靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00008316-RA_Salv |
SmilChr04G003117 |
C2H2 | XP_057809539.1 |
MP00592 |
AAGAAAACGACAAAAAA |
9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 19 / 171 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr03G000601 |
Chr03 | NC_080389.1:6676039-6676055promoter 内 3210-3226 bp |
- | 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 6676830-6678523(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GTTTTTGTCCTTTCGCG |
SmilChr03G004163 |
Chr03 | NC_080389.1:60403371-60403387promoter 内 3179-3195 bp |
- | 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 60396169-60402565(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AAAATGACGACAAAAAA |
SmilChr08G001555 |
Chr08 | NC_080394.1:12761301-12761317promoter 内 3026-3042 bp |
- | 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 12762276-12766798(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TGTTTTGTCATTTTGTG |
SmilChr04G003758 |
Chr04 | NC_080390.1:53852080-53852096promoter 内 2822-2838 bp |
- | 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 53839632-53850917(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CAAAAGAAGACAAAACT |
SmilChr01G005133 |
Chr01 | NC_080387.1:69134624-69134640promoter 内 2764-2780 bp |
- | 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 69131839-69133403(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CGCAAAACGACAGAAAA |
SmilChr07G000498 |
Chr07 | NC_080393.1:3478045-3478061promoter 内 2645-2661 bp |
- | 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 3479401-3481943(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GTTTTTGTCTTTTTTCA |
SmilChr03G003636 |
Chr03 | NC_080389.1:55048021-55048037promoter 内 2617-2633 bp |
+ | 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 55049405-55050626(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATCTAAACGACAAAAAC |
SmilChr02G005249 |
Chr02 | NC_080388.1:73639896-73639912promoter 内 2604-2620 bp |
- | 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 73641293-73644615(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TCTTTTGTCGTATTTTC |
SmilChr03G000956 |
Chr03 | NC_080389.1:10807710-10807726promoter 内 2524-2540 bp |
- | 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 10809187-10810392(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GTTTTTGTCCTTTCGCG |
SmilChr04G002032 |
Chr04 | NC_080390.1:33011091-33011107promoter 内 2464-2480 bp |
+ | 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 33003954-33009570(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TTTTTTGTCGTTACCCA |
SmilChr02G002133 |
Chr02 | NC_080388.1:38388692-38388708promoter 内 2230-2246 bp |
+ | 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 38384804-38386937(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TTTCTTGTCGTTTACTT |
SmilChr04G000317 |
Chr04 | NC_080390.1:2905918-2905934promoter 内 2169-2185 bp |
+ | 1816 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 2907750-2910586(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CAGAAGACGACAAGAAG |
SmilChr05G003803 |
Chr05 | NC_080391.1:51352490-51352506promoter 内 2097-2113 bp |
+ | 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 51354394-51354967(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CGAAAACCGACAAAAAC |
SmilChr08G000341 |
Chr08 | NC_080394.1:2376305-2376321promoter 内 2006-2022 bp |
- | 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 2371275-2374326(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CCAAAAAAGACAAAAAG |
SmilChr08G004495 |
Chr08 | NC_080394.1:54585230-54585246promoter 内 1997-2013 bp |
- | 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 54581362-54583242(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GAAAAAAAGACAAAATA |
SmilChr03G004147 |
Chr03 | NC_080389.1:60297146-60297162promoter 内 1792-1808 bp |
- | 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 60293890-60294953(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GTTAAAACGACAAAAAA |
SmilChr03G004150 |
Chr03 | NC_080389.1:60319569-60319585promoter 内 1744-1760 bp |
- | 2241 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 60316516-60317328(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GTTAAAACGACAAAAAA |
SmilChr08G000342 |
Chr08 | NC_080394.1:2376305-2376321promoter 内 1653-1669 bp |
- | 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 2378653-2383978(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CTTTTTGTCTTTTTTGG |
SmilChr03G000957 |
Chr03 | NC_080389.1:10807710-10807726promoter 内 1604-1620 bp |
- | 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 10810107-10812420(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GTTTTTGTCCTTTCGCG |
SmilChr03G000602 |
Chr03 | NC_080389.1:6676039-6676055promoter 内 1444-1460 bp |
- | 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 6678596-6681405(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GTTTTTGTCCTTTCGCG |
SmilChr03G004398 |
Chr03 | NC_080389.1:62172100-62172116promoter 内 1366-1382 bp |
+ | 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 62174735-62179268(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CAGGACACGACAAAACT |
SmilChr07G004084 |
Chr07 | NC_080393.1:52355218-52355234promoter 内 1258-1274 bp |
+ | 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 52349907-52352491(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GTTTTTGTCCTTTCGCG |
SmilChr04G003645 |
Chr04 | NC_080390.1:52966986-52967002promoter 内 1197-1213 bp |
- | 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 52969790-52972993(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TATTTTGTCTTCTTCCA |
SmilChr02G005423 |
Chr02 | NC_080388.1:74702601-74702617promoter 内 959-975 bp |
- | 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 74698809-74699575(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GAAAAAAAGACAAAATA |
SmilChr01G005373 |
Chr01 | NC_080387.1:70953531-70953547promoter 内 743-759 bp |
- | 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 70956789-70962209(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ACTTTTGTCGTTTCCAG |
SmilChr03G002388 |
Chr03 | NC_080389.1:37813645-37813661promoter 内 572-588 bp |
- | 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 37807486-37810232(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CTATAAACGACAAAAAT |
SmilChr08G004760 |
Chr08 | NC_080394.1:56978598-56978614promoter 内 45-61 bp |
+ | 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.5/ 100 | 1 | 56971185-56974658(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATTTTTGTCGTGTTTTA |
SmilChr01G005560 |
Chr01 | NC_080387.1:72417344-72417360promoter 内 583-599 bp |
- | 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 3 | 72410811-72413942(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AAAGAAACGACAAAAGT |
SmilChr03G002275 |
Chr03 | NC_080389.1:35914880-35914896promoter 内 3694-3710 bp |
- | 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 35913199-35914589(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CCAGAAACGACAAAAAG |
SmilChr06G002494 |
Chr06 | NC_080392.1:35824806-35824822promoter 内 3528-3544 bp |
- | 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 35821989-35824349(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AGAAAGAAGACAAAAAA |
SmilChr06G003157 |
Chr06 | NC_080392.1:44559487-44559503promoter 内 3412-3428 bp |
- | 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 44558211-44558914(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AAGGAGACGACAAAAGC |
SmilChr03G001154 |
Chr03 | NC_080389.1:13320432-13320448promoter 内 3087-3103 bp |
+ | 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 13316217-13319534(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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Chr08 | NC_080394.1:23836621-23836637promoter 内 2994-3010 bp |
+ | 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 23837628-23841261(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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Chr03 | NC_080389.1:40937456-40937472promoter 内 2819-2835 bp |
- | 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 40933273-40936290(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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Chr04 | NC_080390.1:27940950-27940966promoter 内 2732-2748 bp |
+ | 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 27936161-27939697(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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- | 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 69443064-69445316(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AATTTTGTCTTTTTTTT |
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- | 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 66749520-66753009(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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+ | 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 48490212-48491331(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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- | 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 3565904-3568594(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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+ | 1928 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 55466832-55468049(-) |
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MP00592 |
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+ | 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 56358797-56359847(-) |
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MP00592 |
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- | 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 35826865-35828517(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
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+ | 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 7976756-7979113(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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+ | 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 75596295-75599564(-) |
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- | 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 23804918-23809518(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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SmilChr01G003660 |
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SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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SmilChr02G003765 |
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SmilChr04G002503 |
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+ | 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.4/ 100 | 2 | 39990346-39999829(+) |
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