转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 126 / 161 下载 TSV

上一页 126 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000491 Chr04 NC_080390.1:5336470-5336483promoter 内 439-452 bp - 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5340032-5340947(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAAACAT
SmilChr04G003593 Chr04 NC_080390.1:52364979-52364992promoter 内 431-444 bp + 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52357570-52361422(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAAAT
SmilChr02G002298 Chr02 NC_080388.1:40556212-40556225promoter 内 404-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40559809-40561749(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGTTTGACTTTGG
SmilChr02G000001 Chr02 NC_080388.1:8246-8259promoter 内 396-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3622-4654(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAAAT
SmilChr01G003787 Chr01 NC_080387.1:56266671-56266684promoter 内 395-408 bp - 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56262231-56263078(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCATTGACTTTTC
SmilChr06G001793 Chr06 NC_080392.1:20983610-20983623promoter 内 387-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20976122-20980009(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAGTTGACTATTG
SmilChr07G000681 Chr07 NC_080393.1:4630238-4630251promoter 内 349-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4626141-4626599(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCATTTGACTTTGC
SmilChr03G001596 Chr03 NC_080389.1:20257727-20257740promoter 内 312-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20261416-20264053(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAATCA
SmilChr04G002651 Chr04 NC_080390.1:41890061-41890074promoter 内 268-281 bp + 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 41885763-41886341(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAAAT
SmilChr06G001247 Chr06 NC_080392.1:12958692-12958705promoter 内 208-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12962485-12967212(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTATTTGACTTTCA
SmilChr02G000661 Chr02 NC_080388.1:10132168-10132181promoter 内 207-220 bp + 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10115954-10128387(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAAATAT
SmilChr07G004524 Chr07 NC_080393.1:57909065-57909078promoter 内 193-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 57902188-57905270(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAAAT
SmilChr04G002039 Chr04 NC_080390.1:33111689-33111702promoter 内 158-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33105602-33107859(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTTAAGTCAACCCT
SmilChr07G004268 Chr07 NC_080393.1:55104026-55104039promoter 内 141-154 bp - 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55091424-55100179(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAGTTGACTTACT
SmilChr04G003588 Chr04 NC_080390.1:52322475-52322488promoter 内 133-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52317441-52318620(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAGAGTCAACCAC
SmilChr03G000466 Chr03 NC_080389.1:5004019-5004032promoter 内 132-145 bp - 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4977151-5000163(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTTTTGACTTTTT
SmilChr04G000765 Chr04 NC_080390.1:9321904-9321917promoter 内 126-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9315101-9318042(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGTTTGACTTTGC
SmilChr02G004993 Chr02 NC_080388.1:71788452-71788465promoter 内 103-116 bp + 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71782204-71784567(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAAAT
SmilChr03G003183 Chr03 NC_080389.1:49282930-49282943promoter 内 95-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49286836-49291900(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGCTTTGACTTATC
SmilChr02G001748 Chr02 NC_080388.1:32077912-32077925promoter 内 85-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32072280-32074009(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCATTGACTTTTA
SmilChr03G002972 Chr03 NC_080389.1:46515606-46515619promoter 内 75-88 bp - 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 46519532-46525194(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAAAT
SmilChr03G001027 Chr03 NC_080389.1:12007286-12007299promoter 内 56-69 bp + 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12002290-12003354(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAAAT
SmilChr03G001216 Chr03 NC_080389.1:13980951-13980964promoter 内 4-17 bp - 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 13973700-13976967(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTTTTGACTTTTT
SmilChr04G001839 Chr04 NC_080390.1:29928394-29928407promoter 内 3916-3929 bp - 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 29928479-29929915(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCAAGTCAACTCA
SmilChr02G003661 Chr02 NC_080388.1:57998193-57998206promoter 内 3670-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 57998524-57999158(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTATT
SmilChr07G001499 Chr07 NC_080393.1:11912412-11912425promoter 内 3614-3627 bp - 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 11912799-11920804(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGAAAGTCAAATTT
SmilChr01G003582 Chr01 NC_080387.1:54383287-54383300promoter 内 3456-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 54383832-54388134(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAAATAA
SmilChr07G001535 Chr07 NC_080393.1:12449504-12449517promoter 内 3002-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 12450503-12458543(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGAAAGTCAAATTT
SmilChr01G002569 Chr01 NC_080387.1:43789310-43789323promoter 内 2633-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 43783503-43787955(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACTTTGACTTATT
SmilChr05G002276 Chr05 NC_080391.1:24481973-24481986promoter 内 2533-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 24483441-24490021(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAATC
SmilChr01G004299 Chr01 NC_080387.1:61176074-61176087promoter 内 2398-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 61172693-61174484(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATTTGACTTTCG
SmilChr02G000874 Chr02 NC_080388.1:15070177-15070190promoter 内 2258-2271 bp + 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 15071920-15075086(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTTTTGACTTTTG
SmilChr03G001383 Chr03 NC_080389.1:16352176-16352189promoter 内 2098-2111 bp - 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 16354079-16356884(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCAAGTCAACGAT
SmilChr03G001381 Chr03 NC_080389.1:16331526-16331539promoter 内 1782-1795 bp - 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 16333745-16336551(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCAAGTCAACGAT
SmilChr03G001705 Chr03 NC_080389.1:22631718-22631731promoter 内 1195-1208 bp + 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 22634524-22635551(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTTTTGACTTTGT
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