转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 21 / 149 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002444 Chr05 NC_080391.1:26930024-26930031promoter 内 1022-1029 bp - 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26919557-26927052(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G003531 Chr01 NC_080387.1:53936683-53936690promoter 内 1019-1026 bp + 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53931251-53933708(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G001981 Chr03 NC_080389.1:28958486-28958493promoter 内 1014-1021 bp - 2980 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28953228-28955506(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr08G001912 Chr08 NC_080394.1:16645456-16645463promoter 内 1009-1016 bp + 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16634210-16642471(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr08G000874 Chr08 NC_080394.1:6476471-6476478promoter 内 1006-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 6479466-6483377(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G005158 Chr01 NC_080387.1:69355154-69355161promoter 内 1002-1009 bp + 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 69347310-69352162(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr08G001206 Chr08 NC_080394.1:9744210-9744217promoter 内 991-998 bp - 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9739725-9741207(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G001586 Chr03 NC_080389.1:20088732-20088739promoter 内 986-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 20091747-20094864(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G000007 Chr02 NC_080388.1:65039-65046promoter 内 980-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 60632-62025(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G004045 Chr05 NC_080391.1:54428191-54428198promoter 内 980-987 bp - 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54423744-54425177(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G002332 Chr01 NC_080387.1:40467258-40467265promoter 内 973-980 bp + 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40470286-40471841(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G001516 Chr01 NC_080387.1:29010295-29010302promoter 内 970-977 bp + 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29002455-29007271(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G003700 Chr03 NC_080389.1:55932789-55932796promoter 内 966-973 bp - 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55935824-55936944(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G004793 Chr02 NC_080388.1:70134669-70134676promoter 内 954-961 bp + 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 70129818-70131629(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G002018 Chr06 NC_080392.1:25971638-25971645promoter 内 939-946 bp + 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 25974700-25975496(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr08G002672 Chr08 NC_080394.1:26228840-26228847promoter 内 937-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26221368-26225783(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G005199 Chr01 NC_080387.1:69671036-69671043promoter 内 935-942 bp + 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 69674102-69681886(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr06G001079 Chr06 NC_080392.1:10745966-10745973promoter 内 931-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 10749036-10753217(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G005315 Chr01 NC_080387.1:70393564-70393571promoter 内 920-927 bp - 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 70396645-70397726(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G000350 Chr01 NC_080387.1:7296944-7296951promoter 内 914-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7300031-7302750(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G003500 Chr02 NC_080388.1:56213890-56213897promoter 内 905-912 bp - 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56206043-56210801(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G001968 Chr01 NC_080387.1:35041327-35041334promoter 内 903-910 bp - 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 35032507-35038236(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr04G001981 Chr04 NC_080390.1:32085915-32085922promoter 内 892-899 bp + 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 32089024-32090649(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G001020 Chr03 NC_080389.1:11754303-11754310promoter 内 890-897 bp - 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 11747418-11751199(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr06G000855 Chr06 NC_080392.1:8097088-8097095promoter 内 887-894 bp - 3107 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8086665-8093981(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr06G002796 Chr06 NC_080392.1:40654994-40655001promoter 内 876-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40658119-40669529(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G003252 Chr02 NC_080388.1:53821513-53821520promoter 内 871-878 bp + 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53815197-53818390(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G005690 Chr01 NC_080387.1:73188780-73188787promoter 内 848-855 bp + 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 73184226-73185634(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G004644 Chr03 NC_080389.1:64009546-64009553promoter 内 847-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 64012700-64016917(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G000184 Chr01 NC_080387.1:3163599-3163606promoter 内 846-853 bp - 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3166754-3167811(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G000400 Chr06 NC_080392.1:3229508-3229515promoter 内 846-853 bp - 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3224979-3226360(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G000418 Chr03 NC_080389.1:4509302-4509309promoter 内 843-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4505141-4506151(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G001209 Chr03 NC_080389.1:13931849-13931856promoter 内 841-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 13927972-13928696(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G003606 Chr02 NC_080388.1:57313600-57313607promoter 内 838-845 bp + 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 57304569-57310444(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G000758 Chr02 NC_080388.1:12350630-12350637promoter 内 836-843 bp + 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12353795-12361407(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr08G000162 Chr08 NC_080394.1:1088054-1088061promoter 内 836-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1091219-1093559(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
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SmilChr06G002355 Chr06 NC_080392.1:34290103-34290110promoter 内 764-771 bp - 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34286768-34286873(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC