转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 98 / 151 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005898 Chr01 NC_080387.1:74883488-74883500promoter 内 305-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 74887184-74896636(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACATGTAGGTAGA
SmilChr05G001848 Chr05 NC_080391.1:18512484-18512496promoter 内 179-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 18506540-18508674(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACCAAA
SmilChr01G001926 Chr01 NC_080387.1:34396664-34396676promoter 内 102-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34400563-34402953(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATCCCT
SmilChr02G002906 Chr02 NC_080388.1:49370571-49370583promoter 内 72-84 bp + 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49374500-49376633(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACATGT
SmilChr01G002238 Chr01 NC_080387.1:38937097-38937109promoter 内 65-77 bp + 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38926252-38933173(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATATGTAGGTAAC
SmilChr02G000687 Chr02 NC_080388.1:10871465-10871477promoter 内 26-38 bp - 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10875440-10876560(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGCGGC
SmilChr01G005858 Chr01 NC_080387.1:74516303-74516315promoter 内 2582-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 74509077-74514896(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGTTTAGGTAAA
SmilChr01G005860 Chr01 NC_080387.1:74526551-74526563promoter 内 3721-3733 bp + 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 74524119-74526283(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGTTTAGGTAAA
SmilChr01G000377 Chr01 NC_080387.1:7784468-7784480promoter 内 3503-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 7779879-7783982(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTCAA
SmilChr02G002687 Chr02 NC_080388.1:46547528-46547540promoter 内 2246-2258 bp - 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 46549283-46552267(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TACGGTAGGTTGC
SmilChr02G002686 Chr02 NC_080388.1:46547528-46547540promoter 内 2121-2133 bp - 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 46544823-46545660(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAACCTACCGTA
SmilChr04G004081 Chr04 NC_080390.1:55867685-55867697promoter 内 1988-2000 bp + 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 55858332-55865684(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGTTTAGGTAAA
SmilChr01G000074 Chr01 NC_080387.1:1302867-1302879promoter 内 3884-3896 bp - 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 1298878-1302762(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTCAA
SmilChr03G002674 Chr03 NC_080389.1:42460982-42460994promoter 内 3875-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 42453681-42460868(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTCAA
SmilChr01G005481 Chr01 NC_080387.1:71786287-71786299promoter 内 3861-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 71780374-71786159(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTCAA
SmilChr04G002736 Chr04 NC_080390.1:43040668-43040680promoter 内 3843-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 43035183-43040522(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTCAA
SmilChr04G002239 Chr04 NC_080390.1:36156437-36156449promoter 内 3782-3794 bp + 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 36156656-36164001(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTCAA
SmilChr02G002709 Chr02 NC_080388.1:46957566-46957578promoter 内 3744-3756 bp - 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 46957238-46957321(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCTTT
SmilChr04G003541 Chr04 NC_080390.1:51763333-51763345promoter 内 3655-3667 bp - 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 51763679-51768482(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGATAGGTAAA
SmilChr02G002651 Chr02 NC_080388.1:45943887-45943899promoter 内 3592-3604 bp - 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 45937413-45943490(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTCAA
SmilChr05G000652 Chr05 NC_080391.1:4921738-4921750promoter 内 3408-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 4922331-4926878(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTCAA
SmilChr01G001815 Chr01 NC_080387.1:33096233-33096245promoter 内 3243-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 33093871-33095487(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAAATTC
SmilChr01G004432 Chr01 NC_080387.1:62427086-62427098promoter 内 3089-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 62424756-62426186(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACATGA
SmilChr01G002949 Chr01 NC_080387.1:48360425-48360437promoter 内 3087-3099 bp + 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 48361339-48364998(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATCTAC
SmilChr02G000347 Chr02 NC_080388.1:4513640-4513652promoter 内 2973-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 4514668-4515375(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAA
SmilChr02G000290 Chr02 NC_080388.1:3681100-3681112promoter 内 2926-2938 bp + 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 3679397-3680037(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAA
SmilChr01G002616 Chr01 NC_080387.1:44437274-44437286promoter 内 2787-2799 bp - 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 44438488-44441195(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACTGTAGGTAAC
SmilChr01G005729 Chr01 NC_080387.1:73431283-73431295promoter 内 2781-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 73432503-73439654(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GACACCTACCTAA
SmilChr01G003620 Chr01 NC_080387.1:54750858-54750870promoter 内 2689-2701 bp + 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 54752170-54757040(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTCAA
SmilChr04G002734 Chr04 NC_080390.1:43003949-43003961promoter 内 2663-2675 bp - 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 43005287-43006622(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTGAGTAGGTAGT
SmilChr01G006056 Chr01 NC_080387.1:76031652-76031664promoter 内 2644-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 76027185-76030307(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAATGAG
SmilChr02G002737 Chr02 NC_080388.1:47303040-47303052promoter 内 2611-2623 bp - 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 47304430-47306172(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAATTTAGGTAAC
SmilChr01G004705 Chr01 NC_080387.1:65160654-65160666promoter 内 2397-2409 bp + 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 65156414-65159062(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTGTGTAGGTAGA
SmilChr05G001552 Chr05 NC_080391.1:14251193-14251205promoter 内 2352-2364 bp - 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 14244209-14249556(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTACCTACACCA
SmilChr03G003543 Chr03 NC_080389.1:54074357-54074369promoter 内 2229-2241 bp + 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 54071383-54072597(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAATTTAGGTAAC
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