转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 19 / 160 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003304 Chr03 NC_080389.1:51227367-51227377promoter 内 1783-1793 bp + 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 51221156-51225159(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTA
SmilChr08G002520 Chr08 NC_080394.1:24402748-24402758promoter 内 1638-1648 bp - 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 24405111-24406115(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTA
SmilChr02G000590 Chr02 NC_080388.1:8459712-8459722promoter 内 1596-1606 bp + 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 8462117-8462620(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAC
SmilChr02G000747 Chr02 NC_080388.1:12096808-12096818promoter 内 1579-1589 bp + 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 12091753-12094396(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTA
SmilChr02G004794 Chr02 NC_080388.1:70148411-70148421promoter 内 1123-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 70142479-70145543(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAC
SmilChr02G000778 Chr02 NC_080388.1:12737419-12737429promoter 内 678-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 12732393-12734106(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GGATACGGTTA
SmilChr01G000221 Chr01 NC_080387.1:3872022-3872032promoter 内 242-252 bp - 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 3866939-3868273(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAC
SmilChr05G002217 Chr05 NC_080391.1:23663080-23663090promoter 内 3988-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 23663093-23664973(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GGATACGGTTA
SmilChr08G000818 Chr08 NC_080394.1:6037987-6037997promoter 内 3953-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 6033185-6037949(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GATTACGGTTA
SmilChr03G004054 Chr03 NC_080389.1:59494065-59494075promoter 内 3949-3959 bp + 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 59489536-59494023(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GATTACGGTTA
SmilChr05G003328 Chr05 NC_080391.1:43635068-43635078promoter 内 3910-3920 bp + 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 43633233-43634987(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GATTACGGTTA
SmilChr05G000629 Chr05 NC_080391.1:4748881-4748891promoter 内 3824-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 4741423-4748714(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAATC
SmilChr07G002811 Chr07 NC_080393.1:28133190-28133200promoter 内 3756-3766 bp - 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 28131267-28132955(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAC
SmilChr07G004123 Chr07 NC_080393.1:52890118-52890128promoter 内 3730-3740 bp - 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 52890389-52892374(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTA
SmilChr02G004379 Chr02 NC_080388.1:66146263-66146273promoter 内 3716-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 66144318-66145988(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTA
SmilChr01G000089 Chr01 NC_080387.1:1640610-1640620promoter 内 3664-3674 bp - 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 1638153-1640283(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTATCC
SmilChr04G001288 Chr04 NC_080390.1:20554374-20554384promoter 内 3650-3660 bp - 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 20552891-20554033(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAC
SmilChr01G002821 Chr01 NC_080387.1:46769756-46769766promoter 内 3644-3654 bp + 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 46765440-46769409(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTA
SmilChr01G004188 Chr01 NC_080387.1:60306873-60306883promoter 内 3642-3652 bp + 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 60307232-60320496(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAC
SmilChr08G000544 Chr08 NC_080394.1:3965132-3965142promoter 内 3631-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 3965502-3967070(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GATTACGGTTA
SmilChr07G001638 Chr07 NC_080393.1:13817093-13817103promoter 内 3530-3540 bp + 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 13817564-13822250(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTATCC
SmilChr07G001657 Chr07 NC_080393.1:14016534-14016544promoter 内 3514-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 14017021-14021701(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTATCC
SmilChr02G000158 Chr02 NC_080388.1:2040244-2040254promoter 内 3303-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 2040942-2043017(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAATC
SmilChr03G001598 Chr03 NC_080389.1:20306445-20306455promoter 内 3211-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 20304955-20305665(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAC
SmilChr03G002480 Chr03 NC_080389.1:39359495-39359505promoter 内 3167-3177 bp - 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 39360329-39362283(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTA
SmilChr02G000877 Chr02 NC_080388.1:15096415-15096425promoter 内 3145-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 15084624-15095569(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTATCC
SmilChr04G004001 Chr04 NC_080390.1:55360936-55360946promoter 内 3143-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 55361794-55365671(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTA
SmilChr05G003194 Chr05 NC_080391.1:40832549-40832559promoter 内 3122-3132 bp - 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 40828804-40831680(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAC
SmilChr07G002449 Chr07 NC_080393.1:23032826-23032836promoter 内 3118-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 23030925-23031953(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GGATACGGTTA
SmilChr07G003058 Chr07 NC_080393.1:31957523-31957533promoter 内 3106-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 31958418-31967616(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GATTACGGTTA
SmilChr03G002490 Chr03 NC_080389.1:39584330-39584340promoter 内 3083-3093 bp - 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 39585248-39588954(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTA
SmilChr02G003117 Chr02 NC_080388.1:52182443-52182453promoter 内 3055-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 52183389-52187516(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTATCC
SmilChr06G001134 Chr06 NC_080392.1:11392031-11392041promoter 内 3004-3014 bp + 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 11387656-11391044(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GGATACGGTTA
SmilChr01G003328 Chr01 NC_080387.1:51968565-51968575promoter 内 2963-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 51969603-51972266(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTATCC
SmilChr07G003697 Chr07 NC_080393.1:44560562-44560572promoter 内 2958-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 44561605-44564629(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTA
SmilChr07G003437 Chr07 NC_080393.1:38011687-38011697promoter 内 2928-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 38007674-38010624(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAC
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