转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 11 / 130 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003620 Chr01 NC_080387.1:54750928-54750940promoter 内 2759-2771 bp - 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 54752170-54757040(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATTCTTAA
SmilChr02G000894 Chr02 NC_080388.1:15387321-15387333promoter 内 2292-2304 bp + 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 15389030-15392007(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAAGAATATTCT
SmilChr02G001643 Chr02 NC_080388.1:30507901-30507913promoter 内 2115-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 30503466-30506027(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTTTG
SmilChr01G002225 Chr01 NC_080387.1:38728470-38728482promoter 内 1251-1263 bp - 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 38724949-38725732(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATAGAATATTCT
SmilChr02G001601 Chr02 NC_080388.1:29859604-29859616promoter 内 1214-1226 bp + 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 29854104-29856829(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCCGTG
SmilChr01G002208 Chr01 NC_080387.1:38421530-38421542promoter 内 1190-1202 bp - 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 38418011-38418731(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATAGAATATTCT
SmilChr01G004678 Chr01 NC_080387.1:64874747-64874759promoter 内 1111-1123 bp + 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 64867873-64871869(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTATT
SmilChr02G001360 Chr02 NC_080388.1:25438304-25438316promoter 内 980-992 bp + 3009 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 25433017-25435295(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGTATATTCTGTT
SmilChr01G002792 Chr01 NC_080387.1:46431496-46431508promoter 内 341-353 bp - 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 46435156-46437299(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTTTG
SmilChr01G004694 Chr01 NC_080387.1:64989165-64989177promoter 内 3629-3641 bp + 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 64989537-64990530(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AACAGAATATCCC
SmilChr01G003739 Chr01 NC_080387.1:55712883-55712895promoter 内 2172-2184 bp - 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 55714712-55714784(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGTATATTCTGTT
SmilChr02G005370 Chr02 NC_080388.1:74399597-74399609promoter 内 2598-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 5 74374767-74398206(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAAAGAATATTCT
SmilChr03G000845 Chr03 NC_080389.1:9651733-9651745promoter 内 1724-1736 bp - 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 9637415-9649468(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATTCT
SmilChr01G001181 Chr01 NC_080387.1:23863015-23863027promoter 内 1333-1345 bp + 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 23859430-23860359(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTTTA
SmilChr03G001605 Chr03 NC_080389.1:20394030-20394042promoter 内 234-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 20397797-20407179(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCCGAATATTCT
SmilChr03G001150 Chr03 NC_080389.1:13256630-13256642promoter 内 3730-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 13256901-13258244(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCT
SmilChr03G000846 Chr03 NC_080389.1:9651733-9651745promoter 内 3635-3647 bp - 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 9652099-9653931(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTGCT
SmilChr03G000755 Chr03 NC_080389.1:8637523-8637535promoter 内 2849-2861 bp - 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 8638675-8640067(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCGATT
SmilChr01G000793 Chr01 NC_080387.1:17223589-17223601promoter 内 2753-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 17214513-17222353(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAAGAATATACC
SmilChr01G001574 Chr01 NC_080387.1:29785564-29785576promoter 内 2536-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 29787029-29788408(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr01G005063 Chr01 NC_080387.1:68537629-68537641promoter 内 1391-1403 bp - 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 68531427-68535031(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ACGAGAATATTCC
SmilChr01G001727 Chr01 NC_080387.1:31814197-31814209promoter 内 1087-1099 bp - 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 31817111-31822515(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTTTA
SmilChr01G001803 Chr01 NC_080387.1:32955689-32955701promoter 内 721-733 bp - 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 32958969-32964067(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTTTA
SmilChr01G005726 Chr01 NC_080387.1:73408673-73408685promoter 内 3551-3563 bp + 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 73409123-73409703(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TATAGAATATTCC
SmilChr01G000511 Chr01 NC_080387.1:10400263-10400275promoter 内 3263-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 10401001-10401339(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr02G002032 Chr02 NC_080388.1:36619985-36619997promoter 内 3196-3208 bp + 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 36620790-36622199(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr01G001911 Chr01 NC_080387.1:34260133-34260145promoter 内 3095-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 34261039-34264431(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCCTCG
SmilChr01G001867 Chr01 NC_080387.1:33671620-33671632promoter 内 3078-3090 bp - 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 33672543-33675933(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCCTCG
SmilChr01G000416 Chr01 NC_080387.1:8419865-8419877promoter 内 2817-2829 bp + 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 8421049-8423907(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr01G002894 Chr01 NC_080387.1:47627070-47627082promoter 内 2312-2324 bp + 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 47624176-47625393(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATGCGCAT
SmilChr01G006149 Chr01 NC_080387.1:76958089-76958101promoter 内 2177-2189 bp + 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 76959913-76962545(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAAAGAATATTCT
SmilChr02G004996 Chr02 NC_080388.1:71793483-71793495promoter 内 1826-1838 bp - 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 71795658-71799342(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATTCTCGT
SmilChr01G001643 Chr01 NC_080387.1:30470439-30470451promoter 内 1383-1395 bp - 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 30465156-30467833(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCT
SmilChr01G001225 Chr01 NC_080387.1:24540251-24540263promoter 内 1332-1344 bp + 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 24531958-24537594(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTTTA
SmilChr03G000458 Chr03 NC_080389.1:4882247-4882259promoter 内 797-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 4885451-4887397(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTTTA
SmilChr01G001226 Chr01 NC_080387.1:24540251-24540263promoter 内 591-603 bp + 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 24534961-24536853(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTTTA
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