转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 16 / 147 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000516 Chr03 NC_080389.1:5565280-5565294promoter 内 59-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 5569222-5570204(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAATTTTTTT
SmilChr02G003752 Chr02 NC_080388.1:59158113-59158127promoter 内 3885-3899 bp + 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59158229-59162643(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACAAAAATTAGGTAA
SmilChr04G001251 Chr04 NC_080390.1:19736510-19736524promoter 内 3843-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 19733491-19736366(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATAAAGTTAGGTTA
SmilChr02G004480 Chr02 NC_080388.1:67264919-67264933promoter 内 3538-3552 bp + 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 67265382-67267034(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCAATAGTTAGGTAT
SmilChr01G002958 Chr01 NC_080387.1:48451361-48451375promoter 内 3492-3506 bp + 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48451870-48455831(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATCAAGTTAGGCTA
SmilChr03G003049 Chr03 NC_080389.1:47391750-47391764promoter 内 3149-3163 bp - 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 47392602-47393188(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAACCTGTCC
SmilChr02G003750 Chr02 NC_080388.1:59158113-59158127promoter 内 3113-3127 bp + 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59156578-59157239(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATTTTTGT
SmilChr02G005443 Chr02 NC_080388.1:74805996-74806010promoter 内 2974-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 74807023-74811315(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACTAGTTAGGTAA
SmilChr01G003860 Chr01 NC_080387.1:56879736-56879750promoter 内 2798-2812 bp - 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 56874432-56878547(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTTAAGTTAGGTAA
SmilChr03G001616 Chr03 NC_080389.1:20568006-20568020promoter 内 2640-2654 bp + 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 20563838-20566659(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAACTATTAG
SmilChr03G001499 Chr03 NC_080389.1:18323040-18323054promoter 内 1754-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 18325287-18328025(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTGCCTAACTTGAAG
SmilChr04G000395 Chr04 NC_080390.1:4088763-4088777promoter 内 1714-1728 bp - 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 4076214-4086490(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTGGAGTTAGGTAG
SmilChr01G003165 Chr01 NC_080387.1:50461085-50461099promoter 内 1670-1684 bp + 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 50455202-50458768(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGCCTAACTCTCTT
SmilChr03G002093 Chr03 NC_080389.1:32284325-32284339promoter 内 1640-1654 bp + 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 32276676-32281978(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATTTCTCC
SmilChr03G004162 Chr03 NC_080389.1:60389078-60389092promoter 内 996-1010 bp - 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 60392083-60393964(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATTTTGGT
SmilChr01G003193 Chr01 NC_080387.1:50680836-50680850promoter 内 655-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 50684182-50687485(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACGCCTAACTAATTT
SmilChr02G003809 Chr02 NC_080388.1:59721679-59721693promoter 内 628-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59715822-59718320(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGATTAGTTAGGTAG
SmilChr04G000461 Chr04 NC_080390.1:4917559-4917573promoter 内 550-564 bp + 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 4906099-4914122(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATTTTTGT
SmilChr02G005262 Chr02 NC_080388.1:73717102-73717116promoter 内 523-537 bp - 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 73711521-73713638(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCACAAGTTAGGTTT
SmilChr02G001924 Chr02 NC_080388.1:34646547-34646561promoter 内 414-428 bp - 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 34650134-34653116(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGCCTAACTTCTAA
SmilChr02G005057 Chr02 NC_080388.1:72273841-72273855promoter 内 30-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 72277812-72279187(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCCTTAGTTAGGCAC
SmilChr03G004553 Chr03 NC_080389.1:63488681-63488695promoter 内 3586-3600 bp - 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 63489096-63492937(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACTTTGTT
SmilChr03G002996 Chr03 NC_080389.1:46776411-46776425promoter 内 3365-3379 bp + 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 46773343-46775789(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACATTTTT
SmilChr03G001049 Chr03 NC_080389.1:12221740-12221754promoter 内 1498-1512 bp + 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 12216912-12219251(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACCTTTTG
SmilChr03G000166 Chr03 NC_080389.1:1817941-1817955promoter 内 1463-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 1820479-1822311(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAAAAGGTTAGGTAT
SmilChr01G004454 Chr01 NC_080387.1:62668072-62668086promoter 内 1427-1441 bp - 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 62661573-62665512(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAGTAAGTTAGGCTG
SmilChr03G000165 Chr03 NC_080389.1:1817941-1817955promoter 内 1405-1419 bp + 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 1813038-1815359(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACCTTTTG
SmilChr02G001752 Chr02 NC_080388.1:32214075-32214089promoter 内 490-504 bp + 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 32208725-32210578(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAATTTTTTC
SmilChr03G002187 Chr03 NC_080389.1:34163357-34163371promoter 内 2552-2566 bp + 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 34160780-34161922(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGACCTAACCATTGC
SmilChr01G001489 Chr01 NC_080387.1:28669177-28669191promoter 内 2257-2271 bp - 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 28670921-28673589(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCTAACTCTCTC
SmilChr03G001724 Chr03 NC_080389.1:23133379-23133393promoter 内 2249-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 23135131-23141677(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACCTTTTG
SmilChr03G000431 Chr03 NC_080389.1:4671191-4671205promoter 内 1973-1987 bp - 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 4668593-4669177(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAAAAGGTTAGGTAT
SmilChr02G004567 Chr02 NC_080388.1:68185822-68185836promoter 内 1969-1983 bp + 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 68187854-68194128(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGAAATGTTAGGTAA
SmilChr03G001040 Chr03 NC_080389.1:12130393-12130407promoter 内 1729-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 12127188-12128135(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACTATTTA
SmilChr03G003947 Chr03 NC_080389.1:58519453-58519467promoter 内 1571-1585 bp - 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 58521883-58526951(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACGCCTAACTCTGTC
SmilChr03G001947 Chr03 NC_080389.1:27784186-27784200promoter 内 1229-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 27781357-27781428(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGAAATGTTAGGTAA
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