转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 10 / 162 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001055 Chr02 NC_080388.1:18819412-18819430promoter 内 3571-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 18819842-18819997(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTACGTCCCTGCC
SmilChr02G001058 Chr02 NC_080388.1:18827474-18827492promoter 内 3571-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 18827904-18828059(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTACGTCCCTGCC
SmilChr05G000701 Chr05 NC_080391.1:5288637-5288655promoter 内 3495-3513 bp - 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 5284885-5288149(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTTGGCGGCGAT
SmilChr08G001294 Chr08 NC_080394.1:10311925-10311943promoter 内 3348-3366 bp - 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 10312578-10315558(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CCACCAATCTAAGTCAACG
SmilChr02G001056 Chr02 NC_080388.1:18819412-18819430promoter 内 3187-3205 bp + 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 18820226-18823614(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTACGTCCCTGCC
SmilChr05G000702 Chr05 NC_080391.1:5288637-5288655promoter 内 3042-3060 bp - 941 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 5289596-5291558(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATCGCCGCCAAAGTCAACC
SmilChr02G000527 Chr02 NC_080388.1:7247568-7247586promoter 内 3033-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 7248536-7248813(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACCAAACCGCAGTCAACG
SmilChr06G002779 Chr06 NC_080392.1:40488013-40488031promoter 内 2987-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 40484197-40487017(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TCGGTCATAAAAGTCAACG
SmilChr02G003962 Chr02 NC_080388.1:61783012-61783030promoter 内 2924-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 61784089-61785619(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTTTTCTTCTA
SmilChr04G000174 Chr04 NC_080390.1:1570782-1570800promoter 内 2878-2896 bp - 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 1571905-1573135(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCGTGAGCAGCAGTCAACG
SmilChr03G002962 Chr03 NC_080389.1:46387120-46387138promoter 内 2871-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 46385171-46386008(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTCCTTGTCAGGGTCAACG
SmilChr07G000347 Chr07 NC_080393.1:2351948-2351966promoter 内 2863-2881 bp - 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 2353086-2356337(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGATATCAATAGTCAACG
SmilChr07G004119 Chr07 NC_080393.1:52870536-52870554promoter 内 2811-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 52866359-52869364(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCGGGTCGACCTA
SmilChr06G001194 Chr06 NC_080392.1:12212555-12212573promoter 内 2672-2690 bp - 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 12204219-12211244(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTCCCCGCTCG
SmilChr01G003462 Chr01 NC_080387.1:53202402-53202420promoter 内 2560-2578 bp + 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 53203843-53208512(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGACCGA
SmilChr02G005479 Chr02 NC_080388.1:75005628-75005646promoter 内 2408-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 75007221-75009530(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTAACGCCGCCGG
SmilChr02G000234 Chr02 NC_080388.1:3014256-3014274promoter 内 2406-2424 bp - 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 3011464-3012679(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTTGCATTTAT
SmilChr06G002780 Chr06 NC_080392.1:40488013-40488031promoter 内 2330-2348 bp + 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 40489684-40492660(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGACCGA
SmilChr03G002198 Chr03 NC_080389.1:34590733-34590751promoter 内 2319-2337 bp - 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 34588198-34589069(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTAATAGGACCT
SmilChr01G004553 Chr01 NC_080387.1:63639454-63639472promoter 内 2299-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 63635851-63637770(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCAAGCTTATGTC
SmilChr06G002973 Chr06 NC_080392.1:42560517-42560535promoter 内 2232-2250 bp + 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 42562286-42576840(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTCGTTTGAAAA
SmilChr08G002650 Chr08 NC_080394.1:26000762-26000780promoter 内 2197-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 25996534-25998976(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGAAAAAAATGAGTCAACG
SmilChr04G000670 Chr04 NC_080390.1:7570873-7570891promoter 内 2164-2182 bp + 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 7566103-7569054(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAATTTGCAATAGTCAACG
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73208559-73208577promoter 内 2142-2160 bp + 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 73203421-73206718(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAGAACAACCAGGTCAACG
SmilChr01G002443 Chr01 NC_080387.1:42008057-42008075promoter 内 1990-2008 bp - 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 42010068-42015034(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACGATGGAAAGGGTCAACG
SmilChr06G002880 Chr06 NC_080392.1:41613108-41613126promoter 内 1877-1895 bp - 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 41615232-41620507(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTCAACACAACAGTCAACG
SmilChr04G000997 Chr04 NC_080390.1:13793862-13793880promoter 内 1492-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 13796371-13797774(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCCGGCGGGAAT
SmilChr01G002161 Chr01 NC_080387.1:37612659-37612677promoter 内 1439-1457 bp + 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 37615221-37618203(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTATTTAGGGGT
SmilChr06G003089 Chr06 NC_080392.1:43739287-43739305promoter 内 1272-1290 bp + 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 43742016-43747651(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGACCGA
SmilChr07G000196 Chr07 NC_080393.1:1235904-1235922promoter 内 1146-1164 bp - 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 1230491-1233067(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTCGTTTGAAAA
SmilChr04G002045 Chr04 NC_080390.1:33192800-33192818promoter 内 1124-1142 bp + 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 33187317-33189941(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGAGTTGGCAGAGTCAACG
SmilChr03G002963 Chr03 NC_080389.1:46387120-46387138promoter 内 994-1012 bp + 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 46390127-46392572(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCCTGACAAGGAA
SmilChr02G005195 Chr02 NC_080388.1:73208559-73208577promoter 内 698-716 bp + 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 73211862-73215804(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTGGTTGTTCTG
SmilChr02G003734 Chr02 NC_080388.1:58976897-58976915promoter 内 575-593 bp + 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 58971007-58973489(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTCAAAATCTTGGTCAACG
SmilChr03G002197 Chr03 NC_080389.1:34590733-34590751promoter 内 481-499 bp - 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 34585683-34587231(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTAATAGGACCT
SmilChr03G001928 Chr03 NC_080389.1:27060809-27060827promoter 内 343-361 bp + 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 27064467-27066676(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTGACAATTTT
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SmilChr02G001959 Chr02 NC_080388.1:35374487-35374505promoter 内 1011-1029 bp - 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 5 35377477-35377821(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGAATTTCCAGAGTCAACG
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SmilChr04G001959 Chr04 NC_080390.1:31792551-31792569promoter 内 3974-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 31792578-31795541(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTGGGGAAATCT
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SmilChr07G004737 Chr07 NC_080393.1:60239137-60239155promoter 内 3474-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 60237223-60238628(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGAAAGAAAAAGTCAACT
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SmilChr04G000119 Chr04 NC_080390.1:1031218-1031236promoter 内 3485-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 1025818-1030720(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTTTTAATCTTAGTCAACG
SmilChr05G000611 Chr05 NC_080391.1:4606119-4606137promoter 内 3385-3403 bp + 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4602489-4605521(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGGCGGAATGAGTCAACG