转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 134 / 136 下载 TSV

上一页 134 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000840 Chr01 NC_080387.1:18157902-18157912promoter 内 3661-3671 bp - 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18156130-18157572(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr05G001621 Chr05 NC_080391.1:14998221-14998231promoter 内 3661-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14998561-15002980(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr07G003774 Chr07 NC_080393.1:46223020-46223030promoter 内 3661-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46223360-46224505(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr03G001702 Chr03 NC_080389.1:22624996-22625006promoter 内 3658-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22625339-22626262(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr01G000247 Chr01 NC_080387.1:4650643-4650653promoter 内 3653-3663 bp - 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4649148-4650305(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr08G002811 Chr08 NC_080394.1:27953710-27953720promoter 内 3610-3620 bp + 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 27954101-27959506(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCCTA
SmilChr06G002613 Chr06 NC_080392.1:37593789-37593799promoter 内 3577-3587 bp + 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37594213-37596528(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr05G003057 Chr05 NC_080391.1:38386594-38386604promoter 内 3516-3526 bp - 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38387079-38387184(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr01G001128 Chr01 NC_080387.1:22888391-22888401promoter 内 3486-3496 bp + 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22887781-22887886(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr04G000815 Chr04 NC_080390.1:10240574-10240584promoter 内 3486-3496 bp - 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10241089-10241194(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr06G002284 Chr06 NC_080392.1:32860312-32860322promoter 内 3486-3496 bp + 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 32859702-32859807(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr07G003682 Chr07 NC_080393.1:44279761-44279771promoter 内 3486-3496 bp - 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44280276-44280381(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr02G001959 Chr02 NC_080388.1:35376889-35376899promoter 内 3413-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 35377477-35377821(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGACC
SmilChr04G002935 Chr04 NC_080390.1:45595503-45595513promoter 内 3370-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45596134-45598702(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr02G004122 Chr02 NC_080388.1:63494238-63494248promoter 内 3335-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63492296-63493582(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr01G000212 Chr01 NC_080387.1:3724433-3724443promoter 内 3320-3330 bp + 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3725114-3727547(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr08G003835 Chr08 NC_080394.1:44707832-44707842promoter 内 3259-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44706192-44707100(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr01G004281 Chr01 NC_080387.1:61031295-61031305promoter 内 3200-3210 bp - 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61029608-61030504(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr02G001310 Chr02 NC_080388.1:24339139-24339149promoter 内 3138-3148 bp + 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24340002-24340595(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr01G001198 Chr01 NC_080387.1:24130529-24130539promoter 内 3105-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24128820-24129643(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr04G000383 Chr04 NC_080390.1:3908867-3908877promoter 内 3001-3011 bp - 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3906747-3907877(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr02G002847 Chr02 NC_080388.1:48639257-48639267promoter 内 2992-3002 bp - 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48637027-48638258(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr01G004263 Chr01 NC_080387.1:60896922-60896932promoter 内 2833-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60898090-60902347(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACGA
SmilChr05G001206 Chr05 NC_080391.1:10146308-10146318promoter 内 2761-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10147548-10149327(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr01G004482 Chr01 NC_080387.1:62948230-62948240promoter 内 2743-2753 bp + 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62949488-62953834(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGACAGCGCG
SmilChr05G002929 Chr05 NC_080391.1:35297083-35297093promoter 内 2669-2679 bp + 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 35298415-35305942(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGTCAGCGCA
SmilChr02G003087 Chr02 NC_080388.1:51761309-51761319promoter 内 2619-2629 bp + 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51758673-51759937(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACGA
SmilChr02G002831 Chr02 NC_080388.1:48441508-48441518promoter 内 2614-2624 bp + 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48438113-48440131(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr03G004345 Chr03 NC_080389.1:61734189-61734199promoter 内 2606-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61735584-61736510(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr01G000034 Chr01 NC_080387.1:562801-562811promoter 内 2572-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 564230-565217(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr03G001860 Chr03 NC_080389.1:25680035-25680045promoter 内 2563-2573 bp - 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25681473-25688528(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGACC
SmilChr02G001514 Chr02 NC_080388.1:28245540-28245550promoter 内 2488-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28240391-28244037(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr04G003116 Chr04 NC_080390.1:47715906-47715916promoter 内 2400-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47709015-47714315(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGACC
SmilChr07G000183 Chr07 NC_080393.1:1164202-1164212promoter 内 2294-2304 bp - 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1165909-1169363(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr06G002005 Chr06 NC_080392.1:25723586-25723596promoter 内 2265-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25725322-25727894(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGTCCC
SmilChr02G004771 Chr02 NC_080388.1:69889945-69889955promoter 内 2178-2188 bp + 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69880677-69888132(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr05G001201 Chr05 NC_080391.1:10095963-10095973promoter 内 2157-2167 bp + 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10094056-10094129(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGTCCC
SmilChr07G001309 Chr07 NC_080393.1:10077326-10077336promoter 内 2105-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10079222-10079983(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr07G001899 Chr07 NC_080393.1:16402791-16402801promoter 内 2007-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16404785-16404914(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr01G001558 Chr01 NC_080387.1:29600377-29600387promoter 内 1946-1956 bp + 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29596491-29598332(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACGA
SmilChr02G000471 Chr02 NC_080388.1:6383800-6383810promoter 内 1935-1945 bp + 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6376046-6381744(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr03G001181 Chr03 NC_080389.1:13562646-13562656promoter 内 1876-1886 bp + 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13557593-13560531(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TAGGCTGAGCG
SmilChr08G004130 Chr08 NC_080394.1:50194172-50194182promoter 内 1858-1868 bp - 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50190978-50192039(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr02G004772 Chr02 NC_080388.1:69889945-69889955promoter 内 1811-1821 bp + 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69892135-69895808(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr05G002418 Chr05 NC_080391.1:26700261-26700271promoter 内 1707-1717 bp - 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26697171-26697977(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr02G001311 Chr02 NC_080388.1:24339139-24339149promoter 内 1562-1572 bp + 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24341578-24343361(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr03G004346 Chr03 NC_080389.1:61734189-61734199promoter 内 1530-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61736660-61739767(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr01G002505 Chr01 NC_080387.1:42930452-42930462promoter 内 1414-1424 bp + 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42933039-42935159(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr03G000620 Chr03 NC_080389.1:6821823-6821833promoter 内 1412-1422 bp - 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6824412-6832511(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TAGGCTGAGCG
SmilChr08G000711 Chr08 NC_080394.1:5285300-5285310promoter 内 1398-1408 bp - 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5280789-5282707(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA