转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 3 / 148 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G004173 Chr04 NC_080390.1:56361287-56361300promoter 内 727-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 56354676-56358026(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGAAGGGCACGTGG
SmilChr02G004848 Chr02 NC_080388.1:70611723-70611736promoter 内 1624-1637 bp + 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 70614100-70617083(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCGGGCCACGTGG
SmilChr07G002837 Chr07 NC_080393.1:28423656-28423669promoter 内 3026-3039 bp - 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 28424631-28426876(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCCGCA
SmilChr04G002806 Chr04 NC_080390.1:43990292-43990305promoter 内 1295-1308 bp + 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 43982875-43987599(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCCGCA
SmilChr07G002668 Chr07 NC_080393.1:25955175-25955188promoter 内 968-981 bp - 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 25958208-25960473(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCCGCA
SmilChr03G002442 Chr03 NC_080389.1:38811905-38811918promoter 内 861-874 bp - 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 38815045-38816656(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCCGCA
SmilChr02G001174 Chr02 NC_080388.1:21546497-21546510promoter 内 200-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 21550298-21552936(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCCGCA
SmilChr02G005327 Chr02 NC_080388.1:74126725-74126738promoter 内 3915-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 74126811-74128986(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTGGCGACACGTGG
SmilChr03G004037 Chr03 NC_080389.1:59379299-59379312promoter 内 3339-3352 bp - 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 59379961-59382963(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGACCCCCC
SmilChr02G003836 Chr02 NC_080388.1:60041174-60041187promoter 内 3021-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 60042154-60043220(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGCGGGTCACGTGC
SmilChr02G004775 Chr02 NC_080388.1:69905184-69905197promoter 内 2880-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 69906305-69910079(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCGGCTCACGTGG
SmilChr03G003729 Chr03 NC_080389.1:56327201-56327214promoter 内 3943-3956 bp - 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 56327259-56331090(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCACTCC
SmilChr02G001987 Chr02 NC_080388.1:35886082-35886095promoter 内 3702-3715 bp + 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 35885164-35885796(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCCCAC
SmilChr08G000698 Chr08 NC_080394.1:5189141-5189154promoter 内 1004-1017 bp - 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 5176403-5186157(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCACGTCACGTGG
SmilChr06G001279 Chr06 NC_080392.1:13374502-13374515promoter 内 2693-2706 bp - 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 13373090-13373207(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGCGGTCACGTGG
SmilChr01G002714 Chr01 NC_080387.1:45400188-45400201promoter 内 2248-2261 bp - 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 45393416-45398448(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGAGTGACACGTGG
SmilChr01G002555 Chr01 NC_080387.1:43679906-43679919promoter 内 1689-1702 bp - 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 43673972-43677607(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGCGGTCACGTGG
SmilChr03G004632 Chr03 NC_080389.1:63954314-63954327promoter 内 1593-1606 bp - 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 63956722-63961101(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCGTGCT
SmilChr02G000151 Chr02 NC_080388.1:1990008-1990021promoter 内 1458-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 1992551-1995058(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGCGGTCACGTGG
SmilChr06G003003 Chr06 NC_080392.1:42898116-42898129promoter 内 1436-1449 bp - 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 42900681-42902063(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCTCTCC
SmilChr07G000866 Chr07 NC_080393.1:6191390-6191403promoter 内 1111-1124 bp + 2877 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 6181700-6188513(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACCGCCC
SmilChr06G001278 Chr06 NC_080392.1:13374502-13374515promoter 内 968-981 bp - 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 13368658-13371482(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGCGGTCACGTGG
SmilChr05G003894 Chr05 NC_080391.1:52686452-52686465promoter 内 688-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 52677033-52683152(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGAGTGACACGTGG
SmilChr02G000071 Chr02 NC_080388.1:903775-903788promoter 内 91-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 897628-899878(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGCGGTCACGTGG
SmilChr04G001530 Chr04 NC_080390.1:25220387-25220400promoter 内 1251-1264 bp - 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 5 25223137-25225362(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr06G000535 Chr06 NC_080392.1:4457387-4457400promoter 内 3837-3850 bp + 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 4453857-4457236(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr04G004165 Chr04 NC_080390.1:56304587-56304600promoter 内 1487-1500 bp - 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 56307101-56309170(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCTGCT
SmilChr01G001090 Chr01 NC_080387.1:22358001-22358014promoter 内 278-291 bp + 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 22352657-22354291(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr04G003769 Chr04 NC_080390.1:53913978-53913991promoter 内 242-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 53908108-53910232(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCACC
SmilChr05G002773 Chr05 NC_080391.1:32270113-32270126promoter 内 2290-2303 bp - 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 32271824-32274423(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr04G003242 Chr04 NC_080390.1:49202916-49202929promoter 内 3842-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 49203075-49209290(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCTCCA
SmilChr04G003338 Chr04 NC_080390.1:50052262-50052275promoter 内 3842-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 50052421-50058572(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCTCCA
SmilChr01G000345 Chr01 NC_080387.1:7038744-7038757promoter 内 3828-3841 bp + 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 7035909-7038584(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr02G001233 Chr02 NC_080388.1:22634397-22634410promoter 内 3515-3528 bp + 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 22633016-22633924(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr07G002603 Chr07 NC_080393.1:25025782-25025795promoter 内 3298-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 25026485-25030122(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr06G001589 Chr06 NC_080392.1:17462261-17462274promoter 内 3028-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 17459344-17461301(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
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SmilChr07G001961 Chr07 NC_080393.1:17133407-17133420promoter 内 2716-2729 bp - 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 17134692-17140056(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
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SmilChr01G001017 Chr01 NC_080387.1:21335298-21335311promoter 内 1580-1593 bp - 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 21337719-21339873(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
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