转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 15 / 123 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004631 Chr01 NC_080387.1:64354948-64354962promoter 内 923-937 bp - 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 64349703-64351884(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGTGACGGTGGT
SmilChr02G001880 Chr02 NC_080388.1:34126473-34126487promoter 内 922-936 bp - 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 34122199-34123408(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCGGCGTCGGTGGA
SmilChr05G002595 Chr05 NC_080391.1:29176590-29176604promoter 内 271-285 bp - 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 29180320-29184003(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGCCGCT
SmilChr08G001740 Chr08 NC_080394.1:14605941-14605955promoter 内 213-227 bp + 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 14609729-14618353(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCTTTGTCGGTGGT
SmilChr05G002673 Chr05 NC_080391.1:30210796-30210810promoter 内 188-202 bp - 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 30206002-30206997(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CAGGGTGTCGGTGGA
SmilChr03G000619 Chr03 NC_080389.1:6822295-6822309promoter 内 106-120 bp - 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 6817355-6818414(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACCGTGTCGGTGAC
SmilChr07G001980 Chr07 NC_080393.1:17426349-17426363promoter 内 64-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 17415221-17422426(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCTGTGGCGGTGGT
SmilChr07G002982 Chr07 NC_080393.1:30378532-30378546promoter 内 3631-3645 bp - 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 30378902-30379575(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACAGCAGC
SmilChr02G000022 Chr02 NC_080388.1:184663-184677promoter 内 3618-3632 bp + 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 183631-184294(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACAGCAGC
SmilChr07G002981 Chr07 NC_080393.1:30367852-30367866promoter 内 3544-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 30368309-30368895(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACAGCAGC
SmilChr01G002619 Chr01 NC_080387.1:44457276-44457290promoter 内 3454-3468 bp - 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 44457823-44458322(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACAGCAGC
SmilChr05G001969 Chr05 NC_080391.1:20327185-20327199promoter 内 1886-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 20322994-20325084(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGCCTCT
SmilChr04G000382 Chr04 NC_080390.1:3882901-3882915promoter 内 1639-1653 bp - 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 3877590-3880553(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGCTGTCGGTGAC
SmilChr01G002617 Chr01 NC_080387.1:44457276-44457290promoter 内 1564-1578 bp - 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 44448117-44454853(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGCTGTCGGTGAC
SmilChr03G002475 Chr03 NC_080389.1:39216205-39216219promoter 内 597-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 39211130-39212815(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGTTGTCGGTGAT
SmilChr03G001593 Chr03 NC_080389.1:20187334-20187348promoter 内 210-224 bp + 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 20191125-20194405(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGAGGCGTCGGTGGT
SmilChr06G002817 Chr06 NC_080392.1:40872158-40872172promoter 内 3496-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 40872663-40881508(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGTGTCGGTGCT
SmilChr07G002324 Chr07 NC_080393.1:21580017-21580031promoter 内 3424-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 21576913-21579454(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCTTCTGTCGGTGGC
SmilChr07G000327 Chr07 NC_080393.1:2225724-2225738promoter 内 3109-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2226616-2232780(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGCTCC
SmilChr01G003359 Chr01 NC_080387.1:52334825-52334839promoter 内 2593-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 52325564-52333431(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACACCACA
SmilChr04G004179 Chr04 NC_080390.1:56375271-56375285promoter 内 2331-2345 bp + 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56376941-56383053(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGCTTGTCGGTGGC
SmilChr03G000777 Chr03 NC_080389.1:8858971-8858985promoter 内 2299-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8856531-8857283(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACAACAGG
SmilChr02G005570 Chr02 NC_080388.1:75599058-75599072promoter 内 2108-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 75592284-75597179(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACATCCTC
SmilChr08G001523 Chr08 NC_080394.1:12383061-12383075promoter 内 1874-1888 bp + 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 12385188-12392450(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCATGTGTCGGTGCT
SmilChr04G001625 Chr04 NC_080390.1:27010585-27010599promoter 内 1841-1855 bp + 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 27012745-27017117(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGCGTGTCGGTGGG
SmilChr02G004602 Chr02 NC_080388.1:68540945-68540959promoter 内 1363-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 68537309-68538321(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGCTGTCGGTGAC
SmilChr03G000360 Chr03 NC_080389.1:4040597-4040611promoter 内 1333-1347 bp - 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4027312-4037943(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGAGCGTCGGTGGC
SmilChr04G001566 Chr04 NC_080390.1:25969812-25969826promoter 内 921-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 25972892-25980944(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATACGTCGGTGGC
SmilChr04G000428 Chr04 NC_080390.1:4529476-4529490promoter 内 650-664 bp + 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4532827-4533537(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGAGGCGTCGGTGGT
SmilChr02G001581 Chr02 NC_080388.1:29537561-29537575promoter 内 622-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 29531658-29534196(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTCTTGTCGGTGGT
SmilChr05G001970 Chr05 NC_080391.1:20327185-20327199promoter 内 130-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 20331056-20333011(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGAGGCGTCGGTGGT
SmilChr03G001704 Chr03 NC_080389.1:22638223-22638237promoter 内 198-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 5 22632393-22634434(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGTGTCGGTGAG
SmilChr05G003056 Chr05 NC_080391.1:38379813-38379827promoter 内 2594-2608 bp + 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 38381220-38381576(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGTGTCGGTGAG
SmilChr04G001123 Chr04 NC_080390.1:16279130-16279144promoter 内 816-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 16282315-16283636(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACTTCC
SmilChr02G001950 Chr02 NC_080388.1:35183489-35183503promoter 内 557-571 bp + 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 35186933-35203320(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGTGTCGGTGAG
SmilChr06G002483 Chr06 NC_080392.1:35677125-35677139promoter 内 3551-3565 bp + 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 35674146-35676689(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACACCAAC
SmilChr05G004114 Chr05 NC_080391.1:54992171-54992185promoter 内 1943-1957 bp - 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 54994229-54996134(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACAAATGC
SmilChr06G002320 Chr06 NC_080392.1:33468868-33468882promoter 内 1646-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 33465748-33466527(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACACCAAC
SmilChr01G004323 Chr01 NC_080387.1:61396557-61396571promoter 内 3918-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 61396640-61402054(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACACCCTG
SmilChr02G002320 Chr02 NC_080388.1:40870522-40870536promoter 内 3690-3704 bp + 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 40870833-40873277(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGTGTCGGTGAG
SmilChr07G001417 Chr07 NC_080393.1:11020252-11020266promoter 内 2472-2486 bp + 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 11021781-11024859(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTTGTGTCGGTGAT
SmilChr03G003174 Chr03 NC_080389.1:49203133-49203147promoter 内 1879-1893 bp - 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 49198344-49201025(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TATTGTGTCGGTGGA
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SmilChr08G002584 Chr08 NC_080394.1:25175934-25175948promoter 内 3014-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 25176921-25180215(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AAGAGTGTCGGTGGA