转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 117 / 123 下载 TSV

上一页 117 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001700 Chr03 NC_080389.1:22589647-22589661promoter 内 73-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22582678-22585733(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACGTCGAA
SmilChr01G003975 Chr01 NC_080387.1:58188317-58188331promoter 内 64-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58181847-58184394(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGGAGGT
SmilChr03G003741 Chr03 NC_080389.1:56468554-56468568promoter 内 43-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56460675-56464610(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACTTCGACGGTGGT
SmilChr07G001630 Chr07 NC_080393.1:13656293-13656307promoter 内 17-31 bp + 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13660277-13664255(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CATGGTGTCGGTAGG
SmilChr07G002585 Chr07 NC_080393.1:24729003-24729017promoter 内 3697-3711 bp - 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 24724410-24728713(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCGCCGGCGGTGGT
SmilChr01G002788 Chr01 NC_080387.1:46352910-46352924promoter 内 2919-2933 bp + 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 46347565-46351842(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGGCGGA
SmilChr01G003749 Chr01 NC_080387.1:55831102-55831116promoter 内 2325-2339 bp - 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 55832778-55840842(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACCAAAGC
SmilChr02G000983 Chr02 NC_080388.1:17296795-17296809promoter 内 1697-1711 bp + 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 17293506-17294505(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTACCGACAGCGCC
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4572927-4572941promoter 内 191-205 bp - 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 4576737-4577192(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCGCCGACAATTGA
SmilChr06G002095 Chr06 NC_080392.1:27866504-27866518promoter 内 3980-3994 bp + 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 27864348-27866497(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCCGGAG
SmilChr02G001094 Chr02 NC_080388.1:19737702-19737716promoter 内 3979-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19735577-19737694(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCCGGAG
SmilChr03G003876 Chr03 NC_080389.1:57877585-57877599promoter 内 3903-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57873352-57877501(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACTACCGACACTAAT
SmilChr01G000197 Chr01 NC_080387.1:3384556-3384570promoter 内 3858-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3383132-3384427(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCAACCGACAAACCC
SmilChr07G004063 Chr07 NC_080393.1:51921418-51921432promoter 内 3788-3802 bp - 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51921631-51923358(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCAACCGACAAACCC
SmilChr07G002727 Chr07 NC_080393.1:26733115-26733129promoter 内 3670-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26733446-26736267(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CAACATGGCGGTGGT
SmilChr02G004878 Chr02 NC_080388.1:70870016-70870030promoter 内 3653-3667 bp - 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70870364-70874927(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACTAATAA
SmilChr03G002079 Chr03 NC_080389.1:31911539-31911553promoter 内 3607-3621 bp - 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31911933-31916492(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCCGGAG
SmilChr04G000843 Chr04 NC_080390.1:10657832-10657846promoter 内 3603-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10658230-10661709(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCCGGAG
SmilChr04G002240 Chr04 NC_080390.1:36183489-36183503promoter 内 3559-3573 bp - 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36172901-36183061(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGTTCGTCGGTGTT
SmilChr07G001088 Chr07 NC_080393.1:8001262-8001276promoter 内 3507-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7985576-8000782(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TACACCGACATAATT
SmilChr01G003036 Chr01 NC_080387.1:49373683-49373697promoter 内 3495-3509 bp - 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49374189-49376325(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCTAGCA
SmilChr08G002818 Chr08 NC_080394.1:28000947-28000961promoter 内 3487-3501 bp - 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28001461-28004516(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCTACCGACATCTTC
SmilChr07G000280 Chr07 NC_080393.1:1813785-1813799promoter 内 3470-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1814316-1817250(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACGGGGGCGGTGGT
SmilChr05G002578 Chr05 NC_080391.1:29005017-29005031promoter 内 3467-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29005551-29007083(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCAACCGACAAACCC
SmilChr06G002638 Chr06 NC_080392.1:37992206-37992220promoter 内 3425-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37992782-37993966(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGGCTTGTCGGCGCT
SmilChr06G002639 Chr06 NC_080392.1:37999857-37999871promoter 内 3425-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38000433-38001640(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGGCTTGTCGGCGCT
SmilChr08G001933 Chr08 NC_080394.1:16948115-16948129promoter 内 3363-3377 bp - 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16946093-16947491(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGAGTGTCGGTAGA
SmilChr03G003890 Chr03 NC_080389.1:57965948-57965962promoter 内 3355-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57964221-57965316(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACGAGGGA
SmilChr06G003099 Chr06 NC_080392.1:43831727-43831741promoter 内 3341-3355 bp - 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43832387-43842049(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGGCCAA
SmilChr02G002521 Chr02 NC_080388.1:43806709-43806723promoter 内 3340-3354 bp - 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43807370-43814211(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTACCGACAACATA
SmilChr01G001543 Chr01 NC_080387.1:29442221-29442235promoter 内 3292-3306 bp + 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29442930-29445692(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGTTCGTCGGTGTT
SmilChr03G002230 Chr03 NC_080389.1:35209840-35209854promoter 内 3249-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35208085-35209102(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGAGGAA
SmilChr03G000358 Chr03 NC_080389.1:4020202-4020216promoter 内 3231-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4018307-4019446(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACCAAAGC
SmilChr08G003265 Chr08 NC_080394.1:33667996-33668010promoter 内 3215-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33665674-33667224(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGCACGGCGGTGGT
SmilChr08G003266 Chr08 NC_080394.1:33677544-33677558promoter 内 3215-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33675222-33676772(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGCACGGCGGTGGT
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