转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 22 / 152 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G004951 Chr08 NC_080394.1:58375055-58375069promoter 内 3743-3757 bp + 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 58375313-58377892(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTTCACCGACACCGA
SmilChr07G001392 Chr07 NC_080393.1:10787131-10787145promoter 内 3275-3289 bp - 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 10787857-10791542(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCAGCGGCGGTGGAG
SmilChr08G004354 Chr08 NC_080394.1:53238322-53238336promoter 内 3184-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 53239139-53245384(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGAGTGGCGGTGGAG
SmilChr04G001772 Chr04 NC_080390.1:29121731-29121745promoter 内 2987-3001 bp - 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 29122745-29126625(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGTGGCGGTGGAT
SmilChr02G002376 Chr02 NC_080388.1:41648644-41648658promoter 内 2840-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 41649805-41652168(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCACTCC
SmilChr04G004069 Chr04 NC_080390.1:55792830-55792844promoter 内 2799-2813 bp - 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 55794032-55796974(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGTCGTCGGTGATG
SmilChr03G003246 Chr03 NC_080389.1:50341684-50341698promoter 内 2770-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 50342915-50347081(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGGCGTCGGTGGCC
SmilChr08G002868 Chr08 NC_080394.1:28530302-28530316promoter 内 2709-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 28528263-28529024(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGAGTGGCGGTGGAG
SmilChr01G001072 Chr01 NC_080387.1:22125126-22125140promoter 内 2634-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 22121188-22123773(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCAGCGGCGGTGGAG
SmilChr01G002586 Chr01 NC_080387.1:43997069-43997083promoter 内 2473-2487 bp - 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 43998597-43999050(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGTGGCGGTGGAT
SmilChr01G001500 Chr01 NC_080387.1:28857234-28857248promoter 内 2335-2349 bp + 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 28851143-28855582(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTGTTGGCGGTGGAG
SmilChr07G001532 Chr07 NC_080393.1:12401192-12401206promoter 内 2263-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 12402930-12406110(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCAGCGGCGGTGGAG
SmilChr05G000995 Chr05 NC_080391.1:8079642-8079656promoter 内 2117-2131 bp - 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 8066534-8077772(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTCCACCGACGGTGC
SmilChr08G004668 Chr08 NC_080394.1:56196565-56196579promoter 内 1706-1720 bp + 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 56187649-56194284(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCTTGTCGGCGGGC
SmilChr04G002419 Chr04 NC_080390.1:38806683-38806697promoter 内 1664-1678 bp + 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 38809020-38814236(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGCCACCGC
SmilChr08G004952 Chr08 NC_080394.1:58381504-58381518promoter 内 1588-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 58377994-58379105(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGGTGGCGGTGGAG
SmilChr04G003232 Chr04 NC_080390.1:49150978-49150992promoter 内 1478-1492 bp + 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 49146843-49148469(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCAGCGGCGGTGGAG
SmilChr04G003327 Chr04 NC_080390.1:50001008-50001022promoter 内 1458-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 49996884-49998479(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCAGCGGCGGTGGAG
SmilChr01G001147 Chr01 NC_080387.1:23455341-23455355promoter 内 1318-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 23437008-23452672(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTGTTGGCGGTGGAG
SmilChr03G001329 Chr03 NC_080389.1:15549209-15549223promoter 内 1089-1103 bp + 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 15541355-15546311(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGATGTCGGTGAGG
SmilChr01G002585 Chr01 NC_080387.1:43997069-43997083promoter 内 819-833 bp - 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 43985532-43993901(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGCCACCGC
SmilChr04G003997 Chr04 NC_080390.1:55339594-55339608promoter 内 726-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 55342869-55345759(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAGTTGTCGGCGCGG
SmilChr08G003077 Chr08 NC_080394.1:30983915-30983929promoter 内 376-390 bp - 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 30975282-30980304(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGCCACCGACGGGGC
SmilChr08G003979 Chr08 NC_080394.1:47873505-47873519promoter 内 3962-3976 bp - 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 47873544-47881074(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACACTGTCGGTGGTA
SmilChr03G001113 Chr03 NC_080389.1:12832948-12832962promoter 内 3897-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 12833052-12834839(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATTCCGTCGGTGGAG
SmilChr08G004954 Chr08 NC_080394.1:58381504-58381518promoter 内 3853-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 58381652-58389597(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCACCAG
SmilChr08G004724 Chr08 NC_080394.1:56640297-56640311promoter 内 3609-3623 bp + 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56640689-56643088(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGCCACCGC
SmilChr07G004006 Chr07 NC_080393.1:51115553-51115567promoter 内 3538-3552 bp + 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 51114430-51115104(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTACTGTCGGTGGCA
SmilChr06G003176 Chr06 NC_080392.1:44689108-44689122promoter 内 3530-3544 bp + 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44689579-44695390(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCGCTGC
SmilChr02G000179 Chr02 NC_080388.1:2286389-2286403promoter 内 3495-3509 bp - 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 2286895-2288286(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGTGGCGGTGGAT
SmilChr06G003174 Chr06 NC_080392.1:44689108-44689122promoter 内 3463-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44673883-44688584(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCAGCGGCGGTGGAG
SmilChr06G000453 Chr06 NC_080392.1:3672970-3672984promoter 内 3397-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3673574-3675178(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGACACGAA
SmilChr02G004096 Chr02 NC_080388.1:63271414-63271428promoter 内 3299-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63272116-63275906(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCACACC
SmilChr04G002151 Chr04 NC_080390.1:34558384-34558398promoter 内 3281-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 34555768-34557678(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCGCTGC
SmilChr06G000546 Chr06 NC_080392.1:4561202-4561216promoter 内 3104-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4562099-4564223(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AAGTCGTCGGTGGTG
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SmilChr07G000431 Chr07 NC_080393.1:3015279-3015293promoter 内 1988-2002 bp + 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3011805-3013280(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGTGGCGGTGGAT