转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 104 / 138 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000978 Chr04 NC_080390.1:13174016-13174030promoter 内 937-951 bp - 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 13177080-13178379(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTCTCGA
SmilChr03G004205 Chr03 NC_080389.1:60662739-60662753promoter 内 918-932 bp - 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 60653795-60659670(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TACTCGGGACCGTTA
SmilChr03G002559 Chr03 NC_080389.1:40744005-40744019promoter 内 866-880 bp - 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 40747140-40750800(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGTTAATATTTT
SmilChr01G001090 Chr01 NC_080387.1:22357437-22357451promoter 内 841-855 bp - 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22352657-22354291(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTGTGGGACCGTTA
SmilChr07G004273 Chr07 NC_080393.1:55170127-55170141promoter 内 841-855 bp - 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55173287-55174136(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAGTGCCA
SmilChr03G003137 Chr03 NC_080389.1:48598213-48598227promoter 内 808-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 48601406-48607011(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGTTAATATTTT
SmilChr07G001365 Chr07 NC_080393.1:10579072-10579086promoter 内 795-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10574150-10575880(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGTTTGCGACCGTTT
SmilChr04G001273 Chr04 NC_080390.1:20254077-20254091promoter 内 684-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 20245489-20250774(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAGCTAAC
SmilChr04G002317 Chr04 NC_080390.1:37478522-37478536promoter 内 620-634 bp - 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 37474034-37475155(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTGGATTACCGTTG
SmilChr01G001336 Chr01 NC_080387.1:26538446-26538460promoter 内 566-580 bp + 3421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 26541881-26545457(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCGAGACAACCGTTG
SmilChr03G004168 Chr03 NC_080389.1:60443153-60443167promoter 内 551-565 bp - 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 60438161-60439717(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTGAAGATACCGTTG
SmilChr08G000870 Chr08 NC_080394.1:6453315-6453329promoter 内 508-522 bp + 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6449165-6449836(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCGCTCAC
SmilChr02G002076 Chr02 NC_080388.1:37354631-37354645promoter 内 481-495 bp + 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 37348170-37351125(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCATTACCG
SmilChr01G003305 Chr01 NC_080387.1:51743465-51743479promoter 内 463-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 51733164-51739941(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGAGCAAT
SmilChr07G003775 Chr07 NC_080393.1:46223406-46223420promoter 内 427-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46226980-46227456(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGAGACAACCGTTG
SmilChr03G001822 Chr03 NC_080389.1:24933570-24933584promoter 内 389-403 bp + 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 24937182-24938090(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGAGAACCGTTG
SmilChr08G004367 Chr08 NC_080394.1:53398187-53398201promoter 内 297-311 bp - 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53401891-53401975(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCACACATA
SmilChr03G001453 Chr03 NC_080389.1:17352937-17352951promoter 内 290-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17356648-17361096(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTAGTTCTACCGTTG
SmilChr04G000950 Chr04 NC_080390.1:12568665-12568679promoter 内 290-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 12572376-12574960(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGAAAATA
SmilChr03G001703 Chr03 NC_080389.1:22625385-22625399promoter 内 279-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22629107-22629454(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGAGACAACCGTTG
SmilChr03G000178 Chr03 NC_080389.1:1917883-1917897promoter 内 166-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1921718-1923415(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGTCCTGA
SmilChr04G002780 Chr04 NC_080390.1:43604311-43604325promoter 内 31-45 bp + 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 43598453-43600355(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGCATGC
SmilChr01G005105 Chr01 NC_080387.1:68845265-68845279promoter 内 1792-1806 bp + 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 4 68838134-68843070(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTTAATA
SmilChr07G001707 Chr07 NC_080393.1:14470747-14470761promoter 内 3885-3899 bp + 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 14470863-14477993(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TATTAACGACCGTTT
SmilChr08G001375 Chr08 NC_080394.1:10960786-10960800promoter 内 3375-3389 bp + 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 10961412-10964417(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TATTAACGACCGTTT
SmilChr05G001205 Chr05 NC_080391.1:10142607-10142621promoter 内 2839-2853 bp - 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 10143769-10147499(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTTAATA
SmilChr03G002100 Chr03 NC_080389.1:32498951-32498965promoter 内 3743-3757 bp - 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 32496188-32498707(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTTGGAAACCGTTG
SmilChr08G002239 Chr08 NC_080394.1:20544590-20544604promoter 内 2828-2842 bp - 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 20545763-20550075(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAATGCCG
SmilChr06G003143 Chr06 NC_080392.1:44497407-44497421promoter 内 2742-2756 bp - 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 44493453-44496162(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTCTAAGAACCGTTG
SmilChr04G002155 Chr04 NC_080390.1:34604515-34604529promoter 内 2292-2306 bp + 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 34606224-34608491(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGGCTCGGACCGTTG
SmilChr06G001317 Chr06 NC_080392.1:13686330-13686344promoter 内 2179-2193 bp - 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 13688152-13689550(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTTAATA
SmilChr02G002712 Chr02 NC_080388.1:46965547-46965561promoter 内 1737-1751 bp - 2250 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 46967811-46970940(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGGTGACT
SmilChr08G004676 Chr08 NC_080394.1:56252930-56252944promoter 内 1510-1524 bp - 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 56247329-56250453(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATAGTAAAACCGTTG
SmilChr08G002701 Chr08 NC_080394.1:26587473-26587487promoter 内 1418-1432 bp + 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 26584280-26584904(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAGCCTCA
SmilChr08G000881 Chr08 NC_080394.1:6519311-6519325promoter 内 1310-1324 bp + 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 6515571-6516634(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGAGCCG
SmilChr08G003801 Chr08 NC_080394.1:43928684-43928698promoter 内 364-378 bp + 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 43932321-43933179(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr07G003023 Chr07 NC_080393.1:31269071-31269085promoter 内 300-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 31272772-31277140(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGGCTCGGACCGTTG
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SmilChr07G004098 Chr07 NC_080393.1:52534074-52534088promoter 内 3959-3973 bp - 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 52532023-52534046(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
SmilChr01G001418 Chr01 NC_080387.1:27767570-27767584promoter 内 3954-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27763875-27767537(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAACCCTC
SmilChr04G000797 Chr04 NC_080390.1:9849722-9849736promoter 内 3947-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9846531-9849682(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGGGCAACCGTTG
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SmilChr08G003856 Chr08 NC_080394.1:45102901-45102915promoter 内 3816-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45103086-45103475(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGCAAAAGACCGTTG
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SmilChr03G002927 Chr03 NC_080389.1:46031893-46031907promoter 内 3706-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46032188-46037115(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCTGGGT