转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 11 / 160 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G004036 Chr04 NC_080390.1:55592797-55592807promoter 内 1479-1489 bp + 2512 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 55595319-55601407(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr03G003483 Chr03 NC_080389.1:53404736-53404746promoter 内 3434-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 53402869-53404179(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr05G002591 Chr05 NC_080391.1:29110087-29110097promoter 内 3322-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 29110766-29115636(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAACTC
SmilChr05G002460 Chr05 NC_080391.1:27124054-27124064promoter 内 3189-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 27124866-27127639(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGTT
SmilChr05G002592 Chr05 NC_080391.1:29110087-29110097promoter 内 3053-3063 bp + 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 29111035-29112357(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAACTC
SmilChr01G002760 Chr01 NC_080387.1:46000504-46000514promoter 内 2758-2768 bp - 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 46001747-46006775(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr01G001005 Chr01 NC_080387.1:21174132-21174142promoter 内 2267-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 21175866-21178442(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAGTTACGTAT
SmilChr05G002144 Chr05 NC_080391.1:22615358-22615368promoter 内 2190-2200 bp + 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 22604656-22613557(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr02G003530 Chr02 NC_080388.1:56450262-56450272promoter 内 2105-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 56452158-56455371(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr02G003912 Chr02 NC_080388.1:61216117-61216127promoter 内 1557-1567 bp + 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 61206599-61213683(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr05G002590 Chr05 NC_080391.1:29110087-29110097promoter 内 1430-1440 bp + 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 29106702-29107526(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAGTTACGTGC
SmilChr03G003885 Chr03 NC_080389.1:57924420-57924430promoter 内 1284-1294 bp + 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 57927137-57928793(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr01G000150 Chr01 NC_080387.1:2564934-2564944promoter 内 841-851 bp + 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 2559918-2561784(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAGTTACGTAT
SmilChr04G001651 Chr04 NC_080390.1:27460526-27460536promoter 内 404-414 bp + 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 27464123-27465643(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATACGTAACTT
SmilChr03G003884 Chr03 NC_080389.1:57924420-57924430promoter 内 219-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 57920037-57920648(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr01G000633 Chr01 NC_080387.1:14220294-14220304promoter 内 166-176 bp + 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 14213891-14216469(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AACTTACGTGT
SmilChr01G004357 Chr01 NC_080387.1:61763610-61763620promoter 内 88-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 61756501-61759707(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr02G004272 Chr02 NC_080388.1:64922925-64922935promoter 内 3984-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 64921711-64922918(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGTT
SmilChr03G003412 Chr03 NC_080389.1:52459972-52459982promoter 内 3984-3994 bp + 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52458654-52459965(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGATTACGTGC
SmilChr04G001943 Chr04 NC_080390.1:31540124-31540134promoter 内 3961-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 31538213-31540094(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AACTTACGTGT
SmilChr01G004650 Chr01 NC_080387.1:64579745-64579755promoter 内 3900-3910 bp - 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 64579846-64585707(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAGTTACGTGC
SmilChr04G003983 Chr04 NC_080390.1:55267329-55267339promoter 内 3741-3751 bp + 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 55267589-55277119(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATACGTAACTT
SmilChr01G004337 Chr01 NC_080387.1:61492594-61492604promoter 内 3683-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 61489743-61492286(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr05G004118 Chr05 NC_080391.1:55099259-55099269promoter 内 3680-3690 bp - 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 55099580-55102960(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr02G004063 Chr02 NC_080388.1:62931290-62931300promoter 内 3596-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 62931695-62936721(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr03G004130 Chr03 NC_080389.1:60139050-60139060promoter 内 3482-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 60132350-60138541(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAGTTACGTGC
SmilChr02G005489 Chr02 NC_080388.1:75070717-75070727promoter 内 3366-3376 bp - 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 75065089-75070092(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr02G003013 Chr02 NC_080388.1:50816492-50816502promoter 内 3328-3338 bp + 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 50814886-50815829(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr06G000535 Chr06 NC_080392.1:4457919-4457929promoter 内 3308-3318 bp - 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 4453857-4457236(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATACGTAACTT
SmilChr01G004350 Chr01 NC_080387.1:61699866-61699876promoter 内 3296-3306 bp - 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 61700571-61709022(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAGTTACGTAT
SmilChr04G001571 Chr04 NC_080390.1:26062211-26062221promoter 内 3247-3257 bp - 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 26062965-26070875(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAGTTACGTAT
SmilChr02G002660 Chr02 NC_080388.1:46024932-46024942promoter 内 3029-3039 bp - 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 46021666-46023970(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr02G002245 Chr02 NC_080388.1:39868037-39868047promoter 内 3010-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 39864346-39867056(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATACGTAACTT
SmilChr05G003797 Chr05 NC_080391.1:51294435-51294445promoter 内 2816-2826 bp - 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 51295620-51298508(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAGTTACGTAT
SmilChr02G004027 Chr02 NC_080388.1:62547613-62547623promoter 内 2799-2809 bp - 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 62542073-62546421(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGTT
SmilChr05G002040 Chr05 NC_080391.1:21232098-21232108promoter 内 2762-2772 bp - 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 21233337-21242290(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGATTACGTGC
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