转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 115 / 119 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000777 Chr02 NC_080388.1:12728081-12728090promoter 内 1182-1191 bp - 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12730900-12731858(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr02G001022 Chr02 NC_080388.1:18093002-18093011promoter 内 1168-1177 bp - 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18087031-18090178(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr01G003779 Chr01 NC_080387.1:56187809-56187818promoter 内 1158-1167 bp - 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56182250-56184975(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr01G003120 Chr01 NC_080387.1:50018183-50018192promoter 内 1123-1132 bp + 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50021061-50021720(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr02G002648 Chr02 NC_080388.1:45875368-45875377promoter 内 1099-1108 bp + 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45871242-45872475(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr01G000153 Chr01 NC_080387.1:2593928-2593937promoter 内 1085-1094 bp + 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2596844-2599067(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CGGTGATTGG
SmilChr01G001353 Chr01 NC_080387.1:26801133-26801142promoter 内 1085-1094 bp + 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26804049-26809727(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr02G001588 Chr02 NC_080388.1:29620888-29620897promoter 内 1029-1038 bp + 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29616400-29617925(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr01G000970 Chr01 NC_080387.1:20562092-20562101promoter 内 988-997 bp - 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20552989-20559088(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr02G002046 Chr02 NC_080388.1:36862604-36862613promoter 内 958-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36865647-36866610(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr01G000620 Chr01 NC_080387.1:13722033-13722042promoter 内 942-951 bp - 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13725092-13726006(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr02G002317 Chr02 NC_080388.1:40778738-40778747promoter 内 912-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40781827-40786616(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr01G004612 Chr01 NC_080387.1:64084121-64084130promoter 内 880-889 bp - 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64076344-64081009(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr01G005622 Chr01 NC_080387.1:72715347-72715356promoter 内 875-884 bp + 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72708889-72712230(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr02G000189 Chr02 NC_080388.1:2357811-2357820promoter 内 843-852 bp - 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2360969-2364496(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACCG
SmilChr01G003802 Chr01 NC_080387.1:56409967-56409976promoter 内 809-818 bp + 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56402452-56406784(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACCG
SmilChr01G003872 Chr01 NC_080387.1:56966073-56966082promoter 内 803-812 bp - 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56969271-56973593(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACCG
SmilChr01G000449 Chr01 NC_080387.1:9167246-9167255promoter 内 767-776 bp - 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9170480-9171238(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr01G004708 Chr01 NC_080387.1:65188679-65188688promoter 内 696-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 65183708-65185383(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr02G002630 Chr02 NC_080388.1:45680814-45680823promoter 内 654-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45684161-45685721(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr01G001939 Chr01 NC_080387.1:34590251-34590260promoter 内 646-655 bp + 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34582458-34586905(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr01G005624 Chr01 NC_080387.1:72715347-72715356promoter 内 607-616 bp + 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72718741-72722620(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr01G001354 Chr01 NC_080387.1:26806554-26806563promoter 内 564-573 bp + 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26809991-26810948(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr02G001081 Chr02 NC_080388.1:19345000-19345009promoter 内 399-408 bp - 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19348602-19354614(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr02G003452 Chr02 NC_080388.1:55809200-55809209promoter 内 396-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55802597-55805604(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr02G000922 Chr02 NC_080388.1:16024241-16024250promoter 内 381-390 bp + 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16012908-16020630(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr02G004060 Chr02 NC_080388.1:62897572-62897581promoter 内 378-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62890608-62893958(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr01G002922 Chr01 NC_080387.1:48006309-48006318promoter 内 324-333 bp - 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48001735-48002641(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr01G001227 Chr01 NC_080387.1:24552277-24552286promoter 内 253-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24556025-24558788(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr01G001810 Chr01 NC_080387.1:33038738-33038747promoter 内 190-199 bp - 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33033903-33034936(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr02G000679 Chr02 NC_080388.1:10630769-10630778promoter 内 172-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10634598-10635767(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr02G003324 Chr02 NC_080388.1:54522080-54522089promoter 内 89-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54514246-54518177(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr01G003662 Chr01 NC_080387.1:55056116-55056125promoter 内 59-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55046452-55052183(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACCG
SmilChr02G002892 Chr02 NC_080388.1:49207518-49207527promoter 内 50-59 bp - 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49211469-49213739(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr02G002131 Chr02 NC_080388.1:38149237-38149246promoter 内 39-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38153199-38200690(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr01G001094 Chr01 NC_080387.1:22390515-22390524promoter 内 13-22 bp - 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22386464-22386536(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGA
SmilChr01G005810 Chr01 NC_080387.1:74127894-74127903promoter 内 11-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74123288-74123913(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATAC
SmilChr01G002544 Chr01 NC_080387.1:43525642-43525651promoter 内 3990-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 43525559-43525640(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATCT
SmilChr01G003386 Chr01 NC_080387.1:52540456-52540465promoter 内 3810-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 52539216-52540274(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTA
SmilChr01G004745 Chr01 NC_080387.1:65628707-65628716promoter 内 3125-3134 bp - 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 65626950-65627840(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTTG
SmilChr01G005378 Chr01 NC_080387.1:71007802-71007811promoter 内 1503-1512 bp - 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 70999770-71005313(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTTG
SmilChr02G002908 Chr02 NC_080388.1:49383880-49383889promoter 内 1222-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 49386659-49392101(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGC
SmilChr01G005763 Chr01 NC_080387.1:73743132-73743141promoter 内 1119-1128 bp - 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 73730030-73740259(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGC
SmilChr01G004196 Chr01 NC_080387.1:60414168-60414177promoter 内 666-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 60417503-60433614(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTA
SmilChr01G001254 Chr01 NC_080387.1:25175291-25175300promoter 内 3979-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25175313-25176435(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTTG
SmilChr01G004413 Chr01 NC_080387.1:62262043-62262052promoter 内 3963-3972 bp - 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62262081-62265543(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTA
SmilChr01G000782 Chr01 NC_080387.1:17030884-17030893promoter 内 3957-3966 bp - 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17030928-17036273(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATCT
SmilChr01G000989 Chr01 NC_080387.1:20891375-20891384promoter 内 3924-3933 bp + 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20891452-20894050(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTTG
SmilChr01G003874 Chr01 NC_080387.1:56997863-56997872promoter 内 3898-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56991889-56997769(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTA
SmilChr01G005079 Chr01 NC_080387.1:68670062-68670071promoter 内 3888-3897 bp + 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68666714-68669958(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTA