转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 113 / 135 下载 TSV

上一页 113 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003916 Chr01 NC_080387.1:57439626-57439640promoter 内 2215-2229 bp - 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57435045-57437854(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTCATCTTATCCCG
SmilChr01G003900 Chr01 NC_080387.1:57291182-57291196promoter 内 2157-2171 bp - 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57286627-57289352(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTCATCTTATCCCG
SmilChr01G002232 Chr01 NC_080387.1:38797103-38797117promoter 内 2099-2113 bp + 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38799005-38801879(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCCTCCTTATCAGA
SmilChr02G005160 Chr02 NC_080388.1:72945020-72945034promoter 内 2069-2083 bp - 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72946952-72949072(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATAGTT
SmilChr01G002133 Chr01 NC_080387.1:37323572-37323586promoter 内 1983-1997 bp - 2004 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 37316020-37321568(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATACCCTTATCAAT
SmilChr01G001016 Chr01 NC_080387.1:21331885-21331899promoter 内 1958-1972 bp + 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21322126-21329856(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGAGGCC
SmilChr01G001091 Chr01 NC_080387.1:22361372-22361386promoter 内 1952-1966 bp - 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22363421-22371155(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGAGGCC
SmilChr01G002216 Chr01 NC_080387.1:38487648-38487662promoter 内 1943-1957 bp + 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38489706-38492423(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCCTCCTTATCAGA
SmilChr01G001261 Chr01 NC_080387.1:25302931-25302945promoter 内 1939-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25304993-25307909(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAACACCTTATCAGA
SmilChr01G001712 Chr01 NC_080387.1:31590510-31590524promoter 内 1848-1862 bp - 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 31592663-31598105(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGGAATAC
SmilChr01G004027 Chr01 NC_080387.1:58697510-58697524promoter 内 1794-1808 bp + 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58694404-58695317(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGCTCCTC
SmilChr02G005109 Chr02 NC_080388.1:72601090-72601104promoter 内 1738-1752 bp - 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72597857-72598841(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCACCCTTATCATT
SmilChr02G003436 Chr02 NC_080388.1:55598892-55598906promoter 内 1710-1724 bp + 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55589245-55596615(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTGATAAGGAAATA
SmilChr02G002399 Chr02 NC_080388.1:41876769-41876783promoter 内 1598-1612 bp + 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41879172-41880548(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGAGCCTTATCAAT
SmilChr02G004740 Chr02 NC_080388.1:69622378-69622392promoter 内 1578-1592 bp + 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 69619134-69619969(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGAGATGT
SmilChr01G000028 Chr01 NC_080387.1:544843-544857promoter 内 1508-1522 bp + 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 541403-542364(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCAACTT
SmilChr01G000132 Chr01 NC_080387.1:2220652-2220666promoter 内 1481-1495 bp - 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2216359-2218146(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGGCCTTATCTAT
SmilChr01G003432 Chr01 NC_080387.1:52955973-52955987promoter 内 1446-1460 bp + 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52952881-52953432(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGTAAATT
SmilChr02G003970 Chr02 NC_080388.1:61879555-61879569promoter 内 1419-1433 bp - 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 61876547-61876987(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATTGCCCTATCCTC
SmilChr01G003258 Chr01 NC_080387.1:51291589-51291603promoter 内 1415-1429 bp - 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51287959-51289017(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAATTATTATCCTT
SmilChr01G002562 Chr01 NC_080387.1:43746574-43746588promoter 内 1325-1339 bp + 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43749250-43751433(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATCTTGTTATCCTT
SmilChr01G000145 Chr01 NC_080387.1:2438180-2438194promoter 内 1206-1220 bp + 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2440975-2446801(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTACACCTTATCGAC
SmilChr03G002602 Chr03 NC_080389.1:41331713-41331727promoter 内 1190-1204 bp - 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41328038-41328916(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTTTATTATCCTA
SmilChr03G001824 Chr03 NC_080389.1:24981641-24981655promoter 内 1179-1193 bp + 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24984463-24988402(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATATGATTATCCTC
SmilChr02G003324 Chr02 NC_080388.1:54521015-54521029promoter 内 1149-1163 bp + 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54514246-54518177(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGAACTA
SmilChr03G002187 Chr03 NC_080389.1:34164867-34164881promoter 内 1042-1056 bp - 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34160780-34161922(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAACTGCTTATCCTT
SmilChr01G002213 Chr01 NC_080387.1:38487648-38487662promoter 内 958-972 bp + 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38481612-38484619(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGATAAGGAGGAA
SmilChr01G002230 Chr01 NC_080387.1:38797103-38797117promoter 内 958-972 bp + 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38791046-38794074(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGATAAGGAGGAA
SmilChr01G003917 Chr01 NC_080387.1:57439626-57439640promoter 内 873-887 bp - 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57442754-57447133(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGGATAAGATGAGA
SmilChr01G003304 Chr01 NC_080387.1:51728323-51728337promoter 内 804-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51731520-51733060(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGATAAGGATTAA
SmilChr02G001130 Chr02 NC_080388.1:20440350-20440364promoter 内 775-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20436674-20437138(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGCCCTTATCTAT
SmilChr02G000543 Chr02 NC_080388.1:7499451-7499465promoter 内 768-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7493156-7496232(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCCACCTTATCAAG
SmilChr02G001242 Chr02 NC_080388.1:22812293-22812307promoter 内 712-726 bp + 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22805990-22809018(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGCAATA
SmilChr02G002022 Chr02 NC_080388.1:36446916-36446930promoter 内 701-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 36450216-36450997(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGAGTGGT
SmilChr02G002406 Chr02 NC_080388.1:41970204-41970218promoter 内 591-605 bp + 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41973614-42011446(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTAGACTTATCCAC
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