转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 115 / 121 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001612 Chr04 NC_080390.1:26802215-26802229promoter 内 2667-2681 bp - 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26803549-26808583(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAGATCTAAACCT
SmilChr01G004649 Chr01 NC_080387.1:64568056-64568070promoter 内 2645-2659 bp - 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64569412-64572379(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAACTAA
SmilChr02G004960 Chr02 NC_080388.1:71534501-71534515promoter 内 2591-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71535911-71539559(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATACAAATCTGAA
SmilChr02G001584 Chr02 NC_080388.1:29589052-29589066promoter 内 2562-2576 bp + 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29587041-29587627(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTAACCCA
SmilChr02G000467 Chr02 NC_080388.1:6301706-6301720promoter 内 2520-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6297501-6300239(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAGATAGATCTCAA
SmilChr03G001801 Chr03 NC_080389.1:24616028-24616042promoter 内 2469-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24613175-24614510(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGTCTC
SmilChr03G004336 Chr03 NC_080389.1:61705426-61705440promoter 内 2447-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61697804-61703886(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTCGAAAT
SmilChr01G001039 Chr01 NC_080387.1:21638793-21638807promoter 内 2429-2443 bp - 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21635892-21637235(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCATATAGATCTGCC
SmilChr02G004236 Chr02 NC_080388.1:64543501-64543515promoter 内 2421-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64545081-64552300(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCATTTAGATCTTAT
SmilChr04G001592 Chr04 NC_080390.1:26508729-26508743promoter 内 2420-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26507056-26507162(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTCTCTCT
SmilChr02G002323 Chr02 NC_080388.1:40922001-40922015promoter 内 2402-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40919547-40920416(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTACCTGG
SmilChr02G002294 Chr02 NC_080388.1:40463022-40463036promoter 内 2390-2404 bp - 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40464633-40465469(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTCGTATT
SmilChr03G003824 Chr03 NC_080389.1:57331618-57331632promoter 内 2387-2401 bp + 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57326595-57330018(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAGATCTACATCC
SmilChr02G003302 Chr02 NC_080388.1:54295356-54295370promoter 内 2378-2392 bp - 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54296979-54300177(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAGATCTACATCC
SmilChr02G004388 Chr02 NC_080388.1:66243099-66243113promoter 内 2373-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66244727-66248655(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTTCTAGATCTCGC
SmilChr02G002676 Chr02 NC_080388.1:46343953-46343967promoter 内 2343-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46345611-46348957(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAGGTAGATCTGGA
SmilChr05G001175 Chr05 NC_080391.1:9849486-9849500promoter 内 2341-2355 bp - 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9842817-9847840(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTCGAGATCTGCA
SmilChr05G001721 Chr05 NC_080391.1:16489140-16489154promoter 内 2273-2287 bp - 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16485265-16487426(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAATAGATCTGGC
SmilChr01G002349 Chr01 NC_080387.1:40643224-40643238promoter 内 2262-2276 bp + 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40637857-40641499(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTAGATCTAAATAG
SmilChr01G003044 Chr01 NC_080387.1:49426632-49426646promoter 内 2260-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49421625-49424905(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTTCA
SmilChr04G000248 Chr04 NC_080390.1:2242436-2242450promoter 内 2235-2249 bp + 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2233984-2240684(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTAGATCTATTTTT
SmilChr03G001155 Chr03 NC_080389.1:13341241-13341255promoter 内 2195-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13337352-13339449(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCATACA
SmilChr01G005406 Chr01 NC_080387.1:71314362-71314376promoter 内 2183-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71311053-71312558(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAGATCTACATCC
SmilChr02G002352 Chr02 NC_080388.1:41313443-41313457promoter 内 2131-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41309914-41311587(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAGATCTACATCC
SmilChr01G001596 Chr01 NC_080387.1:30096815-30096829promoter 内 2098-2112 bp + 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30093211-30094926(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAGTT
SmilChr01G005111 Chr01 NC_080387.1:68900546-68900560promoter 内 2075-2089 bp - 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68897613-68898634(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAATGAGATCTGCT
SmilChr02G003761 Chr02 NC_080388.1:59287902-59287916promoter 内 2034-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59289869-59293995(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGAGATCTAAGACT
SmilChr01G001652 Chr01 NC_080387.1:30589332-30589346promoter 内 2024-2038 bp + 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30584215-30587369(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCTTACT
SmilChr02G005121 Chr02 NC_080388.1:72700886-72700900promoter 内 1969-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72698374-72698868(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTAGCTAGATCCGGA
SmilChr03G002778 Chr03 NC_080389.1:44213797-44213811promoter 内 1959-1973 bp - 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44215839-44216903(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCTTACT
SmilChr04G002646 Chr04 NC_080390.1:41825431-41825445promoter 内 1937-1951 bp + 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41821176-41823381(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTAGAATG
SmilChr01G001516 Chr01 NC_080387.1:29009348-29009362promoter 内 1910-1924 bp - 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29002455-29007271(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGACATAGATCTCAG
SmilChr04G003488 Chr04 NC_080390.1:51328121-51328135promoter 内 1905-1919 bp + 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51330217-51341610(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTTCA
SmilChr03G000242 Chr03 NC_080389.1:2863506-2863520promoter 内 1902-1916 bp - 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2865605-2869423(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCTTACT
SmilChr04G000250 Chr04 NC_080390.1:2256125-2256139promoter 内 1901-1915 bp + 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2258225-2266084(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAATAGATCTAAC
SmilChr03G000839 Chr03 NC_080389.1:9586784-9586798promoter 内 1877-1891 bp - 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9588908-9589567(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGTCTC
SmilChr01G002596 Chr01 NC_080387.1:44140482-44140496promoter 内 1855-1869 bp + 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44142628-44144828(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTGTTAGATCTTGG
SmilChr04G002648 Chr04 NC_080390.1:41841020-41841034promoter 内 1827-1841 bp + 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41843194-41845852(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGGTGAGATCTGGG
SmilChr02G000788 Chr02 NC_080388.1:12957242-12957256promoter 内 1822-1836 bp + 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12959421-12959777(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAGAGAGATCTGGG
SmilChr01G004491 Chr01 NC_080387.1:63055933-63055947promoter 内 1801-1815 bp + 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63052343-63053747(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTAGGATCTAGCTCC
SmilChr04G002995 Chr04 NC_080390.1:46359551-46359565promoter 内 1761-1775 bp + 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46361791-46365576(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACTATAGATCTGTT
SmilChr02G003069 Chr02 NC_080388.1:51552825-51552839promoter 内 1759-1773 bp - 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51555067-51558637(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTGCAGTC
SmilChr04G001751 Chr04 NC_080390.1:28829867-28829881promoter 内 1736-1750 bp - 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28826880-28827616(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCACTAAATCTGAA
SmilChr04G001775 Chr04 NC_080390.1:29185617-29185631promoter 内 1729-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29187889-29190742(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCACTAAATCTGAA
SmilChr03G002144 Chr03 NC_080389.1:33387562-33387576promoter 内 1694-1708 bp - 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33383086-33385269(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACTATAGATCTGTT
SmilChr04G001683 Chr04 NC_080390.1:27865576-27865590promoter 内 1668-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 27861115-27863257(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCTTACT
SmilChr05G001211 Chr05 NC_080391.1:10188063-10188077promoter 内 1663-1677 bp - 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10182345-10185739(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGATTAGATCTTGG
SmilChr01G004788 Chr01 NC_080387.1:66105068-66105082promoter 内 1662-1676 bp + 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66107407-66110445(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAATTAGATCTCAC
SmilChr01G004793 Chr01 NC_080387.1:66164319-66164333promoter 内 1662-1676 bp + 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66166658-66169694(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAATTAGATCTCAC
SmilChr03G000603 Chr03 NC_080389.1:6679763-6679777promoter 内 1641-1655 bp - 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6682123-6685929(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGTCTC