转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 98 / 153 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003313 Chr04 NC_080390.1:49860437-49860446promoter 内 674-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 49854005-49857119(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr02G004221 Chr02 NC_080388.1:64421030-64421039promoter 内 650-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64424381-64430938(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr04G002285 Chr04 NC_080390.1:37108958-37108967promoter 内 548-557 bp + 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 37103580-37105514(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr02G004537 Chr02 NC_080388.1:67965322-67965331promoter 内 463-472 bp - 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 67957432-67961793(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCCA
SmilChr03G000880 Chr03 NC_080389.1:9995276-9995285promoter 内 459-468 bp - 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9998818-10003304(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr04G001264 Chr04 NC_080390.1:20064373-20064382promoter 内 457-466 bp - 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 20067917-20070089(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr04G000939 Chr04 NC_080390.1:12374749-12374758promoter 内 388-397 bp + 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 12378362-12380127(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCCA
SmilChr02G003709 Chr02 NC_080388.1:58644917-58644926promoter 内 377-386 bp - 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 58648541-58658191(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr01G000208 Chr01 NC_080387.1:3626702-3626711promoter 内 360-369 bp + 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3616537-3623070(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr02G002817 Chr02 NC_080388.1:48262591-48262600promoter 内 308-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 48266284-48268490(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr01G005066 Chr01 NC_080387.1:68560150-68560159promoter 内 269-278 bp + 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 68550983-68556427(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr03G000901 Chr03 NC_080389.1:10316722-10316731promoter 内 236-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 10320487-10323925(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGCCGACAA
SmilChr04G004167 Chr04 NC_080390.1:56313392-56313401promoter 内 57-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56317336-56318794(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCCA
SmilChr03G000258 Chr03 NC_080389.1:3015435-3015444promoter 内 31-40 bp + 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3019405-3042594(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCCA
SmilChr05G000129 Chr05 NC_080391.1:1036325-1036334promoter 内 3-12 bp + 3989 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 1040323-1044183(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCCA
SmilChr04G001922 Chr04 NC_080390.1:31311076-31311085promoter 内 3916-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 31311161-31312174(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAC
SmilChr01G002652 Chr01 NC_080387.1:44837955-44837964promoter 内 3402-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 44837282-44837365(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr01G003467 Chr01 NC_080387.1:53231169-53231178promoter 内 2434-2443 bp + 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 53232736-53233425(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr01G003468 Chr01 NC_080387.1:53231169-53231178promoter 内 1675-1684 bp + 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 53233495-53234247(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr05G000955 Chr05 NC_080391.1:7694935-7694944promoter 内 1045-1054 bp + 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 7697891-7702088(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr04G001684 Chr04 NC_080390.1:27874584-27874593promoter 内 3891-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 27872470-27874483(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr04G001676 Chr04 NC_080390.1:27777023-27777032promoter 内 3878-3887 bp + 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 27777146-27779100(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr02G000978 Chr02 NC_080388.1:17150631-17150640promoter 内 3604-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 17151028-17160868(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr04G002880 Chr04 NC_080390.1:45006511-45006520promoter 内 3316-3325 bp + 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45007196-45007957(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr03G000153 Chr03 NC_080389.1:1653207-1653216promoter 内 3113-3122 bp + 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 1654095-1654571(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr01G002821 Chr01 NC_080387.1:46770678-46770687promoter 内 2723-2732 bp + 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 46765440-46769409(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAC
SmilChr04G002754 Chr04 NC_080390.1:43256512-43256521promoter 内 2200-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 43239631-43254720(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAC
SmilChr05G001604 Chr05 NC_080391.1:14788992-14789001promoter 内 1969-1978 bp - 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 14791024-14791884(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAC
SmilChr02G004738 Chr02 NC_080388.1:69592830-69592839promoter 内 1650-1659 bp - 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 69587773-69590488(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr01G005894 Chr01 NC_080387.1:74874790-74874799promoter 内 1586-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 74870989-74872384(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAC
SmilChr02G002882 Chr02 NC_080388.1:49099018-49099027promoter 内 1355-1364 bp - 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 49094072-49096381(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr04G000478 Chr04 NC_080390.1:5095141-5095150promoter 内 1117-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 5098025-5100657(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr03G004324 Chr03 NC_080389.1:61605394-61605403promoter 内 1023-1032 bp + 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 61608372-61612644(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr03G001497 Chr03 NC_080389.1:18277399-18277408promoter 内 770-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 18280630-18288688(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr03G003690 Chr03 NC_080389.1:55843291-55843300promoter 内 650-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 55838321-55839949(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr02G002459 Chr02 NC_080388.1:42889518-42889527promoter 内 442-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 42883825-42885968(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAC
SmilChr01G000626 Chr01 NC_080387.1:14046641-14046650promoter 内 338-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 14042541-14042987(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATG
SmilChr01G003687 Chr01 NC_080387.1:55260900-55260909promoter 内 82-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 55264819-55264902(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAC
SmilChr04G002916 Chr04 NC_080390.1:45360355-45360364promoter 内 3195-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 45352813-45359558(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACAT
SmilChr01G003298 Chr01 NC_080387.1:51665850-51665859promoter 内 3098-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 51666753-51674549(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGTT
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SmilChr04G004140 Chr04 NC_080390.1:56179102-56179111promoter 内 2461-2470 bp + 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 56180642-56181443(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGG
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SmilChr04G004138 Chr04 NC_080390.1:56179102-56179111promoter 内 1880-1889 bp + 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 56174932-56176990(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CCTCCGACAG
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SmilChr04G004141 Chr04 NC_080390.1:56179102-56179111promoter 内 1091-1100 bp + 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 56182012-56184519(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGG
SmilChr01G002850 Chr01 NC_080387.1:47079016-47079025promoter 内 549-558 bp + 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 47072622-47075573(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AACCCGACAA
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SmilChr05G002233 Chr05 NC_080391.1:23904573-23904582promoter 内 3742-3751 bp + 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 23904832-23905404(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGTCGGAAT