转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 110 / 135 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004567 Chr02 NC_080388.1:68184433-68184447promoter 内 580-594 bp + 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 68187854-68194128(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACACCCTTATCATT
SmilChr02G005083 Chr02 NC_080388.1:72455453-72455467promoter 内 567-581 bp - 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 72458887-72460404(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAATTAAA
SmilChr03G000552 Chr03 NC_080389.1:5971006-5971020promoter 内 184-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 5974823-5979533(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTTATGTTATCCTT
SmilChr03G001100 Chr03 NC_080389.1:12670180-12670194promoter 内 120-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 12665480-12666313(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGTTCCTTATCTGA
SmilChr01G002902 Chr01 NC_080387.1:47700049-47700063promoter 内 3960-3974 bp + 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 47698916-47700022(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCATACA
SmilChr02G000384 Chr02 NC_080388.1:4793869-4793883promoter 内 3909-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4793961-4795480(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAAGTTATA
SmilChr02G004695 Chr02 NC_080388.1:69291193-69291207promoter 内 3886-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 69290475-69291092(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAACTCTTATCCAA
SmilChr01G000383 Chr01 NC_080387.1:7873767-7873781promoter 内 3834-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7873934-7877658(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGACCCTTATCTAA
SmilChr03G001396 Chr03 NC_080389.1:16581599-16581613promoter 内 3758-3772 bp + 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 16581842-16589213(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATATTTTTATCCTC
SmilChr01G002294 Chr01 NC_080387.1:39777213-39777227promoter 内 3742-3756 bp - 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39776189-39776968(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCAAGATTATCCTA
SmilChr02G001467 Chr02 NC_080388.1:27407293-27407307promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 27403928-27407020(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGCTGGG
SmilChr01G000975 Chr01 NC_080387.1:20604384-20604398promoter 内 3565-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20601292-20603962(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCAAGATTATCCTA
SmilChr02G003627 Chr02 NC_080388.1:57609719-57609733promoter 内 3558-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 57610162-57614313(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCGATAAGGATATG
SmilChr01G005255 Chr01 NC_080387.1:70046602-70046616promoter 内 3477-3491 bp - 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 70046009-70046092(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACGACCTTATCACT
SmilChr03G002257 Chr03 NC_080389.1:35526751-35526765promoter 内 3476-3490 bp + 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 35522220-35526240(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATCTTGGG
SmilChr02G003148 Chr02 NC_080388.1:52507185-52507199promoter 内 3445-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52505293-52506643(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATAATCCA
SmilChr02G002904 Chr02 NC_080388.1:49357735-49357749promoter 内 3396-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49351633-49357144(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGGGCGAC
SmilChr02G002980 Chr02 NC_080388.1:50370841-50370855promoter 内 3345-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 50364624-50370199(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTAATTATTATCCTT
SmilChr02G000164 Chr02 NC_080388.1:2133473-2133487promoter 内 3340-3354 bp - 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2130772-2132826(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATTATATTATCCTT
SmilChr03G001582 Chr03 NC_080389.1:20014613-20014627promoter 内 3285-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20012117-20013911(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGATGCCTTATCTTA
SmilChr01G005254 Chr01 NC_080387.1:70046602-70046616promoter 内 3112-3126 bp - 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 70041869-70045727(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACGACCTTATCACT
SmilChr03G000183 Chr03 NC_080389.1:1957472-1957486promoter 内 3084-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1946613-1956569(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGAATATA
SmilChr02G000531 Chr02 NC_080388.1:7308569-7308583promoter 内 3020-3034 bp - 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7309550-7325735(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCATACA
SmilChr01G001813 Chr01 NC_080387.1:33083085-33083099promoter 内 2900-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 33084186-33088888(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCATACA
SmilChr01G005633 Chr01 NC_080387.1:72775758-72775772promoter 内 2866-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 72769177-72774637(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGCAAAA
SmilChr03G000026 Chr03 NC_080389.1:369080-369094promoter 内 2842-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 370239-372416(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAACCATTATCCTC
SmilChr02G003625 Chr02 NC_080388.1:57573112-57573126promoter 内 2778-2792 bp - 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 57570021-57571903(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATCTCCTTATCAGA
SmilChr03G000178 Chr03 NC_080389.1:1920447-1920461promoter 内 2730-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1921718-1923415(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAGATGTTATCCTC
SmilChr01G004677 Chr01 NC_080387.1:64864681-64864695promoter 内 2705-2719 bp + 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 64860208-64863399(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAAATATG
SmilChr03G002807 Chr03 NC_080389.1:44531006-44531020promoter 内 2677-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44527081-44529696(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGTTCATTATCCTT
SmilChr01G001583 Chr01 NC_080387.1:29848928-29848942promoter 内 2650-2664 bp - 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 29846602-29847591(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCAACTTTATCCTT
SmilChr02G004804 Chr02 NC_080388.1:70222469-70222483promoter 内 2613-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 70217075-70221095(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAATCCTTATCATG
SmilChr01G001195 Chr01 NC_080387.1:24101257-24101271promoter 内 2567-2581 bp - 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 24097390-24099837(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGCCCCTTATCCCT
SmilChr01G004908 Chr01 NC_080387.1:67113807-67113821promoter 内 2547-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 67115261-67119955(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCAAGATTATCCTA
SmilChr01G001876 Chr01 NC_080387.1:33771067-33771081promoter 内 2514-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 33772554-33773888(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAAGCCTTATCATT
SmilChr02G002627 Chr02 NC_080388.1:45618991-45619005promoter 内 2511-2525 bp - 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45611248-45617515(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCCCCCTTATCATC
SmilChr01G002636 Chr01 NC_080387.1:44639299-44639313promoter 内 2504-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44640796-44644909(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGATTATTATCCTC
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SmilChr01G002726 Chr01 NC_080387.1:45619347-45619361promoter 内 2370-2384 bp + 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45620978-45622168(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAATTATTATCCTT
SmilChr01G005868 Chr01 NC_080387.1:74622607-74622621promoter 内 2322-2336 bp + 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 74618551-74620942(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGGGGCTG
SmilChr01G000275 Chr01 NC_080387.1:5459945-5459959promoter 内 2272-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 5461674-5465796(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAATTGCTTATCCAT
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SmilChr02G001157 Chr02 NC_080388.1:21110521-21110535promoter 内 2150-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 21112372-21115555(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATACTCTTATCCCT
SmilChr03G001102 Chr03 NC_080389.1:12676399-12676413promoter 内 2103-2117 bp - 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 12678297-12684786(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAATGTTTTC
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SmilChr03G001637 Chr03 NC_080389.1:21112309-21112323promoter 内 2043-2057 bp + 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 21114267-21117392(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCATCCCTTATCTTA
SmilChr03G001212 Chr03 NC_080389.1:13939589-13939603promoter 内 2040-2054 bp - 1947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 13941550-13942248(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGTATGA