转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G001094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021820-RA_Salv SmilChr04G001094 WRKY XP_057804404.1 MP00408 AGCGTTGACTTTT

可能结合的靶基因

9902 个结合位点 8149 个候选靶基因 第 21 / 163 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001276 Chr03 NC_080389.1:14935352-14935364promoter 内 193-205 bp - 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 14929106-14931556(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GTAGTTGACTTTT
SmilChr03G002248 Chr03 NC_080389.1:35406766-35406778promoter 内 192-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 35410575-35412657(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GTAGTTGACTTTT
SmilChr04G001791 Chr04 NC_080390.1:29356926-29356938promoter 内 68-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 29352493-29353005(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACACC
SmilChr01G003172 Chr01 NC_080387.1:50527990-50528002promoter 内 3979-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 50522332-50527980(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACTAC
SmilChr01G006129 Chr01 NC_080387.1:76818321-76818333promoter 内 3948-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76818374-76820561(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TACGTTGACTTCT
SmilChr02G003355 Chr02 NC_080388.1:54721517-54721529promoter 内 3934-3946 bp - 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 54721584-54723574(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACCCA
SmilChr04G002046 Chr04 NC_080390.1:33197557-33197569promoter 内 3899-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 33190550-33197467(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TGGGTTGACTTTT
SmilChr02G004153 Chr02 NC_080388.1:63839077-63839089promoter 内 3680-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 63839398-63842477(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGCGTTGACTATA
SmilChr01G006079 Chr01 NC_080387.1:76236488-76236500promoter 内 3597-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76236892-76237794(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TACGTTGACTTCT
SmilChr01G006085 Chr01 NC_080387.1:76337891-76337903promoter 内 3597-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76338295-76339200(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TACGTTGACTTCT
SmilChr01G006101 Chr01 NC_080387.1:76519006-76519018promoter 内 3597-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76519410-76520333(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TACGTTGACTTCT
SmilChr01G006108 Chr01 NC_080387.1:76624520-76624532promoter 内 3597-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76624924-76625847(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TACGTTGACTTCT
SmilChr01G006143 Chr01 NC_080387.1:76925267-76925279promoter 内 3597-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76923983-76924875(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TACGTTGACTTCT
SmilChr05G001287 Chr05 NC_080391.1:11009182-11009194promoter 内 3568-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 11009615-11011307(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAAGTCAACGAA
SmilChr06G002213 Chr06 NC_080392.1:30922065-30922077promoter 内 3521-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 30916984-30921597(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AACGTTGACTTAG
SmilChr05G001874 Chr05 NC_080391.1:18961958-18961970promoter 内 3493-3505 bp + 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 18959891-18961462(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GATAGTCAACGCA
SmilChr05G000875 Chr05 NC_080391.1:6940901-6940913promoter 内 3327-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 6931530-6940239(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACACC
SmilChr07G002345 Chr07 NC_080393.1:21868288-21868300promoter 内 3320-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 21789939-21867619(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GATAGTCAACGCA
SmilChr01G003508 Chr01 NC_080387.1:53665719-53665731promoter 内 3292-3304 bp - 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 53666428-53671839(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACACC
SmilChr05G001412 Chr05 NC_080391.1:12751699-12751711promoter 内 3272-3284 bp - 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 12752428-12753252(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACACC
SmilChr07G004359 Chr07 NC_080393.1:56235599-56235611promoter 内 3216-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56145594-56234826(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AATAGTCAACGTT
SmilChr07G002221 Chr07 NC_080393.1:20451501-20451513promoter 内 3143-3155 bp + 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 20449185-20450655(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACTAC
SmilChr07G004730 Chr07 NC_080393.1:60184094-60184106promoter 内 3128-3140 bp - 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 60184967-60188167(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAGGTCAACGCA
SmilChr04G003222 Chr04 NC_080390.1:49035133-49035145promoter 内 3063-3075 bp - 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 49030494-49034207(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TGGGTTGACTTTT
SmilChr03G003482 Chr03 NC_080389.1:53379494-53379506promoter 内 3005-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 53375085-53378510(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGCGTTGACTCTC
SmilChr03G003557 Chr03 NC_080389.1:54220781-54220793promoter 内 2973-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 54218619-54219765(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCCGTTGACTCTA
SmilChr03G003558 Chr03 NC_080389.1:54237086-54237098promoter 内 2973-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 54234924-54236070(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCCGTTGACTCTA
SmilChr04G002995 Chr04 NC_080390.1:46360696-46360708promoter 内 2906-2918 bp + 1083 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 46361791-46365576(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TGGGTTGACTTTT
SmilChr07G000347 Chr07 NC_080393.1:2351956-2351968promoter 内 2871-2883 bp - 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 2353086-2356337(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AATAGTCAACGTT
SmilChr05G004327 Chr05 NC_080391.1:56925549-56925561promoter 内 2854-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56926696-56928175(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GTAGTTGACTTTT
SmilChr05G002928 Chr05 NC_080391.1:35283906-35283918promoter 内 2779-2791 bp - 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 35280631-35282696(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AACGTTGACTTAG
SmilChr01G001998 Chr01 NC_080387.1:35477772-35477784promoter 内 2678-2690 bp + 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 35470632-35476461(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACACC
SmilChr04G002951 Chr04 NC_080390.1:45843011-45843023promoter 内 2598-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 45840095-45841620(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCCGTTGACTATC
SmilChr02G001114 Chr02 NC_080388.1:20110369-20110381promoter 内 2468-2480 bp - 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 20105086-20108848(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATCGTTGACTTGG
SmilChr05G004370 Chr05 NC_080391.1:57217088-57217100promoter 内 2461-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 57213480-57215560(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGTGTTGACTTTT
SmilChr04G000670 Chr04 NC_080390.1:7570871-7570883promoter 内 2172-2184 bp + 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 7566103-7569054(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AATAGTCAACGTT
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