转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 121 / 137 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002738 Chr08 NC_080394.1:27004167-27004181promoter 内 261-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26997190-27000441(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TACCACGTCATCCTC
SmilChr01G001639 Chr01 NC_080387.1:30426026-30426040promoter 内 255-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30420018-30422294(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCATGTTACGTGGCT
SmilChr07G001390 Chr07 NC_080393.1:10777290-10777304promoter 内 247-261 bp - 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 10781044-10781781(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAGTTGACGTGGAC
SmilChr08G002990 Chr08 NC_080394.1:30003027-30003041promoter 内 203-217 bp + 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29991874-29999243(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTTCTTCACGTGGCA
SmilChr03G002485 Chr03 NC_080389.1:39512426-39512440promoter 内 106-120 bp + 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 39505343-39508545(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGCCCGACGTGGAG
SmilChr02G005379 Chr02 NC_080388.1:74471898-74471912promoter 内 94-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 74461454-74468005(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCTGAGCA
SmilChr08G002400 Chr08 NC_080394.1:22793902-22793916promoter 内 43-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22783831-22789958(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCCACGTCACCGCG
SmilChr02G002935 Chr02 NC_080388.1:49850234-49850248promoter 内 40-54 bp - 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49845838-49846287(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCGGGCTC
SmilChr07G004177 Chr07 NC_080393.1:53726692-53726706promoter 内 3918-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 53723650-53726623(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGATAGA
SmilChr07G004522 Chr07 NC_080393.1:57891714-57891728promoter 内 3169-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 57888812-57890896(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCGCGCGG
SmilChr03G001904 Chr03 NC_080389.1:26600963-26600977promoter 内 3156-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 26595830-26600132(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGAAGACGTGGAT
SmilChr07G003715 Chr07 NC_080393.1:44940823-44940837promoter 内 651-665 bp - 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 44944173-44945844(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAATCCACGTGGCA
SmilChr08G004522 Chr08 NC_080394.1:54792369-54792383promoter 内 251-265 bp + 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 54796119-54797830(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCATATGA
SmilChr03G004570 Chr03 NC_080389.1:63616332-63616346promoter 内 3974-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 63611297-63616319(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAAAAAT
SmilChr07G004219 Chr07 NC_080393.1:54401489-54401503promoter 内 3948-3962 bp - 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54398535-54401450(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGATAGA
SmilChr08G004292 Chr08 NC_080394.1:52592914-52592928promoter 内 3942-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 52592973-52596373(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTACGGT
SmilChr08G002089 Chr08 NC_080394.1:18772775-18772789promoter 内 3907-3921 bp + 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 18772869-18774307(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCCCACGTCATCACC
SmilChr05G002198 Chr05 NC_080391.1:23446833-23446847promoter 内 3883-3897 bp + 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23445890-23446729(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAAAATGACGTGTCA
SmilChr07G004222 Chr07 NC_080393.1:54434930-54434944promoter 内 3863-3877 bp - 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54430228-54434806(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGATAGA
SmilChr05G001371 Chr05 NC_080391.1:12226870-12226884promoter 内 3862-3876 bp + 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12227009-12229997(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCCACGTCAGATGG
SmilChr07G004226 Chr07 NC_080393.1:54493479-54493493promoter 内 3862-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54490838-54493354(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGATAGA
SmilChr04G002430 Chr04 NC_080390.1:38923542-38923556promoter 内 3855-3869 bp - 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 38923688-38940900(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGATCCTACGTGGCT
SmilChr01G005354 Chr01 NC_080387.1:70776215-70776229promoter 内 3821-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 70772397-70776049(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCATTAAA
SmilChr07G001114 Chr07 NC_080393.1:8268624-8268638promoter 内 3803-3817 bp - 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8266267-8268440(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTATCAGCT
SmilChr01G005000 Chr01 NC_080387.1:68049275-68049289promoter 内 3782-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68049494-68051092(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAAAATTC
SmilChr03G003236 Chr03 NC_080389.1:50263426-50263440promoter 内 3707-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 50263720-50268385(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAAAAGA
SmilChr02G000971 Chr02 NC_080388.1:17008759-17008773promoter 内 3689-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17005463-17008461(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAATCCACGTGGCA
SmilChr08G004227 Chr08 NC_080394.1:51669388-51669402promoter 内 3623-3637 bp + 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51666658-51669024(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTAATGACGTGGAA
SmilChr04G002868 Chr04 NC_080390.1:44801760-44801774promoter 内 3622-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44802139-44803731(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAATCCACGTGGCA
SmilChr07G000318 Chr07 NC_080393.1:2138822-2138836promoter 内 3613-3627 bp - 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2137406-2138448(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAAACCC
SmilChr06G002210 Chr06 NC_080392.1:30856391-30856405promoter 内 3457-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30856935-30857470(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAACGAGACGTGGCC
SmilChr07G001395 Chr07 NC_080393.1:10829045-10829059promoter 内 3426-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10826590-10828484(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACCTGCTACGTGGCG
SmilChr08G002382 Chr08 NC_080394.1:22596892-22596906promoter 内 3412-3426 bp + 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22597481-22597551(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGTGATT
SmilChr02G003842 Chr02 NC_080388.1:60154500-60154514promoter 内 3391-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60149380-60153904(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACGACCGACGTGGAA
SmilChr07G003962 Chr07 NC_080393.1:50317516-50317530promoter 内 3391-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 50313285-50316920(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATAAATGACGTGTCA
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SmilChr05G000992 Chr05 NC_080391.1:8054252-8054266promoter 内 3205-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8051168-8053470(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTAATATTT
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SmilChr02G001379 Chr02 NC_080388.1:26100593-26100607promoter 内 3120-3134 bp + 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26097113-26099726(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCGCCAACGTGGCA
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SmilChr02G003506 Chr02 NC_080388.1:56247257-56247271promoter 内 2852-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56244107-56246122(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CACCACGTCATCATC