转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 12 / 121 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002246 Chr03 NC_080389.1:35402633-35402647promoter 内 3240-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 35403394-35403909(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGTAACT
SmilChr05G000270 Chr05 NC_080391.1:2080948-2080962promoter 内 3032-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 2081917-2082791(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGCATCT
SmilChr02G004788 Chr02 NC_080388.1:70035855-70035869promoter 内 2302-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 70032069-70034170(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGACAGATCTGAG
SmilChr01G003563 Chr01 NC_080387.1:54228802-54228816promoter 内 1886-1900 bp - 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 54224244-54226701(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGACAGATCTGAG
SmilChr01G003564 Chr01 NC_080387.1:54228802-54228816promoter 内 483-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 54232320-54235647(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGTCTCT
SmilChr03G002247 Chr03 NC_080389.1:35402633-35402647promoter 内 146-160 bp - 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 35406488-35415709(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGTAACT
SmilChr04G001926 Chr04 NC_080390.1:31360769-31360783promoter 内 3040-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 31361730-31367584(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAACTAGATCTGGT
SmilChr03G004613 Chr03 NC_080389.1:63850637-63850651promoter 内 2973-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 63845222-63849623(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGACTGGATCTGAG
SmilChr03G004612 Chr03 NC_080389.1:63850637-63850651promoter 内 2947-2961 bp - 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 63839534-63849597(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGACTGGATCTGAG
SmilChr01G002400 Chr01 NC_080387.1:41354346-41354360promoter 内 2282-2296 bp - 1705 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 41356065-41357075(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAAAACT
SmilChr05G001427 Chr05 NC_080391.1:12998046-12998060promoter 内 1893-1907 bp + 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 12995036-12995952(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAATGC
SmilChr01G005068 Chr01 NC_080387.1:68581030-68581044promoter 内 1558-1572 bp - 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 68574525-68578601(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAATTAGATCTGGG
SmilChr05G000980 Chr05 NC_080391.1:7915519-7915533promoter 内 1443-1457 bp + 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 7918077-7921479(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATTTGGATCTGAA
SmilChr03G000772 Chr03 NC_080389.1:8815061-8815075promoter 内 1402-1416 bp + 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 8810690-8812476(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAATTCT
SmilChr01G002401 Chr01 NC_080387.1:41354346-41354360promoter 内 1056-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 41357291-41358965(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAAAACT
SmilChr02G003503 Chr02 NC_080388.1:56228772-56228786promoter 内 977-991 bp + 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 56224579-56225762(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAAAGCC
SmilChr02G002684 Chr02 NC_080388.1:46502633-46502647promoter 内 657-671 bp - 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 46492875-46499303(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATATAGATCTGGA
SmilChr02G003909 Chr02 NC_080388.1:61148791-61148805promoter 内 116-130 bp + 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 61141637-61144920(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGTCTCT
SmilChr04G001802 Chr04 NC_080390.1:29516698-29516712promoter 内 521-535 bp - 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 7 29511660-29513232(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGCTGGATCTGAT
SmilChr02G003385 Chr02 NC_080388.1:54963122-54963136promoter 内 3250-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 4 54958479-54962385(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGTACTT
SmilChr04G003468 Chr04 NC_080390.1:51165866-51165880promoter 内 3111-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 4 51166756-51167854(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCGGATCTGAG
SmilChr01G002868 Chr01 NC_080387.1:47285151-47285165promoter 内 2908-2922 bp - 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 4 47281808-47284072(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTCCAGATCTGGA
SmilChr04G004178 Chr04 NC_080390.1:56378320-56378334promoter 内 2523-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 4 56374652-56376856(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCGGATCTGAG
SmilChr01G000222 Chr01 NC_080387.1:3929182-3929196promoter 内 2122-2136 bp - 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 4 3924057-3927317(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGCCAGATCTGCA
SmilChr01G003271 Chr01 NC_080387.1:51421716-51421730promoter 内 2494-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 51423223-51427377(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTTAGATCTGAG
SmilChr02G002194 Chr02 NC_080388.1:39160952-39160966promoter 内 2061-2075 bp - 1926 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 39158517-39159026(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACATGCAGATCTGGG
SmilChr03G003407 Chr03 NC_080389.1:52411178-52411192promoter 内 1337-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 52413842-52414897(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCATATTT
SmilChr01G002152 Chr01 NC_080387.1:37511936-37511950promoter 内 3375-3389 bp - 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 37512562-37514688(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGAAAT
SmilChr03G002286 Chr03 NC_080389.1:36043462-36043476promoter 内 2800-2814 bp + 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 36037236-36042275(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGCCTCC
SmilChr05G001299 Chr05 NC_080391.1:11211860-11211874promoter 内 2690-2704 bp - 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 11213171-11220589(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGATGCT
SmilChr01G003383 Chr01 NC_080387.1:52518267-52518281promoter 内 2677-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 52519591-52519681(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTCCAGATCTGAA
SmilChr02G004902 Chr02 NC_080388.1:71024743-71024757promoter 内 2600-2614 bp + 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 71021125-71023356(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAAACC
SmilChr01G000339 Chr01 NC_080387.1:6937318-6937332promoter 内 2446-2460 bp - 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 6938873-6941858(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGAAAT
SmilChr01G003084 Chr01 NC_080387.1:49678961-49678975promoter 内 2382-2396 bp + 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 49671147-49677356(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGAAAT
SmilChr02G000715 Chr02 NC_080388.1:11522058-11522072promoter 内 1751-1765 bp - 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 11516826-11519822(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAGGCAGATCTGGG
SmilChr04G003328 Chr04 NC_080390.1:50005346-50005360promoter 内 1697-1711 bp + 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 50001144-50003056(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGATCA
SmilChr04G003233 Chr04 NC_080390.1:49155318-49155332promoter 内 1576-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 49151594-49152907(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGATCA
SmilChr03G001379 Chr03 NC_080389.1:16312664-16312678promoter 内 1560-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 16315105-16317328(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAGGCAGATCTGGG
SmilChr04G000618 Chr04 NC_080390.1:6988143-6988157promoter 内 1050-1064 bp + 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 6991094-6991486(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACATGCAGATCTGGG
SmilChr02G005309 Chr02 NC_080388.1:73992335-73992349promoter 内 583-597 bp + 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 73995753-73997638(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTTCAGATCTGAT
SmilChr01G003051 Chr01 NC_080387.1:49463258-49463272promoter 内 502-516 bp + 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 49466757-49476130(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCACCAGATCTGGG
SmilChr02G004866 Chr02 NC_080388.1:70777432-70777446promoter 内 444-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 70767168-70773889(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAGGCAGATCTGGG
SmilChr01G003083 Chr01 NC_080387.1:49672587-49672601promoter 内 211-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 49665340-49668811(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGCCTCC
SmilChr05G000379 Chr05 NC_080391.1:2852164-2852178promoter 内 3563-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 2849224-2851740(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTCCGGATCTGAA
SmilChr03G000910 Chr03 NC_080389.1:10430465-10430479promoter 内 3525-3539 bp - 462 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 10430941-10432728(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAAACGC
SmilChr01G004944 Chr01 NC_080387.1:67548710-67548724promoter 内 3457-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 67546952-67548180(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCCTCT
SmilChr04G002034 Chr04 NC_080390.1:33039647-33039661promoter 内 2794-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 33037597-33038454(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAAACGC
SmilChr02G005109 Chr02 NC_080388.1:72600092-72600106promoter 内 2736-2750 bp + 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 72597857-72598841(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGTATTC
SmilChr01G003433 Chr01 NC_080387.1:52959403-52959417promoter 内 2325-2339 bp - 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 52954056-52957741(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGTTTGGATCTGAG
SmilChr02G003443 Chr02 NC_080388.1:55708236-55708250promoter 内 2291-2305 bp + 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55704768-55706540(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAAACGC