转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 99 / 147 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003272 Chr01 NC_080387.1:51432958-51432972promoter 内 3205-3219 bp + 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 51428178-51432176(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACCCTATA
SmilChr02G003997 Chr02 NC_080388.1:62290226-62290240promoter 内 2821-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 62291406-62296166(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGTGTTGTTAGGTGT
SmilChr01G001165 Chr01 NC_080387.1:23672168-23672182promoter 内 2621-2635 bp + 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 23673548-23687383(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAAAGTTTAGGTAT
SmilChr01G000854 Chr01 NC_080387.1:18414439-18414453promoter 内 2524-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 18415916-18419064(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACACTTGA
SmilChr01G001984 Chr01 NC_080387.1:35220242-35220256promoter 内 2395-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 35221848-35224928(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACCTAACACGTTG
SmilChr01G004300 Chr01 NC_080387.1:61181370-61181384promoter 内 2375-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 61176901-61179758(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACAAGCCA
SmilChr01G000977 Chr01 NC_080387.1:20665890-20665904promoter 内 2168-2182 bp - 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 20662598-20664071(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAATAAGTTAGGAAG
SmilChr04G001220 Chr04 NC_080390.1:19058398-19058412promoter 内 2068-2082 bp - 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 19060331-19063083(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACCTAACACGTTG
SmilChr03G002169 Chr03 NC_080389.1:33741740-33741754promoter 内 2050-2064 bp - 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 33738165-33739803(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTATTGTTAGGTCC
SmilChr02G001492 Chr02 NC_080388.1:27877947-27877961promoter 内 2041-2055 bp + 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 27879907-27881863(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAATATGTTAGGTCC
SmilChr01G005278 Chr01 NC_080387.1:70186941-70186955promoter 内 1908-1922 bp - 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 70189034-70190936(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACCAAACT
SmilChr01G005262 Chr01 NC_080387.1:70091042-70091056promoter 内 1662-1676 bp - 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 70093381-70095030(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACCAAACT
SmilChr02G005247 Chr02 NC_080388.1:73614425-73614439promoter 内 1633-1647 bp - 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 73616793-73625585(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTACCTCTCTT
SmilChr01G003536 Chr01 NC_080387.1:53981415-53981429promoter 内 1303-1317 bp - 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 53984113-53988903(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAAATTGTTG
SmilChr01G005941 Chr01 NC_080387.1:75142231-75142245promoter 内 714-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 75145518-75148832(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGAAAAGTTTGGTGT
SmilChr03G002091 Chr03 NC_080389.1:32185333-32185347promoter 内 675-689 bp + 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 32188659-32197066(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATTCGGTTAGGTAA
SmilChr02G001543 Chr02 NC_080388.1:28679384-28679398promoter 内 591-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 28682794-28685836(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACCTAACACGTTG
SmilChr02G004605 Chr02 NC_080388.1:68555250-68555264promoter 内 451-465 bp + 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 68558800-68560419(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCCTTAGTTAGGTTT
SmilChr01G005095 Chr01 NC_080387.1:68794252-68794266promoter 内 404-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 68790592-68790669(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTTCCTAACTTATTT
SmilChr03G004673 Chr03 NC_080389.1:64180020-64180034promoter 内 127-141 bp - 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 64175484-64176160(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGCCAAATTAGGTAT
SmilChr03G002218 Chr03 NC_080389.1:34942819-34942833promoter 内 72-86 bp + 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 34946748-34953843(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TATAGGGTTAGGTTA
SmilChr01G004209 Chr01 NC_080387.1:60534787-60534801promoter 内 3986-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 60528217-60534786(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAATTGGCTT
SmilChr01G005085 Chr01 NC_080387.1:68726552-68726566promoter 内 3879-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 68724846-68726444(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATAAGATTTAGGTAA
SmilChr04G001552 Chr04 NC_080390.1:25724115-25724129promoter 内 3848-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 25724268-25725593(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAGAAGTTAGGGTG
SmilChr02G004086 Chr02 NC_080388.1:63136537-63136551promoter 内 3842-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 63135536-63136392(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACCCTATA
SmilChr03G003909 Chr03 NC_080389.1:58183272-58183286promoter 内 3714-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58174378-58182999(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGATGTGTTAGGTCG
SmilChr01G002908 Chr01 NC_080387.1:47798708-47798722promoter 内 3704-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47797201-47798425(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACCCTATA
SmilChr02G003730 Chr02 NC_080388.1:58935197-58935211promoter 内 3688-3702 bp + 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58929601-58934898(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAAATTGTAT
SmilChr02G000370 Chr02 NC_080388.1:4704578-4704592promoter 内 3685-3699 bp - 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4699575-4704276(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTCACGGTTAGGTAT
SmilChr02G002344 Chr02 NC_080388.1:41180121-41180135promoter 内 3679-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 41180443-41183329(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATTATCAA
SmilChr01G000853 Chr01 NC_080387.1:18414439-18414453promoter 内 3675-3689 bp - 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 18412557-18414127(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCAAGTGTTAGGTTT
SmilChr01G001956 Chr01 NC_080387.1:34840036-34840050promoter 内 3638-3652 bp + 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34837638-34839687(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAAATTGTAT
SmilChr02G002859 Chr02 NC_080388.1:48777556-48777570promoter 内 3621-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48772585-48777190(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TATATTGTTAGGTGA
SmilChr01G005929 Chr01 NC_080387.1:75080558-75080572promoter 内 3618-3632 bp + 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75079557-75080189(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCAAACTTTTCG
SmilChr01G002858 Chr01 NC_080387.1:47160557-47160571promoter 内 3600-3614 bp + 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47160958-47163601(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTTGTGTTAGGTAA
SmilChr01G003407 Chr01 NC_080387.1:52732616-52732630promoter 内 3592-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 52733025-52736021(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGATATATTAGGTAA
SmilChr04G000955 Chr04 NC_080390.1:12639074-12639088promoter 内 3561-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 12636073-12638648(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACACCCCC
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SmilChr01G004617 Chr01 NC_080387.1:64159456-64159470promoter 内 3492-3506 bp - 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 64159965-64160930(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACAATAGG
SmilChr01G001880 Chr01 NC_080387.1:33823664-33823678promoter 内 3487-3501 bp + 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33820325-33823164(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACCCCACT
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SmilChr01G002750 Chr01 NC_080387.1:45812209-45812223promoter 内 3425-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45812785-45817933(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAATAAGTTAGGAAG
SmilChr02G002622 Chr02 NC_080388.1:45524250-45524264promoter 内 3423-3437 bp - 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45524828-45527116(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATCTGCAC