转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 20 / 149 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002909 Chr01 NC_080387.1:47800795-47800809promoter 内 2684-2698 bp + 1303 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 47802112-47805860(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCATTGA
SmilChr04G000849 Chr04 NC_080390.1:10747075-10747089promoter 内 2677-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 10742980-10745765(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATATTGGATAAGATG
SmilChr02G001294 Chr02 NC_080388.1:23883892-23883906promoter 内 2509-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 23881556-23882414(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAAGTGGATAAGGAG
SmilChr02G000036 Chr02 NC_080388.1:436926-436940promoter 内 2465-2479 bp - 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 430101-435404(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGCCTTATCCTAAAA
SmilChr03G002244 Chr03 NC_080389.1:35395151-35395165promoter 内 2169-2183 bp - 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 35396983-35399260(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATATTGGATAAGATG
SmilChr03G004060 Chr03 NC_080389.1:59546134-59546148promoter 内 2169-2183 bp - 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 59547966-59550566(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTTTGGATAATGAT
SmilChr02G000726 Chr02 NC_080388.1:11797071-11797085promoter 内 2155-2169 bp - 1832 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 11793787-11795239(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATCTTATCCAATAT
SmilChr01G001191 Chr01 NC_080387.1:24065657-24065671promoter 内 1961-1975 bp - 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24058282-24063631(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCTTTATCCAAATC
SmilChr04G001630 Chr04 NC_080390.1:27055980-27055994promoter 内 1947-1961 bp + 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 27053011-27053940(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTGGATAATGTA
SmilChr02G005430 Chr02 NC_080388.1:74737232-74737246promoter 内 1789-1803 bp - 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 74733230-74735034(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCTATAT
SmilChr01G002908 Chr01 NC_080387.1:47800795-47800809promoter 内 1617-1631 bp + 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 47797201-47798425(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCAATGGATAAGATT
SmilChr01G004455 Chr01 NC_080387.1:62674547-62674561promoter 内 1296-1310 bp + 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 62668522-62671856(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATAGGATAAGATT
SmilChr04G002150 Chr04 NC_080390.1:34549190-34549204promoter 内 1288-1302 bp - 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 34551903-34552906(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATTTGGATAAGCTA
SmilChr01G005546 Chr01 NC_080387.1:72271841-72271855promoter 内 1203-1217 bp - 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 72265015-72269057(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACATTATCCATAAA
SmilChr01G001193 Chr01 NC_080387.1:24065657-24065671promoter 内 1153-1167 bp - 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24068505-24071345(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTTGGATAAAGAT
SmilChr01G000217 Chr01 NC_080387.1:3796546-3796560promoter 内 1018-1032 bp + 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 3792740-3793577(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATGGATAAGAAA
SmilChr01G004294 Chr01 NC_080387.1:61135367-61135381promoter 内 953-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 61138415-61143048(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATCTTATCCTTTTC
SmilChr04G000908 Chr04 NC_080390.1:11811155-11811169promoter 内 921-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 11804288-11808089(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAAGAAA
SmilChr04G002767 Chr04 NC_080390.1:43437125-43437139promoter 内 713-727 bp - 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 43428631-43433851(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTTATCCATATG
SmilChr03G000711 Chr03 NC_080389.1:7890385-7890399promoter 内 609-623 bp - 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 7893777-7896454(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTGGATAATGTA
SmilChr02G000613 Chr02 NC_080388.1:8949453-8949467promoter 内 291-305 bp - 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 8944679-8945757(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCGTTATCCATTTA
SmilChr04G003206 Chr04 NC_080390.1:48908250-48908264promoter 内 289-303 bp - 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 48902219-48904552(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCGCATT
SmilChr03G001334 Chr03 NC_080389.1:15583251-15583265promoter 内 11-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 15576933-15579275(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATAGGATAAGATT
SmilChr02G002178 Chr02 NC_080388.1:39009627-39009641promoter 内 803-817 bp + 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 5 39003123-39006443(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAAGACA
SmilChr02G002246 Chr02 NC_080388.1:39895548-39895562promoter 内 3847-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 39895702-39906559(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCCTATAT
SmilChr01G004567 Chr01 NC_080387.1:63733215-63733229promoter 内 3565-3579 bp + 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 63733651-63736157(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATTATCCATAAG
SmilChr01G001968 Chr01 NC_080387.1:35039637-35039651promoter 内 2586-2600 bp - 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 35032507-35038236(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACTTTATCCAAATA
SmilChr03G001104 Chr03 NC_080389.1:12719710-12719724promoter 内 2396-2410 bp - 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 12721315-12723204(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCAATGGATAAGGTG
SmilChr02G002959 Chr02 NC_080388.1:50120218-50120232promoter 内 2219-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 50122000-50122728(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCCTTTGA
SmilChr03G003439 Chr03 NC_080389.1:52787936-52787950promoter 内 1572-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 52782533-52785521(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTAAGATAAGGTT
SmilChr02G003080 Chr02 NC_080388.1:51729782-51729796promoter 内 107-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 51724071-51725902(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTGTGGATAAGCAT
SmilChr04G002478 Chr04 NC_080390.1:39618557-39618571promoter 内 3961-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 39618597-39618677(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATATGGATAAAGTA
SmilChr04G002505 Chr04 NC_080390.1:40009711-40009725promoter 内 3961-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 40009751-40009831(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATATGGATAAAGTA
SmilChr01G003854 Chr01 NC_080387.1:56816936-56816950promoter 内 3857-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 56817080-56818981(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCTAAAAT
SmilChr03G002998 Chr03 NC_080389.1:46797673-46797687promoter 内 3806-3820 bp + 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 46795834-46797492(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTATTAGATAAGGAT
SmilChr01G004566 Chr01 NC_080387.1:63733215-63733229promoter 内 2859-2873 bp + 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 63727451-63732087(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTATGGATAATATT
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