转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 104 / 130 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003232 Chr01 NC_080387.1:51093886-51093894promoter 内 2228-2236 bp - 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51088112-51092121(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr02G004575 Chr02 NC_080388.1:68249263-68249271promoter 内 2227-2235 bp - 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68251037-68253803(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr03G000112 Chr03 NC_080389.1:1256408-1256416promoter 内 2225-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1241646-1254640(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G004171 Chr02 NC_080388.1:64013277-64013285promoter 内 2224-2232 bp - 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64004190-64011508(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr01G004996 Chr01 NC_080387.1:68013686-68013694promoter 内 2223-2231 bp + 1770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68011492-68011916(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G004347 Chr01 NC_080387.1:61613925-61613933promoter 内 2222-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61615704-61616943(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr02G004042 Chr02 NC_080388.1:62727040-62727048promoter 内 2218-2226 bp - 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62728823-62730356(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G001216 Chr02 NC_080388.1:22371039-22371047promoter 内 2210-2218 bp + 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22368393-22369256(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G002980 Chr02 NC_080388.1:50371982-50371990promoter 内 2210-2218 bp + 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50364624-50370199(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G004519 Chr02 NC_080388.1:67712427-67712435promoter 内 2210-2218 bp + 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67710207-67710644(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr01G001927 Chr01 NC_080387.1:34415322-34415330promoter 内 2209-2217 bp + 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34412044-34413538(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr01G002435 Chr01 NC_080387.1:41935404-41935412promoter 内 2206-2214 bp - 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41937199-41940904(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr01G001458 Chr01 NC_080387.1:28298453-28298461promoter 内 2204-2212 bp - 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28292280-28296664(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr02G004126 Chr02 NC_080388.1:63507525-63507533promoter 内 2204-2212 bp + 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63509322-63511553(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr01G003609 Chr01 NC_080387.1:54648537-54648545promoter 内 2203-2211 bp + 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54650335-54651619(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G001169 Chr02 NC_080388.1:21443879-21443887promoter 内 2203-2211 bp - 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21445677-21452087(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr01G002721 Chr01 NC_080387.1:45488224-45488232promoter 内 2202-2210 bp + 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45490023-45490384(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr01G003677 Chr01 NC_080387.1:55188896-55188904promoter 内 2202-2210 bp - 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55184061-55187105(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr02G000410 Chr02 NC_080388.1:5154031-5154039promoter 内 2201-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5155831-5158826(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G002639 Chr02 NC_080388.1:45800562-45800570promoter 内 2194-2202 bp - 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45794741-45798763(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr03G000027 Chr03 NC_080389.1:376875-376883promoter 内 2194-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 372725-375076(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G001596 Chr01 NC_080387.1:30096727-30096735promoter 内 2192-2200 bp + 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30093211-30094926(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G000208 Chr02 NC_080388.1:2739465-2739473promoter 内 2192-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2741274-2744026(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G003357 Chr02 NC_080388.1:54729874-54729882promoter 内 2187-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54731688-54733486(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr02G005578 Chr02 NC_080388.1:75628578-75628586promoter 内 2187-2195 bp + 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75626038-75626772(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr01G003827 Chr01 NC_080387.1:56603605-56603613promoter 内 2186-2194 bp + 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56599963-56601798(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G004157 Chr01 NC_080387.1:60071944-60071952promoter 内 2183-2191 bp - 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60073762-60076300(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr02G001984 Chr02 NC_080388.1:35783428-35783436promoter 内 2182-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35779820-35781617(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G006079 Chr01 NC_080387.1:76235071-76235079promoter 内 2180-2188 bp + 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76236892-76237794(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G000608 Chr01 NC_080387.1:13456549-13456557promoter 内 2175-2183 bp + 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13458375-13460408(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G002892 Chr01 NC_080387.1:47610711-47610719promoter 内 2170-2178 bp - 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47602304-47608888(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTACT
SmilChr01G002624 Chr01 NC_080387.1:44512969-44512977promoter 内 2169-2177 bp + 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44508084-44511145(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G002309 Chr02 NC_080388.1:40712940-40712948promoter 内 2167-2175 bp + 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40702226-40711114(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G005373 Chr02 NC_080388.1:74414945-74414953promoter 内 2166-2174 bp - 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74416780-74419529(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr01G001513 Chr01 NC_080387.1:28964352-28964360promoter 内 2165-2173 bp - 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28966188-28971360(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr01G000450 Chr01 NC_080387.1:9170784-9170792promoter 内 2161-2169 bp - 1832 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9172624-9187531(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
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