转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 105 / 128 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001483 Chr08 NC_080394.1:11957489-11957503promoter 内 1353-1367 bp + 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11952984-11954855(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGTGGTGGAGATGG
SmilChr07G000049 Chr07 NC_080393.1:210258-210272promoter 内 1329-1343 bp + 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 205674-207600(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGAGGTGGAGGAGG
SmilChr01G004336 Chr01 NC_080387.1:61486699-61486713promoter 内 1154-1168 bp + 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61473782-61483866(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGCGGT
SmilChr07G002487 Chr07 NC_080393.1:23537434-23537448promoter 内 1136-1150 bp - 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23540299-23548117(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGTGGTGGAGCGGG
SmilChr08G000078 Chr08 NC_080394.1:448707-448721promoter 内 1115-1129 bp - 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 451593-470408(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGAGGTGGAGGAGG
SmilChr02G004214 Chr02 NC_080388.1:64390250-64390264promoter 内 1069-1083 bp + 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64384833-64387332(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGTGGTGGAGCGGG
SmilChr02G002053 Chr02 NC_080388.1:36934312-36934326promoter 内 1050-1064 bp - 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36937263-36939768(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTTCAGG
SmilChr07G000429 Chr07 NC_080393.1:2989817-2989831promoter 内 1050-1064 bp + 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 2981285-2986880(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGCCGGCGGAGGTGC
SmilChr02G000580 Chr02 NC_080388.1:8374717-8374731promoter 内 1041-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 8368791-8371771(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCATCTCCACCGTCA
SmilChr07G000391 Chr07 NC_080393.1:2632260-2632274promoter 内 1003-1017 bp - 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 2635258-2636497(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGCCGGCGGAGGTGC
SmilChr06G001438 Chr06 NC_080392.1:15183151-15183165promoter 内 917-931 bp + 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15177707-15180081(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGTGGAGCTGA
SmilChr01G002031 Chr01 NC_080387.1:35893965-35893979promoter 内 885-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35889237-35890863(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCCTCCACCGTCG
SmilChr04G002639 Chr04 NC_080390.1:41796373-41796387promoter 内 862-876 bp - 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 41790560-41793248(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCATCACCGCCG
SmilChr08G003057 Chr08 NC_080394.1:30724783-30724797promoter 内 861-875 bp - 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30715755-30721657(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGTCTCCACCGCTT
SmilChr08G001485 Chr08 NC_080394.1:11957489-11957503promoter 内 792-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11960698-11963284(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCACCT
SmilChr07G001002 Chr07 NC_080393.1:7281998-7282012promoter 内 742-756 bp - 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7285257-7287896(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGATTT
SmilChr04G001303 Chr04 NC_080390.1:20727497-20727511promoter 内 601-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20730897-20748029(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGATGGCTG
SmilChr08G003703 Chr08 NC_080394.1:41505326-41505340promoter 内 552-566 bp - 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 41508775-41512235(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCCACTG
SmilChr05G001211 Chr05 NC_080391.1:10189257-10189271promoter 内 469-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10182345-10185739(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGAGCC
SmilChr01G002093 Chr01 NC_080387.1:36943823-36943837promoter 内 466-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36947358-36950451(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACATGCACCGCCA
SmilChr03G002245 Chr03 NC_080389.1:35405435-35405449promoter 内 343-357 bp + 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35399236-35401791(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCCGCGT
SmilChr04G002793 Chr04 NC_080390.1:43810053-43810067promoter 内 337-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43804021-43806403(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCACACCACCGCCA
SmilChr02G005028 Chr02 NC_080388.1:72015802-72015816promoter 内 149-163 bp + 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72019654-72023823(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACATGCACCGCCA
SmilChr07G000576 Chr07 NC_080393.1:3913053-3913067promoter 内 116-130 bp + 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3916938-3920151(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTATCTCCACCGCCG
SmilChr07G004480 Chr07 NC_080393.1:57357809-57357823promoter 内 106-120 bp - 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 57352811-57353928(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCTCCA
SmilChr06G003041 Chr06 NC_080392.1:43268354-43268368promoter 内 78-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43261512-43264445(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCAATCCACCGCCT
SmilChr05G000030 Chr05 NC_080391.1:144319-144333promoter 内 54-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 148266-151780(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGCCCGCCACCGCTA
SmilChr06G001445 Chr06 NC_080392.1:15265615-15265629promoter 内 35-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15269581-15271155(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCTCCA
SmilChr05G001227 Chr05 NC_080391.1:10360948-10360962promoter 内 3003-3017 bp + 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 10358360-10359964(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGGCG
SmilChr01G001009 Chr01 NC_080387.1:21218178-21218192promoter 内 1818-1832 bp + 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 21220361-21223520(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCACCG
SmilChr01G006151 Chr01 NC_080387.1:76970728-76970742promoter 内 3767-3781 bp - 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 76964924-76970508(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCTATCACCGCCG
SmilChr07G001845 Chr07 NC_080393.1:15965608-15965622promoter 内 3518-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 15960962-15965139(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCACCG
SmilChr03G001100 Chr03 NC_080389.1:12666862-12666876promoter 内 3438-3452 bp - 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 12665480-12666313(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCTGCCACCGCCG
SmilChr02G002016 Chr02 NC_080388.1:36315343-36315357promoter 内 3184-3198 bp + 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 36313282-36314540(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTCA
SmilChr02G002015 Chr02 NC_080388.1:36309092-36309106promoter 内 3177-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 36306972-36308282(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTCA
SmilChr07G001717 Chr07 NC_080393.1:14589143-14589157promoter 内 3094-3108 bp - 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 14590050-14593147(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGATGGCTG
SmilChr05G001415 Chr05 NC_080391.1:12771409-12771423promoter 内 2882-2896 bp - 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 12772528-12790312(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGAGATGG
SmilChr03G001099 Chr03 NC_080389.1:12666862-12666876promoter 内 2607-2621 bp - 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 12664727-12665482(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCTGCCACCGCCG
SmilChr04G000046 Chr04 NC_080390.1:421238-421252promoter 内 2468-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 422771-424229(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGCTGC
SmilChr01G001248 Chr01 NC_080387.1:24995170-24995184promoter 内 2031-2045 bp - 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 24997140-24997760(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGCGGC
SmilChr04G004103 Chr04 NC_080390.1:56001619-56001633promoter 内 2019-2033 bp + 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 55993535-55999651(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGAGATGG
SmilChr01G003867 Chr01 NC_080387.1:56918702-56918716promoter 内 1975-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 56913994-56916690(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCACCG
SmilChr04G002504 Chr04 NC_080390.1:40001262-40001276promoter 内 1747-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 40003516-40005619(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTGCGCCACCGCTG
SmilChr04G000044 Chr04 NC_080390.1:421238-421252promoter 内 1165-1179 bp - 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 414793-418416(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAGCCCCACCGCCG
SmilChr01G004190 Chr01 NC_080387.1:60362103-60362117promoter 内 1122-1136 bp - 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 60364982-60367666(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGGGCTGG
SmilChr05G003974 Chr05 NC_080391.1:53541155-53541169promoter 内 1010-1024 bp + 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 53537027-53538178(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGTGGCGGATG
SmilChr04G002924 Chr04 NC_080390.1:45508311-45508325promoter 内 3946-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 45506385-45508270(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACGGTGGAGGCTC
SmilChr01G003213 Chr01 NC_080387.1:50911139-50911153promoter 内 3746-3760 bp + 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50903496-50910898(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGCGGC
SmilChr05G001228 Chr05 NC_080391.1:10360948-10360962promoter 内 3704-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 10361245-10361646(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCGACCACCGCCG
SmilChr02G002024 Chr02 NC_080388.1:36460315-36460329promoter 内 3698-3712 bp - 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 36460618-36461580(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGCGGAGGTGA