转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 135 / 136 下载 TSV

上一页 135 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004188 Chr02 NC_080388.1:64196835-64196845promoter 内 1291-1301 bp - 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64199545-64203085(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr06G003098 Chr06 NC_080392.1:43820156-43820166promoter 内 1283-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43822874-43827718(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr05G001035 Chr05 NC_080391.1:8493173-8493183promoter 内 1272-1282 bp + 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8495902-8497432(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr08G004163 Chr08 NC_080394.1:50939708-50939718promoter 内 1193-1203 bp + 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50935375-50936910(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr06G000013 Chr06 NC_080392.1:216830-216840promoter 内 1165-1175 bp + 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 219666-234840(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr04G001933 Chr04 NC_080390.1:31427374-31427384promoter 内 1097-1107 bp - 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31423419-31424480(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr03G000845 Chr03 NC_080389.1:9652421-9652431promoter 内 1038-1048 bp + 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9637415-9649468(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGACC
SmilChr01G003792 Chr01 NC_080387.1:56321481-56321491promoter 内 906-916 bp + 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56324576-56332760(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr03G000276 Chr03 NC_080389.1:3132803-3132813promoter 内 868-878 bp - 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3135936-3139581(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr03G002789 Chr03 NC_080389.1:44395758-44395768promoter 内 769-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44398990-44400916(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr05G004114 Chr05 NC_080391.1:54990974-54990984promoter 内 746-756 bp - 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54994229-54996134(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr02G004070 Chr02 NC_080388.1:62990918-62990928promoter 内 725-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62985067-62987652(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGTCAGCGCA
SmilChr06G003221 Chr06 NC_080392.1:44966354-44966364promoter 内 625-635 bp - 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44969730-44973776(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr03G000619 Chr03 NC_080389.1:6821823-6821833promoter 内 582-592 bp - 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6817355-6818414(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCCTA
SmilChr01G004643 Chr01 NC_080387.1:64461057-64461067promoter 内 580-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64464478-64469989(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr03G000995 Chr03 NC_080389.1:11304875-11304885promoter 内 546-556 bp - 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11308330-11309262(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr01G000834 Chr01 NC_080387.1:18017051-18017061promoter 内 533-543 bp - 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18020519-18023491(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGACC
SmilChr06G003022 Chr06 NC_080392.1:43074633-43074643promoter 内 517-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43078117-43082287(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr07G001266 Chr07 NC_080393.1:9738380-9738390promoter 内 498-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9741883-9743875(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr07G001127 Chr07 NC_080393.1:8443969-8443979promoter 内 472-482 bp + 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8447498-8448978(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr02G001309 Chr02 NC_080388.1:24339139-24339149promoter 内 443-453 bp + 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24321846-24335591(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr04G000385 Chr04 NC_080390.1:3908867-3908877promoter 内 332-342 bp - 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3912536-3913039(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr08G001282 Chr08 NC_080394.1:10215873-10215883promoter 内 303-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10210117-10212185(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGACC
SmilChr01G000347 Chr01 NC_080387.1:7118551-7118561promoter 内 245-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7114407-7114805(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr04G001934 Chr04 NC_080390.1:31436644-31436654promoter 内 225-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31440420-31444948(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr06G003138 Chr06 NC_080392.1:44333635-44333645promoter 内 117-127 bp + 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44328304-44329761(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr07G000834 Chr07 NC_080393.1:5923207-5923217promoter 内 68-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5927140-5930371(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr01G005007 Chr01 NC_080387.1:68107692-68107702promoter 内 45-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68111648-68111721(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr07G003775 Chr07 NC_080393.1:46223020-46223030promoter 内 41-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46226980-46227456(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr06G002321 Chr06 NC_080392.1:33475724-33475734promoter 内 34-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33471291-33471767(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr02G002360 Chr02 NC_080388.1:41380175-41380185promoter 内 3912-3922 bp + 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 41378458-41380096(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGCGC
SmilChr06G002446 Chr06 NC_080392.1:35206722-35206732promoter 内 3708-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 35207015-35210927(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGCCAGCGCG
SmilChr04G000348 Chr04 NC_080390.1:3265347-3265357promoter 内 3653-3663 bp - 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 3265695-3270477(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAAGT
SmilChr08G003095 Chr08 NC_080394.1:31142419-31142429promoter 内 3601-3611 bp - 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 31136498-31142029(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGCCAGCGCG
SmilChr05G003731 Chr05 NC_080391.1:50421013-50421023promoter 内 3286-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 50418938-50420308(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGCGC
SmilChr07G002465 Chr07 NC_080393.1:23188911-23188921promoter 内 3201-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 23184753-23188121(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGCGC
SmilChr04G003312 Chr04 NC_080390.1:49843959-49843969promoter 内 3122-3132 bp - 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 49842026-49843090(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGCCAGCGCG
SmilChr05G004134 Chr05 NC_080391.1:55343422-55343432promoter 内 2944-2954 bp - 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 55339002-55342375(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGCCAGCGCG
SmilChr01G006040 Chr01 NC_080387.1:75890074-75890084promoter 内 2845-2855 bp - 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 75891230-75893857(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAAGT
SmilChr03G000700 Chr03 NC_080389.1:7827280-7827290promoter 内 2738-2748 bp + 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7818304-7826027(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGCGC
SmilChr07G004356 Chr07 NC_080393.1:56116379-56116389promoter 内 2350-2360 bp + 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 56118030-56119093(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGCCAGCGCG
SmilChr02G002460 Chr02 NC_080388.1:42884560-42884570promoter 内 2117-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 42886444-42889510(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGCCAGCGCG
SmilChr04G001268 Chr04 NC_080390.1:20151287-20151297promoter 内 2106-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 20140238-20149402(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAAGT
SmilChr08G003970 Chr08 NC_080394.1:47731046-47731056promoter 内 2090-2100 bp + 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 47726840-47729145(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGCGC
SmilChr04G003311 Chr04 NC_080390.1:49843959-49843969promoter 内 2079-2089 bp - 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 49841414-49842047(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGCCAGCGCG
SmilChr05G000372 Chr05 NC_080391.1:2760309-2760319promoter 内 2073-2083 bp + 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 2762237-2764929(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACTTCAGCGCA
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SmilChr08G003284 Chr08 NC_080394.1:33979432-33979442promoter 内 2057-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 33973456-33977498(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACTTCAGCGCA
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SmilChr08G003096 Chr08 NC_080394.1:31142419-31142429promoter 内 1784-1794 bp - 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 31144636-31148411(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGCGC