转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 26 / 131 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001849 Chr02 NC_080388.1:33707974-33707983promoter 内 1717-1726 bp - 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 33710258-33717314(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGA
SmilChr01G002042 Chr01 NC_080387.1:36097647-36097656promoter 内 630-639 bp + 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 36091412-36094285(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGC
SmilChr01G000564 Chr01 NC_080387.1:11682357-11682366promoter 内 266-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 11677945-11678631(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAGC
SmilChr01G004148 Chr01 NC_080387.1:60015074-60015083promoter 内 3973-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 60012863-60015055(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAT
SmilChr02G000073 Chr02 NC_080388.1:920431-920440promoter 内 3823-3832 bp + 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 920609-921277(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAT
SmilChr02G000934 Chr02 NC_080388.1:16267088-16267097promoter 内 3606-3615 bp - 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 16267483-16270555(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGA
SmilChr01G002884 Chr01 NC_080387.1:47460163-47460172promoter 内 3427-3436 bp - 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 47456887-47459598(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAGC
SmilChr03G000550 Chr03 NC_080389.1:5958686-5958695promoter 内 3415-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 5959272-5962864(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAACT
SmilChr03G000292 Chr03 NC_080389.1:3341751-3341760promoter 内 3233-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 3337044-3340992(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGT
SmilChr01G004577 Chr01 NC_080387.1:63812524-63812533promoter 内 3166-3175 bp - 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 63806068-63811698(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAT
SmilChr01G000823 Chr01 NC_080387.1:17761586-17761595promoter 内 3141-3150 bp - 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 17759797-17760735(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAAGG
SmilChr02G000958 Chr02 NC_080388.1:16670723-16670732promoter 内 3089-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 16671635-16675520(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAGC
SmilChr02G003132 Chr02 NC_080388.1:52354044-52354053promoter 内 3044-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 52347677-52353096(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGA
SmilChr01G003948 Chr01 NC_080387.1:57858132-57858141promoter 内 3037-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 57859096-57862319(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGT
SmilChr02G003054 Chr02 NC_080388.1:51316453-51316462promoter 内 3027-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 51317427-51322753(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGA
SmilChr01G004515 Chr01 NC_080387.1:63271710-63271719promoter 内 2527-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 63273184-63275104(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGA
SmilChr02G001718 Chr02 NC_080388.1:31630852-31630861promoter 内 2491-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 31632362-31638322(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAGC
SmilChr02G000327 Chr02 NC_080388.1:4133367-4133376promoter 内 2337-2346 bp + 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 4130655-4131712(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGA
SmilChr01G005548 Chr01 NC_080387.1:72279619-72279628promoter 内 2263-2272 bp + 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 72274848-72277890(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGC
SmilChr02G001035 Chr02 NC_080388.1:18397250-18397259promoter 内 2178-2187 bp - 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 18393809-18395436(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAT
SmilChr03G000743 Chr03 NC_080389.1:8517008-8517017promoter 内 1576-1585 bp + 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 8471601-8514592(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGA
SmilChr01G003669 Chr01 NC_080387.1:55104745-55104754promoter 内 1251-1260 bp - 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 55107495-55110325(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGC
SmilChr02G002738 Chr02 NC_080388.1:47318029-47318038promoter 内 914-923 bp + 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 47313509-47314951(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGC
SmilChr02G000505 Chr02 NC_080388.1:6963567-6963576promoter 内 672-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 6957928-6960247(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAT
SmilChr01G004770 Chr01 NC_080387.1:65884251-65884260promoter 内 284-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 65876097-65880543(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGT
SmilChr02G001717 Chr02 NC_080388.1:31630852-31630861promoter 内 46-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 31626175-31626906(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCTTGTCGGT
SmilChr02G002739 Chr02 NC_080388.1:47318029-47318038promoter 内 37-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 47321993-47324609(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAACT
SmilChr01G001169 Chr01 NC_080387.1:23731060-23731069promoter 内 3832-3841 bp + 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 23731229-23732890(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAACT
SmilChr01G000769 Chr01 NC_080387.1:16822679-16822688promoter 内 3757-3766 bp + 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 16822923-16823270(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAT
SmilChr01G001740 Chr01 NC_080387.1:32041558-32041567promoter 内 3619-3628 bp + 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 32041940-32046946(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAT
SmilChr02G002868 Chr02 NC_080388.1:48876873-48876882promoter 内 3491-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 48877383-48880617(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAACT
SmilChr02G001025 Chr02 NC_080388.1:18158130-18158139promoter 内 3486-3495 bp + 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 18157552-18157624(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGT
SmilChr01G005440 Chr01 NC_080387.1:71522232-71522241promoter 内 3205-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 71519011-71521445(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGC
SmilChr02G001363 Chr02 NC_080388.1:25614909-25614918promoter 内 3075-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 25607442-25613992(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGT
SmilChr01G002158 Chr01 NC_080387.1:37592007-37592016promoter 内 3017-3026 bp + 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 37592991-37593703(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAACT
SmilChr01G005064 Chr01 NC_080387.1:68542895-68542904promoter 内 3015-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 68537871-68541918(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAT
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