转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003404; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027732-RA_Salv SmilChr01G003404 bZIP XP_057773670.1 MP00184 TTGACAGCTGTA

可能结合的靶基因

9840 个结合位点 7147 个候选靶基因 第 136 / 143 下载 TSV

上一页 136 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G004081 Chr04 NC_080390.1:55869523-55869534promoter 内 151-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55858332-55865684(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGCA
SmilChr06G002900 Chr06 NC_080392.1:41824696-41824707promoter 内 119-130 bp - 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 41817754-41820825(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGCA
SmilChr06G000034 Chr06 NC_080392.1:319394-319405promoter 内 66-77 bp - 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 313161-315470(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAGACAGCTGCT
SmilChr07G004351 Chr07 NC_080393.1:56067967-56067978promoter 内 38-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56057953-56064015(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr01G004174 Chr01 NC_080387.1:60206374-60206385promoter 内 35-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60210340-60214173(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCTC
SmilChr04G004052 Chr04 NC_080390.1:55699234-55699245promoter 内 3268-3279 bp + 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 55699967-55702845(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCAACAGCTGTT
SmilChr04G001599 Chr04 NC_080390.1:26654231-26654242promoter 内 2491-2502 bp - 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 26640200-26652732(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCAACAGCTGTT
SmilChr01G004220 Chr01 NC_080387.1:60577153-60577164promoter 内 2402-2413 bp + 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 60578752-60580941(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGGACAGCTGCA
SmilChr08G002368 Chr08 NC_080394.1:22511253-22511264promoter 内 2286-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 22512968-22518268(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGTTGG
SmilChr03G003772 Chr03 NC_080389.1:56873069-56873080promoter 内 3943-3954 bp - 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56873127-56876522(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CATAACTGTCAA
SmilChr02G005602 Chr02 NC_080388.1:75735526-75735537promoter 内 3908-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75732133-75735444(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATG
SmilChr07G004213 Chr07 NC_080393.1:54320977-54320988promoter 内 3868-3879 bp + 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54321110-54323657(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTCCG
SmilChr02G002194 Chr02 NC_080388.1:39159158-39159169promoter 内 3858-3869 bp + 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39158517-39159026(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CATAACTGTCAA
SmilChr03G001421 Chr03 NC_080389.1:16832388-16832399promoter 内 3799-3810 bp - 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 16832590-16834140(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACTAACTGTCAA
SmilChr05G000358 Chr05 NC_080391.1:2678520-2678531promoter 内 3793-3804 bp + 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2678728-2680485(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr03G000007 Chr03 NC_080389.1:93770-93781promoter 内 3599-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 90718-93379(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr01G003308 Chr01 NC_080387.1:51773436-51773447promoter 内 3557-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51773880-51777439(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACTAACTGTCAA
SmilChr06G000132 Chr06 NC_080392.1:933023-933034promoter 内 3545-3556 bp + 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 933479-934487(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr02G002289 Chr02 NC_080388.1:40432568-40432579promoter 内 3457-3468 bp + 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40431150-40432035(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGA
SmilChr02G005603 Chr02 NC_080388.1:75735526-75735537promoter 内 3174-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75736353-75739430(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CATAACTGTCAA
SmilChr01G004741 Chr01 NC_080387.1:65603635-65603646promoter 内 3023-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 65599698-65602668(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CGCAGCTGTCTA
SmilChr03G000008 Chr03 NC_080389.1:93770-93781promoter 内 2887-2898 bp - 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 94884-97333(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGA
SmilChr05G000357 Chr05 NC_080391.1:2678520-2678531promoter 内 2865-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2675180-2677395(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGA
SmilChr04G001696 Chr04 NC_080390.1:28070366-28070377promoter 内 2861-2872 bp - 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28066110-28069237(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAAACAGCTGTG
SmilChr03G003418 Chr03 NC_080389.1:52526085-52526096promoter 内 2804-2815 bp - 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52527282-52529094(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACTAACTGTCAA
SmilChr04G004175 Chr04 NC_080390.1:56363979-56363990promoter 内 2786-2797 bp - 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56360741-56362775(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr05G001560 Chr05 NC_080391.1:14295095-14295106promoter 内 2753-2764 bp + 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14296343-14296823(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr07G002878 Chr07 NC_080393.1:28987776-28987787promoter 内 2733-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28986446-28986519(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TAGACAGCTGCG
SmilChr07G001882 Chr07 NC_080393.1:16272551-16272562promoter 内 2696-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 16268827-16271257(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGGACAGCTGCA
SmilChr07G002880 Chr07 NC_080393.1:28987776-28987787promoter 内 2535-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28989242-28993491(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CGCAGCTGTCTA
SmilChr07G002874 Chr07 NC_080393.1:28944054-28944065promoter 内 2518-2529 bp - 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28945537-28946458(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGA
SmilChr01G001494 Chr01 NC_080387.1:28768775-28768786promoter 内 2404-2415 bp + 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28770372-28774508(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr02G003949 Chr02 NC_080388.1:61652492-61652503promoter 内 2295-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61650183-61650797(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAAACAGCTGTG
SmilChr04G001698 Chr04 NC_080390.1:28073930-28073941promoter 内 2281-2292 bp - 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28075650-28080607(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTTC
SmilChr07G002418 Chr07 NC_080393.1:22534606-22534617promoter 内 2238-2249 bp - 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22529445-22532854(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr02G000695 Chr02 NC_080388.1:11046458-11046469promoter 内 2237-2248 bp + 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11048222-11064091(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATG
SmilChr02G000672 Chr02 NC_080388.1:10361551-10361562promoter 内 2194-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10363358-10368799(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATG
SmilChr02G002350 Chr02 NC_080388.1:41266670-41266681promoter 内 2183-2194 bp + 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41268488-41273790(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATG
SmilChr03G001591 Chr03 NC_080389.1:20164989-20165000promoter 内 2178-2189 bp - 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20166812-20167687(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACTAACTGTCAA
SmilChr06G001216 Chr06 NC_080392.1:12509113-12509124promoter 内 2107-2118 bp - 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12511007-12517088(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGA
SmilChr07G002062 Chr07 NC_080393.1:18759167-18759178promoter 内 2107-2118 bp + 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18761061-18764332(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGGACAGCTGCG
SmilChr05G001178 Chr05 NC_080391.1:9884170-9884181promoter 内 2093-2104 bp + 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9878310-9882273(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTTC
SmilChr06G000131 Chr06 NC_080392.1:933023-933034promoter 内 2001-2012 bp + 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 929384-931034(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGA
SmilChr02G002937 Chr02 NC_080388.1:49877385-49877396promoter 内 1996-2007 bp + 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49879390-49884337(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr07G004410 Chr07 NC_080393.1:56723251-56723262promoter 内 1965-1976 bp - 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56725287-56727864(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGA
SmilChr04G002545 Chr04 NC_080390.1:40757610-40757621promoter 内 1808-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40749301-40755428(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTAGT
SmilChr02G002828 Chr02 NC_080388.1:48387905-48387916promoter 内 1711-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48378626-48385626(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAAACAGCTGTG
SmilChr06G003266 Chr06 NC_080392.1:45285141-45285152promoter 内 1665-1676 bp + 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 45287477-45292616(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr08G001325 Chr08 NC_080394.1:10604931-10604942promoter 内 1612-1623 bp - 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10600939-10602553(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATG
SmilChr02G001238 Chr02 NC_080388.1:22747921-22747932promoter 内 1592-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22750330-22751232(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA