靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021741-RA_Salv |
SmilChr01G004920 |
MYB_related | XP_057788125.1 |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 14 / 128 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G003135 |
Chr01 | NC_080387.1:50153946-50153954promoter 内 1633-1641 bp |
+ | 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 50156314-50158439(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr01G004001 |
Chr01 | NC_080387.1:58407874-58407882promoter 内 1601-1609 bp |
+ | 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 58410274-58410891(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr02G000346 |
Chr02 | NC_080388.1:4510886-4510894promoter 内 1599-1607 bp |
- | 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 4507986-4508492(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr01G001988 |
Chr01 | NC_080387.1:35299384-35299392promoter 内 1594-1602 bp |
+ | 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 35301791-35304445(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr01G005263 |
Chr01 | NC_080387.1:70095681-70095689promoter 内 1579-1587 bp |
+ | 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 70098103-70106949(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr01G003134 |
Chr01 | NC_080387.1:50153946-50153954promoter 内 1574-1582 bp |
+ | 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 50147536-50151527(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr01G003241 |
Chr01 | NC_080387.1:51150447-51150455promoter 内 1571-1579 bp |
- | 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 51144429-51148025(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr02G001026 |
Chr02 | NC_080388.1:18190207-18190215promoter 内 1567-1575 bp |
+ | 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 18186984-18187781(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr01G004092 |
Chr01 | NC_080387.1:59362202-59362210promoter 内 1558-1566 bp |
+ | 2435 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 59364645-59367870(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr02G002340 |
Chr02 | NC_080388.1:41118516-41118524promoter 内 1492-1500 bp |
+ | 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 41115239-41116015(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr01G001351 |
Chr01 | NC_080387.1:26786294-26786302promoter 内 1405-1413 bp |
- | 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 26788890-26794211(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr01G004085 |
Chr01 | NC_080387.1:59264500-59264508promoter 内 1382-1390 bp |
- | 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 59267119-59268086(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr02G003591 |
Chr02 | NC_080388.1:57124588-57124596promoter 内 1351-1359 bp |
- | 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 57117669-57121946(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr01G002597 |
Chr01 | NC_080387.1:44148303-44148311promoter 内 1301-1309 bp |
- | 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 44145540-44145611(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr01G005474 |
Chr01 | NC_080387.1:71733640-71733648promoter 内 1294-1302 bp |
+ | 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 71722317-71730941(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr02G001115 |
Chr02 | NC_080388.1:20106262-20106270promoter 内 1274-1282 bp |
- | 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 20108989-20111043(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr01G004268 |
Chr01 | NC_080387.1:60919570-60919578promoter 内 1259-1267 bp |
+ | 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 60922312-60923221(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr01G004042 |
Chr01 | NC_080387.1:58834474-58834482promoter 内 1254-1262 bp |
+ | 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 58828095-58831735(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr01G001372 |
Chr01 | NC_080387.1:27054978-27054986promoter 内 1246-1254 bp |
+ | 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 27057733-27059408(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr01G004346 |
Chr01 | NC_080387.1:61618413-61618421promoter 内 1229-1237 bp |
- | 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 61613125-61615649(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr01G002994 |
Chr01 | NC_080387.1:48865518-48865526promoter 内 1222-1230 bp |
- | 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 48859269-48862747(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr01G001312 |
Chr01 | NC_080387.1:26097740-26097748promoter 内 1205-1213 bp |
- | 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 26100536-26102539(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr02G004267 |
Chr02 | NC_080388.1:64889717-64889725promoter 内 1148-1156 bp |
+ | 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 64885815-64886872(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr01G004816 |
Chr01 | NC_080387.1:66340342-66340350promoter 内 1113-1121 bp |
- | 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 66343230-66345748(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr02G000951 |
Chr02 | NC_080388.1:16550825-16550833promoter 内 1105-1113 bp |
+ | 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 16553721-16554936(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr02G001265 |
Chr02 | NC_080388.1:23215858-23215866promoter 内 1067-1075 bp |
- | 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 23212039-23212932(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr02G005345 |
Chr02 | NC_080388.1:74280565-74280573promoter 内 1067-1075 bp |
- | 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 74264302-74277639(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
SmilChr01G004273 |
Chr01 | NC_080387.1:60968018-60968026promoter 内 1052-1060 bp |
- | 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 60970967-60974633(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAA |
SmilChr02G004990 |
Chr02 | NC_080388.1:71777760-71777768promoter 内 1011-1019 bp |
- | 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 71767723-71774778(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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Chr01 | NC_080387.1:8239400-8239408promoter 内 1009-1017 bp |
+ | 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 8235658-8236416(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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Chr01 | NC_080387.1:12970001-12970009promoter 内 1003-1011 bp |
- | 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 12972999-12973550(+) |
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SmilChr01G005419 |
Chr01 | NC_080387.1:71393905-71393913promoter 内 961-969 bp |
- | 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 71396945-71399306(+) |
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Chr02 | NC_080388.1:72344792-72344800promoter 内 949-957 bp |
+ | 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 72336849-72341748(-) |
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Chr01 | NC_080387.1:26030517-26030525promoter 内 927-935 bp |
+ | 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 26033591-26035663(+) |
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- | 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 27900496-27902140(-) |
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- | 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 31662954-31664288(+) |
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+ | 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 45310224-45316119(-) |
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Chr02 | NC_080388.1:56582363-56582371promoter 内 840-848 bp |
- | 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 56575517-56579210(-) |
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- | 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 31238042-31239698(-) |
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- | 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 66345812-66348746(-) |
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- | 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 76890799-76892272(+) |
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+ | 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 60985113-60991057(+) |
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+ | 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 68899026-68900150(-) |
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- | 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 69876434-69879104(+) |
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+ | 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 4338772-4339104(+) |
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- | 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 74283838-74287538(+) |
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+ | 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 58159880-58161292(-) |
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+ | 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 42180906-42180978(-) |
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- | 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 46070906-46081505(-) |
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SmilChr01G004814 |
Chr01 | NC_080387.1:66340342-66340350promoter 内 638-646 bp |
- | 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.9/ 100 | 2 | 66334051-66336987(-) |
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