 NC_080389.1:4745027-4745039promoter 内 2623-2635 bp + 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 4741905-4743661(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GACAGTAGGTATG
SmilChr03G004124 Chr03 NC_080389.1:60093197-60093209promoter 内 2464-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 60088942-60091672(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACAAAA
SmilChr03G004125 Chr03 NC_080389.1:60093197-60093209promoter 内 2450-2462 bp - 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 60094748-60095865(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTTGTAGGTAGA
SmilChr05G000190 Chr05 NC_080391.1:1518011-1518023promoter 内 1609-1621 bp + 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 1513028-1515631(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATAGTAGGTATA
SmilChr03G004060 Chr03 NC_080389.1:59544857-59544869promoter 内 892-904 bp - 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 59547966-59550566(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAGGTAGGCGGA
SmilChr02G005169 Chr02 NC_080388.1:73020161-73020173promoter 内 606-618 bp + 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 73013770-73016778(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTAGTAGGTAGT
SmilChr01G003767 Chr01 NC_080387.1:56034307-56034319promoter 内 78-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 56038230-56041649(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCAATTAGGTAAC
SmilChr05G001118 Chr05 NC_080391.1:9331059-9331071promoter 内 3942-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9331118-9331811(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAAATA
SmilChr04G000552 Chr04 NC_080390.1:6171353-6171365promoter 内 3940-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6171414-6172768(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAAAA
SmilChr01G003686 Chr01 NC_080387.1:55240292-55240304promoter 内 3719-3731 bp - 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 55238048-55240022(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACTTTA
SmilChr03G004468 Chr03 NC_080389.1:62759259-62759271promoter 内 3715-3727 bp - 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 62756420-62758985(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACCTAA
SmilChr05G000827 Chr05 NC_080391.1:6487301-6487313promoter 内 3697-3709 bp - 292 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6485898-6487009(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTACT
SmilChr05G001601 Chr05 NC_080391.1:14778847-14778859promoter 内 3639-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14779209-14780266(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCCCACT
SmilChr01G004191 Chr01 NC_080387.1:60370858-60370870promoter 内 3601-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60368766-60370470(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTTGTAGGTAAA
SmilChr04G000142 Chr04 NC_080390.1:1212504-1212516promoter 内 3512-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1210995-1212027(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCGGTAGGTTAG
SmilChr03G003208 Chr03 NC_080389.1:49658821-49658833promoter 内 3411-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49659411-49662370(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTTGTAGGTAAA
SmilChr01G004683 Chr01 NC_080387.1:64909484-64909496promoter 内 3120-3132 bp - 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 64910365-64911638(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTGGTAGGTGCT
SmilChr01G006041 Chr01 NC_080387.1:75945343-75945355promoter 内 2993-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 75941861-75944347(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGTGTAGGTAAC
SmilChr05G000831 Chr05 NC_080391.1:6533116-6533128promoter 内 2948-2960 bp + 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6534169-6537241(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAAATA
SmilChr03G000559 Chr03 NC_080389.1:6063061-6063073promoter 内 2763-2775 bp + 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6058931-6061835(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAGGTAGGTATA
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SmilChr04G003218 Chr04 NC_080390.1:49003157-49003169promoter 内 2685-2697 bp + 1304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49004473-49006040(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAAAA
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SmilChr04G002384 Chr04 NC_080390.1:38380987-38380999promoter 内 2520-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 38377682-38379518(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAAAA