转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 11 / 144 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000341 Chr02 NC_080388.1:4440389-4440401promoter 内 3675-3687 bp - 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 4440715-4441287(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCCGTTGACCTAT
SmilChr01G005133 Chr01 NC_080387.1:69133769-69133781promoter 内 3623-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 69131839-69133403(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGGGTTGACTTTG
SmilChr03G003889 Chr03 NC_080389.1:57964059-57964071promoter 内 3548-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 57961116-57963618(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCTGTTGACTTTT
SmilChr03G001398 Chr03 NC_080389.1:16600615-16600627promoter 内 3279-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 16601337-16604106(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAAGTCAACTGC
SmilChr02G001563 Chr02 NC_080388.1:28895304-28895316promoter 内 2813-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 28896492-28899647(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAGGTCAACGTA
SmilChr02G001103 Chr02 NC_080388.1:19847407-19847419promoter 内 2510-2522 bp - 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 19848898-19852362(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACCGTTGACTCTG
SmilChr02G001114 Chr02 NC_080388.1:20110369-20110381promoter 内 2468-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 20105086-20108848(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATCGTTGACTTGG
SmilChr02G000752 Chr02 NC_080388.1:12268350-12268362promoter 内 2085-2097 bp - 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 12265035-12266446(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAACCCA
SmilChr03G000216 Chr03 NC_080389.1:2511322-2511334promoter 内 1490-1502 bp + 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 2513833-2516724(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACTAC
SmilChr04G000061 Chr04 NC_080390.1:549380-549392promoter 内 1065-1077 bp - 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 552316-553638(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGGGTTGACTTTG
SmilChr02G000753 Chr02 NC_080388.1:12268350-12268362promoter 内 679-691 bp - 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 12271672-12277517(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGGGTTGACTTTG
SmilChr04G001731 Chr04 NC_080390.1:28551731-28551743promoter 内 572-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 28555160-28558097(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAACCCA
SmilChr01G000327 Chr01 NC_080387.1:6616890-6616902promoter 内 420-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 6620471-6623501(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTAGTTGACTTTT
SmilChr03G001506 Chr03 NC_080389.1:18418808-18418820promoter 内 202-214 bp - 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 18410005-18415021(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGAAGTCAACGAA
SmilChr01G000482 Chr01 NC_080387.1:9893009-9893021promoter 内 41-53 bp - 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 9896969-9897839(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACGTTGACTATT
SmilChr01G003301 Chr01 NC_080387.1:51700098-51700110promoter 内 566-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 51694329-51696675(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGAAGTCAACGGT
SmilChr03G001441 Chr03 NC_080389.1:17149552-17149564promoter 内 39-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 17144939-17145602(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTAGTTGACTTTG
SmilChr03G004740 Chr03 NC_080389.1:64530224-64530236promoter 内 3771-3783 bp + 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 64530454-64539570(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACTCA
SmilChr01G001746 Chr01 NC_080387.1:32138163-32138175promoter 内 3751-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 32138413-32139448(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGAAGTCAACGGT
SmilChr02G004407 Chr02 NC_080388.1:66389676-66389688promoter 内 3264-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 66390413-66392292(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATAGTCAACGAG
SmilChr01G004674 Chr01 NC_080387.1:64833790-64833802promoter 内 2109-2121 bp - 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 64835682-64837584(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGCGTTGACTACT
SmilChr02G004406 Chr02 NC_080388.1:66389676-66389688promoter 内 1981-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 66385204-66387668(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTCGTTGACTATT
SmilChr02G001397 Chr02 NC_080388.1:26492221-26492233promoter 内 1508-1520 bp - 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 26494714-26497952(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGCGTTGACTACT
SmilChr02G001395 Chr02 NC_080388.1:26492221-26492233promoter 内 1244-1256 bp - 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 26487820-26489476(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGTAGTCAACGCC
SmilChr02G005187 Chr02 NC_080388.1:73179710-73179722promoter 内 1049-1061 bp + 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 73182662-73184352(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACCGA
SmilChr01G002043 Chr01 NC_080387.1:36128734-36128746promoter 内 803-815 bp - 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 36131932-36134712(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACGTTGACTATT
SmilChr01G002774 Chr01 NC_080387.1:46182965-46182977promoter 内 737-749 bp - 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 46186229-46186729(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCTGTTGACTTTG
SmilChr04G000129 Chr04 NC_080390.1:1101159-1101171promoter 内 3972-3984 bp - 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 1101188-1103149(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCGGTTGACTTTG
SmilChr01G005416 Chr01 NC_080387.1:71376254-71376266promoter 内 3935-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 71373066-71376200(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGAGTTGACTTTT
SmilChr02G004338 Chr02 NC_080388.1:65630241-65630253promoter 内 3888-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 65619917-65630140(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGAGTTGACTTTT
SmilChr03G002297 Chr03 NC_080389.1:36190245-36190257promoter 内 3796-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 36185510-36190052(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCGGTTGACTTTT
SmilChr01G000670 Chr01 NC_080387.1:14835932-14835944promoter 内 3795-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 14835325-14835738(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAACTAC
SmilChr01G000548 Chr01 NC_080387.1:11346964-11346976promoter 内 3787-3799 bp + 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 11347178-11347583(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAACTAC
SmilChr04G001207 Chr04 NC_080390.1:18676140-18676152promoter 内 3770-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 18675534-18675921(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAACTAC
SmilChr02G004885 Chr02 NC_080388.1:70932535-70932547promoter 内 3634-3646 bp - 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 70929384-70932180(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACTCA
SmilChr02G001871 Chr02 NC_080388.1:33992684-33992696promoter 内 3206-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 33990153-33991901(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACTCA
SmilChr01G002734 Chr01 NC_080387.1:45691837-45691849promoter 内 3008-3020 bp + 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 45692830-45692988(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAGAGTCAACGGC
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SmilChr01G002735 Chr01 NC_080387.1:45691837-45691849promoter 内 1909-1921 bp + 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 45693929-45694047(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAGAGTCAACGGC
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SmilChr03G003210 Chr03 NC_080389.1:49698107-49698119promoter 内 1330-1342 bp + 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 49693296-49695448(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGCGTTGACTCTT
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SmilChr01G000973 Chr01 NC_080387.1:20587699-20587711promoter 内 1025-1037 bp - 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 20590675-20594808(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGCGTTGACTCTT