转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 12 / 141 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000205 Chr03 NC_080389.1:2360926-2360940promoter 内 3043-3057 bp - 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 2361884-2363159(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACCACCGACATCG
SmilChr03G000161 Chr03 NC_080389.1:1772789-1772803promoter 内 3033-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1773757-1777973(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACCACCGACATCG
SmilChr05G001184 Chr05 NC_080391.1:9939322-9939336promoter 内 2926-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 9934897-9938261(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCACCGCCGACAACA
SmilChr03G000284 Chr03 NC_080389.1:3244684-3244698promoter 内 2863-2877 bp + 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3241316-3243560(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACCACCGACATCG
SmilChr02G001657 Chr02 NC_080388.1:30762487-30762501promoter 内 2669-2683 bp - 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 30763819-30765136(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCACCACCGACGATG
SmilChr01G004062 Chr01 NC_080387.1:59042287-59042301promoter 内 2593-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 59040510-59040893(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGTCGCCGACAACA
SmilChr01G006169 Chr01 NC_080387.1:77197242-77197256promoter 内 2591-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 77198652-77205021(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCGCCGACAACC
SmilChr06G002477 Chr06 NC_080392.1:35605631-35605645promoter 内 2561-2575 bp + 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 35600335-35604205(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGACATCT
SmilChr03G001067 Chr03 NC_080389.1:12382662-12382676promoter 内 2544-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 12384119-12390927(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACCACCGACATCG
SmilChr04G002878 Chr04 NC_080390.1:44954053-44954067promoter 内 2421-2435 bp - 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 44955633-44956343(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCGCCGACAACC
SmilChr03G004711 Chr03 NC_080389.1:64369598-64369612promoter 内 1844-1858 bp + 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 64364613-64367455(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCTCACCGACACTC
SmilChr03G002438 Chr03 NC_080389.1:38719610-38719624promoter 内 1458-1472 bp - 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 38716641-38717081(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGTCGGTGAGGG
SmilChr04G002600 Chr04 NC_080390.1:41419696-41419710promoter 内 1381-1395 bp + 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 41416498-41417090(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCTCACCGACACTC
SmilChr01G002357 Chr01 NC_080387.1:40757773-40757787promoter 内 1301-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40743682-40755087(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTTGTCGGCGGCTG
SmilChr04G002572 Chr04 NC_080390.1:41038235-41038249promoter 内 1253-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 41034997-41035501(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGCTGTCGGTGCTGG
SmilChr07G003023 Chr07 NC_080393.1:31270013-31270027promoter 内 1242-1256 bp - 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 31272772-31277140(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCACCGCCGACAACA
SmilChr04G000400 Chr04 NC_080390.1:4140745-4140759promoter 内 1200-1214 bp + 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 4136911-4137958(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAGCACCGACAGCT
SmilChr02G004208 Chr02 NC_080388.1:64348676-64348690promoter 内 896-910 bp + 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 64342311-64345585(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCACCGCCGACAACA
SmilChr04G001346 Chr04 NC_080390.1:21831465-21831479promoter 内 846-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 21827212-21828324(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGGGCT
SmilChr05G002889 Chr05 NC_080391.1:34663398-34663412promoter 内 831-845 bp + 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 34666568-34666674(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTTGTCGGCGGCTG
SmilChr07G002795 Chr07 NC_080393.1:27857555-27857569promoter 内 715-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 27852698-27854283(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGTCGCCGACAACA
SmilChr03G004167 Chr03 NC_080389.1:60434368-60434382promoter 内 657-671 bp - 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 60429488-60431038(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGTGATGT
SmilChr02G000660 Chr02 NC_080388.1:10045493-10045507promoter 内 647-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 10033605-10042153(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCACCGCCGACAACA
SmilChr01G002359 Chr01 NC_080387.1:40757773-40757787promoter 内 633-647 bp - 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40761141-40763492(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCGCCGACAACC
SmilChr03G000206 Chr03 NC_080389.1:2360926-2360940promoter 内 570-584 bp - 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 2364357-2367604(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACCACCGACATCG
SmilChr04G001962 Chr04 NC_080390.1:31818581-31818595promoter 内 371-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 31810581-31814965(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCGCCGACAACC
SmilChr06G001873 Chr06 NC_080392.1:22244486-22244500promoter 内 298-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 22238063-22240797(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTTGTCGGCGGCTG
SmilChr01G002033 Chr01 NC_080387.1:35940237-35940251promoter 内 206-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 35944032-35944170(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCGCCGACAACC
SmilChr05G001550 Chr05 NC_080391.1:14238208-14238222promoter 内 149-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 14232927-14234370(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCCGTCGGTGGGGG
SmilChr08G004196 Chr08 NC_080394.1:51362147-51362161promoter 内 107-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 51366041-51367970(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGCGTCGGTGGCTC
SmilChr05G002652 Chr05 NC_080391.1:30019324-30019338promoter 内 75-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 30014486-30015412(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTTGTCGGCGGCTG
SmilChr07G001989 Chr07 NC_080393.1:17545050-17545064promoter 内 13-27 bp - 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 17549038-17550004(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGCCGCCGACAATT
SmilChr07G002271 Chr07 NC_080393.1:20950853-20950867promoter 内 129-143 bp - 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 20935200-20946995(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCGTCGGTGCCGT
SmilChr08G000088 Chr08 NC_080394.1:510951-510965promoter 内 3369-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 511583-557893(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACACCACCGACGGTG
SmilChr04G001892 Chr04 NC_080390.1:30892816-30892830promoter 内 2957-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 30883867-30891786(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGCGTCGGTGGTTG
SmilChr01G002289 Chr01 NC_080387.1:39728118-39728132promoter 内 2529-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 39720915-39726660(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGCCACCGACGTTG
SmilChr05G001198 Chr05 NC_080391.1:10079738-10079752promoter 内 2417-2431 bp + 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 10074248-10078168(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGCCACCGACGACG
SmilChr01G004699 Chr01 NC_080387.1:65098394-65098408promoter 内 1473-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 65094038-65095880(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGTGCTGT
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SmilChr01G003380 Chr01 NC_080387.1:52489297-52489311promoter 内 3738-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52489560-52494862(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGTGTCGGTGGTCG
SmilChr01G004388 Chr01 NC_080387.1:62054490-62054504promoter 内 3631-3645 bp + 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 62048214-62054134(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGCCACCGACGTTG
SmilChr08G000567 Chr08 NC_080394.1:4109680-4109694promoter 内 3541-3555 bp - 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4109039-4109234(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGCTGT
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SmilChr05G001856 Chr05 NC_080391.1:18580710-18580724promoter 内 1862-1876 bp + 2125 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 18582849-18584213(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGTGTCGGTGCCGT