转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 2 / 134 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005372 Chr02 NC_080388.1:74408649-74408663promoter 内 2345-2359 bp + 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 74410305-74412582(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATAG
SmilChr01G001138 Chr01 NC_080387.1:23175671-23175685promoter 内 2028-2042 bp + 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 23177644-23181219(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACTGCCGACATCG
SmilChr01G004950 Chr01 NC_080387.1:67586809-67586823promoter 内 1656-1670 bp + 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 67582362-67584478(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr01G000777 Chr01 NC_080387.1:16891039-16891053promoter 内 1650-1664 bp - 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 16887178-16888702(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGCCACCGACATCG
SmilChr05G003446 Chr05 NC_080391.1:45825082-45825096promoter 内 1027-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 45828056-45829197(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATAG
SmilChr03G001779 Chr03 NC_080389.1:24299899-24299913promoter 内 943-957 bp - 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 24302957-24304005(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr01G005653 Chr01 NC_080387.1:72899308-72899322promoter 内 583-597 bp + 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 72893237-72895904(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr08G003323 Chr08 NC_080394.1:34496518-34496532promoter 内 514-528 bp - 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 34500005-34505128(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr05G001697 Chr05 NC_080391.1:16151996-16152010promoter 内 504-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 16155493-16160754(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr03G003605 Chr03 NC_080389.1:54696366-54696380promoter 内 1809-1823 bp - 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 54698558-54702926(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGAGGG
SmilChr07G000754 Chr07 NC_080393.1:5308802-5308816promoter 内 1736-1750 bp + 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 5311067-5314307(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACGGCCGACATCG
SmilChr02G000495 Chr02 NC_080388.1:6835513-6835527promoter 内 1394-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 6832840-6832920(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGAGGG
SmilChr08G000445 Chr08 NC_080394.1:3174261-3174275promoter 内 3921-3935 bp - 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 3174341-3178350(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCGGCGC
SmilChr01G004652 Chr01 NC_080387.1:64637068-64637082promoter 内 3527-3541 bp + 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 64637542-64637843(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCCTCGCCGACATCT
SmilChr06G002365 Chr06 NC_080392.1:34465785-34465799promoter 内 3524-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 34466262-34470766(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGAGGG
SmilChr04G001216 Chr04 NC_080390.1:18986113-18986127promoter 内 3376-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 18986738-18987849(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGGCGT
SmilChr02G005598 Chr02 NC_080388.1:75711513-75711527promoter 内 2119-2133 bp + 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 75708951-75709645(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGGTGT
SmilChr07G003763 Chr07 NC_080393.1:45985532-45985546promoter 内 1705-1719 bp + 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 45973873-45983250(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGAGGG
SmilChr02G002071 Chr02 NC_080388.1:37294273-37294287promoter 内 1590-1604 bp - 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 37296684-37298030(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGAGGG
SmilChr03G003438 Chr03 NC_080389.1:52730801-52730815promoter 内 11-25 bp - 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 52734791-52736443(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCGACGA
SmilChr01G002241 Chr01 NC_080387.1:38959654-38959668promoter 内 387-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 38953107-38956054(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATCGCCGACATCG
SmilChr01G002072 Chr01 NC_080387.1:36627649-36627663promoter 内 3065-3079 bp - 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 36628585-36629689(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGATGA
SmilChr05G003167 Chr05 NC_080391.1:40463258-40463272promoter 内 1863-1877 bp + 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 40456184-40461134(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCAGGGA
SmilChr07G003181 Chr07 NC_080393.1:33894033-33894047promoter 内 1845-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 33884572-33891891(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGTCGCCGACATCA
SmilChr08G003391 Chr08 NC_080394.1:35688447-35688461promoter 内 1731-1745 bp - 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 35690717-35696708(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCGACGT
SmilChr06G001856 Chr06 NC_080392.1:21921090-21921104promoter 内 1353-1367 bp - 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 21923738-21934985(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGATGG
SmilChr06G001860 Chr06 NC_080392.1:22029182-22029196promoter 内 1201-1215 bp - 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 22031982-22033319(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGATGG
SmilChr06G001859 Chr06 NC_080392.1:22023302-22023316promoter 内 1195-1209 bp - 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 22026108-22028609(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGATGG
SmilChr06G001853 Chr06 NC_080392.1:21909347-21909361promoter 内 1192-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 21912156-21914649(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGATGG
SmilChr06G001855 Chr06 NC_080392.1:21915222-21915236promoter 内 1189-1203 bp - 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 21918034-21920525(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGATGG
SmilChr06G001854 Chr06 NC_080392.1:21912283-21912297promoter 内 1186-1200 bp - 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 21915098-21917589(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGATGG
SmilChr02G005012 Chr02 NC_080388.1:71919380-71919394promoter 内 2929-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 71914545-71918322(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATGA
SmilChr01G000333 Chr01 NC_080387.1:6777018-6777032promoter 内 1433-1447 bp + 2554 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 6779586-6783573(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGCCGCCGACATCG
SmilChr01G003310 Chr01 NC_080387.1:51793151-51793165promoter 内 82-96 bp - 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 51785927-51789246(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATTGCCGACATCG
SmilChr05G001588 Chr05 NC_080391.1:14580015-14580029promoter 内 3764-3778 bp + 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 14579370-14579792(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGTGGCAG
SmilChr07G002452 Chr07 NC_080393.1:23049936-23049950promoter 内 3556-3570 bp - 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 23050381-23051039(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGTGGCAG
SmilChr05G002146 Chr05 NC_080391.1:22631115-22631129promoter 内 3533-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 22631583-22654065(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATGA
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SmilChr08G001514 Chr08 NC_080394.1:12292121-12292135promoter 内 3489-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 12291054-12291623(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGTGGCAG
SmilChr05G002145 Chr05 NC_080391.1:22631115-22631129promoter 内 3079-3093 bp + 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 22620611-22630207(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCGGTGG
SmilChr07G003581 Chr07 NC_080393.1:41857211-41857225promoter 内 2180-2194 bp + 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 41853247-41855404(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGTGGAGG
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SmilChr03G004612 Chr03 NC_080389.1:63852558-63852572promoter 内 1026-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 63839534-63849597(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCCACGG
SmilChr07G003295 Chr07 NC_080393.1:34773717-34773731promoter 内 156-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 34763295-34769886(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCGGTGG