转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 131 / 149 下载 TSV

上一页 131 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000411 Chr01 NC_080387.1:8367901-8367908promoter 内 1337-1344 bp + 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8364560-8365244(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr04G001812 Chr04 NC_080390.1:29614833-29614840promoter 内 1330-1337 bp + 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 29611303-29612169(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr02G002157 Chr02 NC_080388.1:38795151-38795158promoter 内 1329-1336 bp + 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 38797823-38799308(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr02G003261 Chr02 NC_080388.1:53898061-53898068promoter 内 1328-1335 bp + 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 53900734-53908580(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr04G003400 Chr04 NC_080390.1:50553288-50553295promoter 内 1321-1328 bp - 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 50549416-50550615(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr02G001603 Chr02 NC_080388.1:29873280-29873287promoter 内 1319-1326 bp - 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 29869787-29870605(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr01G000777 Chr01 NC_080387.1:16891378-16891385promoter 内 1318-1325 bp + 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 16887178-16888702(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr02G000389 Chr02 NC_080388.1:4814070-4814077promoter 内 1307-1314 bp + 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 4816764-4820556(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr05G000366 Chr05 NC_080391.1:2716519-2716526promoter 内 1293-1300 bp + 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 2719227-2721484(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr02G000433 Chr02 NC_080388.1:5618233-5618240promoter 内 1286-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 5620948-5625593(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr01G004687 Chr01 NC_080387.1:64933342-64933349promoter 内 1280-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 64930269-64930628(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr03G002202 Chr03 NC_080389.1:34654364-34654371promoter 内 1269-1276 bp + 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 34657096-34658631(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr02G004843 Chr02 NC_080388.1:70560695-70560702promoter 内 1266-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 70552265-70557967(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr02G003006 Chr02 NC_080388.1:50694065-50694072promoter 内 1265-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 50696801-50700421(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr04G003666 Chr04 NC_080390.1:53106040-53106047promoter 内 1256-1263 bp + 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 53100117-53103302(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr01G000620 Chr01 NC_080387.1:13722346-13722353promoter 内 1255-1262 bp + 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 13725092-13726006(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr01G001304 Chr01 NC_080387.1:25982443-25982450promoter 内 1251-1258 bp + 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 25985193-25986678(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr02G003585 Chr02 NC_080388.1:57020199-57020206promoter 内 1229-1236 bp + 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 57016493-57017434(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr01G002311 Chr01 NC_080387.1:40085582-40085589promoter 内 1226-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 40088357-40090827(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr01G001692 Chr01 NC_080387.1:31146757-31146764promoter 内 1217-1224 bp - 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 31142274-31143980(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr03G001395 Chr03 NC_080389.1:16550101-16550108promoter 内 1210-1217 bp + 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 16545470-16547317(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr04G001259 Chr04 NC_080390.1:19860363-19860370promoter 内 1189-1196 bp + 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 19863175-19864535(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr05G000599 Chr05 NC_080391.1:4510103-4510110promoter 内 1185-1192 bp - 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 4505176-4507294(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr01G003188 Chr01 NC_080387.1:50632677-50632684promoter 内 1169-1176 bp - 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 50635509-50637872(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr03G004355 Chr03 NC_080389.1:61770126-61770133promoter 内 1161-1168 bp + 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 61772966-61776806(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr03G002405 Chr03 NC_080389.1:38162171-38162178promoter 内 1152-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 38165020-38168150(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr05G001525 Chr05 NC_080391.1:13968742-13968749promoter 内 1145-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 13962947-13965893(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr03G003888 Chr03 NC_080389.1:57956838-57956845promoter 内 1130-1137 bp - 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 57959709-57961036(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr03G004356 Chr03 NC_080389.1:61770126-61770133promoter 内 1130-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 61772997-61773938(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr04G002757 Chr04 NC_080390.1:43316804-43316811promoter 内 1125-1132 bp + 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 43319680-43324286(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr04G000708 Chr04 NC_080390.1:8257631-8257638promoter 内 1111-1118 bp - 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8260521-8264195(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr04G000665 Chr04 NC_080390.1:7509398-7509405promoter 内 1108-1115 bp - 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 7505399-7506512(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr01G003677 Chr01 NC_080387.1:55189994-55190001promoter 内 1105-1112 bp + 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 55184061-55187105(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CTTGACCG
SmilChr04G003399 Chr04 NC_080390.1:50527170-50527177promoter 内 1094-1101 bp - 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 50518944-50524270(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr05G001271 Chr05 NC_080391.1:10862995-10863002promoter 内 1091-1098 bp + 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 10865905-10871224(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
SmilChr03G002192 Chr03 NC_080389.1:34437387-34437394promoter 内 1090-1097 bp - 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 34433795-34434483(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAG
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