转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 142 / 164 下载 TSV

上一页 142 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr07G001768 Chr07 NC_080393.1:14983509-14983523promoter 内 3834-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14983676-14986209(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGAGGGGTAGGTCAG
SmilChr04G003778 Chr04 NC_080390.1:53980298-53980312promoter 内 3832-3846 bp + 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53977822-53980143(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTAACTACCAAATC
SmilChr04G002350 Chr04 NC_080390.1:37942815-37942829promoter 内 3807-3821 bp - 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37943009-37947546(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTTGTTT
SmilChr02G003765 Chr02 NC_080388.1:59352276-59352290promoter 内 3768-3782 bp + 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59352509-59353943(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATTAATTAGGTGAG
SmilChr01G001465 Chr01 NC_080387.1:28452472-28452486promoter 内 3718-3732 bp + 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28450022-28452203(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATTAATC
SmilChr02G004075 Chr02 NC_080388.1:63048429-63048443promoter 内 3680-3694 bp + 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 63048750-63053190(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAATAGTAGGTGAT
SmilChr03G002787 Chr03 NC_080389.1:44378447-44378461promoter 内 3643-3657 bp + 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44374577-44378103(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATATTTC
SmilChr02G002702 Chr02 NC_080388.1:46863041-46863055promoter 内 3616-3630 bp - 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 46859463-46862670(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTATAGTAGGTGAT
SmilChr07G003898 Chr07 NC_080393.1:49023149-49023163promoter 内 3589-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49023561-49026218(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAAAAGTAGGTGGT
SmilChr04G003474 Chr04 NC_080390.1:51196866-51196880promoter 内 3551-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51192356-51196430(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGGTATT
SmilChr01G002250 Chr01 NC_080387.1:39125357-39125371promoter 内 3483-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39124182-39124853(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAATAAACT
SmilChr01G001466 Chr01 NC_080387.1:28452472-28452486promoter 内 3464-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28453009-28456605(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATTAATTAGGTGAG
SmilChr01G001293 Chr01 NC_080387.1:25757363-25757377promoter 内 3434-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25757930-25762497(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTCGGTAGGTTGA
SmilChr08G001772 Chr08 NC_080394.1:14953153-14953167promoter 内 3302-3316 bp + 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14947705-14952468(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTATAAT
SmilChr05G000158 Chr05 NC_080391.1:1267080-1267094promoter 内 3218-3232 bp - 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1264266-1266311(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr07G002200 Chr07 NC_080393.1:20238174-20238188promoter 内 3160-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 20235440-20237347(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGCTAG
SmilChr04G001718 Chr04 NC_080390.1:28438634-28438648promoter 内 3139-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28434296-28437786(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTTAGAT
SmilChr01G001265 Chr01 NC_080387.1:25346555-25346569promoter 内 3138-3152 bp - 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25343733-25345706(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTAGGTAGGTATC
SmilChr05G001927 Chr05 NC_080391.1:19556583-19556597promoter 内 3123-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19557461-19560655(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCGAAAC
SmilChr01G005562 Chr01 NC_080387.1:72431909-72431923promoter 内 3111-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 72428708-72431033(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTTAGAT
SmilChr08G002073 Chr08 NC_080394.1:18637899-18637913promoter 内 3108-3122 bp - 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 18638792-18639779(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTGAAAA
SmilChr04G000701 Chr04 NC_080390.1:8167695-8167709promoter 内 3101-3115 bp + 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8168595-8171114(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATTTGGTAGTTTGA
SmilChr07G003763 Chr07 NC_080393.1:45984137-45984151promoter 内 3100-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45973873-45983250(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTTCTCA
SmilChr02G002522 Chr02 NC_080388.1:43829613-43829627promoter 内 3087-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 43825725-43828713(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTACCTACCCAAAA
SmilChr01G000185 Chr01 NC_080387.1:3169281-3169295promoter 内 3051-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3170231-3177775(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr05G002971 Chr05 NC_080391.1:36107597-36107611promoter 内 3011-3025 bp - 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36103161-36106621(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGGGGGTAGGTTTC
SmilChr03G002883 Chr03 NC_080389.1:45512805-45512819promoter 内 3006-3020 bp + 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45511281-45511824(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTATAAT
SmilChr02G001509 Chr02 NC_080388.1:28107766-28107780promoter 内 2968-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28108799-28112251(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAATTGGTAGGTATC
SmilChr03G000085 Chr03 NC_080389.1:977749-977763promoter 内 2952-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 974330-976714(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTTAAGTAGGTGAC
SmilChr03G003535 Chr03 NC_080389.1:53962682-53962696promoter 内 2940-2954 bp - 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53951902-53961635(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGCTTGGTAGTTTAG
SmilChr01G001266 Chr01 NC_080387.1:25346555-25346569promoter 内 2866-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25347690-25350063(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATACCTACCTAATA
SmilChr04G001319 Chr04 NC_080390.1:21254483-21254497promoter 内 2864-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 21252185-21253360(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCGCAGGTAGGTTCG
SmilChr02G005562 Chr02 NC_080388.1:75548309-75548323promoter 内 2855-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75549455-75554805(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCAACTACCAACAA
SmilChr01G005674 Chr01 NC_080387.1:73017035-73017049promoter 内 2772-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73018264-73019041(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAACCTACCTACAC
SmilChr02G004878 Chr02 NC_080388.1:70869118-70869132promoter 内 2755-2769 bp + 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 70870364-70874927(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGTCGGTAGGTGTC
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