转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 14 / 128 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003135 Chr01 NC_080387.1:50153946-50153954promoter 内 1633-1641 bp + 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 50156314-50158439(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G004001 Chr01 NC_080387.1:58407874-58407882promoter 内 1601-1609 bp + 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 58410274-58410891(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr02G000346 Chr02 NC_080388.1:4510886-4510894promoter 内 1599-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 4507986-4508492(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G001988 Chr01 NC_080387.1:35299384-35299392promoter 内 1594-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 35301791-35304445(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G005263 Chr01 NC_080387.1:70095681-70095689promoter 内 1579-1587 bp + 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 70098103-70106949(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G003134 Chr01 NC_080387.1:50153946-50153954promoter 内 1574-1582 bp + 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 50147536-50151527(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr01G003241 Chr01 NC_080387.1:51150447-51150455promoter 内 1571-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 51144429-51148025(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr02G001026 Chr02 NC_080388.1:18190207-18190215promoter 内 1567-1575 bp + 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 18186984-18187781(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr01G004092 Chr01 NC_080387.1:59362202-59362210promoter 内 1558-1566 bp + 2435 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 59364645-59367870(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr02G002340 Chr02 NC_080388.1:41118516-41118524promoter 内 1492-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 41115239-41116015(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr01G001351 Chr01 NC_080387.1:26786294-26786302promoter 内 1405-1413 bp - 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 26788890-26794211(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr01G004085 Chr01 NC_080387.1:59264500-59264508promoter 内 1382-1390 bp - 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 59267119-59268086(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr02G003591 Chr02 NC_080388.1:57124588-57124596promoter 内 1351-1359 bp - 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 57117669-57121946(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G002597 Chr01 NC_080387.1:44148303-44148311promoter 内 1301-1309 bp - 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 44145540-44145611(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G005474 Chr01 NC_080387.1:71733640-71733648promoter 内 1294-1302 bp + 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 71722317-71730941(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr02G001115 Chr02 NC_080388.1:20106262-20106270promoter 内 1274-1282 bp - 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 20108989-20111043(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr01G004268 Chr01 NC_080387.1:60919570-60919578promoter 内 1259-1267 bp + 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 60922312-60923221(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G004042 Chr01 NC_080387.1:58834474-58834482promoter 内 1254-1262 bp + 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 58828095-58831735(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr01G001372 Chr01 NC_080387.1:27054978-27054986promoter 内 1246-1254 bp + 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 27057733-27059408(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G004346 Chr01 NC_080387.1:61618413-61618421promoter 内 1229-1237 bp - 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 61613125-61615649(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G002994 Chr01 NC_080387.1:48865518-48865526promoter 内 1222-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 48859269-48862747(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G001312 Chr01 NC_080387.1:26097740-26097748promoter 内 1205-1213 bp - 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 26100536-26102539(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr02G004267 Chr02 NC_080388.1:64889717-64889725promoter 内 1148-1156 bp + 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 64885815-64886872(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr01G004816 Chr01 NC_080387.1:66340342-66340350promoter 内 1113-1121 bp - 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 66343230-66345748(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr02G000951 Chr02 NC_080388.1:16550825-16550833promoter 内 1105-1113 bp + 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 16553721-16554936(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr02G001265 Chr02 NC_080388.1:23215858-23215866promoter 内 1067-1075 bp - 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 23212039-23212932(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr02G005345 Chr02 NC_080388.1:74280565-74280573promoter 内 1067-1075 bp - 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 74264302-74277639(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G004273 Chr01 NC_080387.1:60968018-60968026promoter 内 1052-1060 bp - 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 60970967-60974633(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr02G004990 Chr02 NC_080388.1:71777760-71777768promoter 内 1011-1019 bp - 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 71767723-71774778(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G000404 Chr01 NC_080387.1:8239400-8239408promoter 内 1009-1017 bp + 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 8235658-8236416(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr01G000595 Chr01 NC_080387.1:12970001-12970009promoter 内 1003-1011 bp - 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 12972999-12973550(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr01G005419 Chr01 NC_080387.1:71393905-71393913promoter 内 961-969 bp - 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 71396945-71399306(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr02G005067 Chr02 NC_080388.1:72344792-72344800promoter 内 949-957 bp + 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 72336849-72341748(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
SmilChr01G001308 Chr01 NC_080387.1:26030517-26030525promoter 内 927-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 26033591-26035663(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr02G001496 Chr02 NC_080388.1:27905228-27905236promoter 内 905-913 bp - 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 27900496-27902140(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTG
SmilChr01G001719 Chr01 NC_080387.1:31659845-31659853promoter 内 892-900 bp - 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 31662954-31664288(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAA
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