转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 3 / 130 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001707 Chr01 NC_080387.1:31505608-31505619promoter 内 815-826 bp + 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 31496041-31502433(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr07G003867 Chr07 NC_080393.1:48133102-48133113promoter 内 713-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48136390-48137041(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr02G003466 Chr02 NC_080388.1:55955776-55955787promoter 内 647-658 bp + 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55959130-55961909(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACC
SmilChr02G003478 Chr02 NC_080388.1:56077550-56077561promoter 内 568-579 bp + 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56080983-56081068(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACC
SmilChr08G001443 Chr08 NC_080394.1:11579331-11579342promoter 内 555-566 bp - 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 11572398-11575896(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACC
SmilChr04G000469 Chr04 NC_080390.1:5014854-5014865promoter 内 513-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5018342-5019145(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr02G004487 Chr02 NC_080388.1:67380586-67380597promoter 内 504-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 67375579-67377100(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr05G004137 Chr05 NC_080391.1:55348168-55348179promoter 内 488-499 bp - 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55351681-55353812(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr03G003448 Chr03 NC_080389.1:52850313-52850324promoter 内 458-469 bp + 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52832691-52846781(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr02G003479 Chr02 NC_080388.1:56077550-56077561promoter 内 393-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56081158-56081237(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACC
SmilChr02G000286 Chr02 NC_080388.1:3667206-3667217promoter 内 290-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3656537-3663506(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr07G000036 Chr07 NC_080393.1:165118-165129promoter 内 276-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 160705-161404(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACC
SmilChr05G002276 Chr05 NC_080391.1:24479662-24479673promoter 内 222-233 bp + 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 24483441-24490021(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACC
SmilChr07G001004 Chr07 NC_080393.1:7311470-7311481promoter 内 207-218 bp - 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7315264-7319318(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr04G002065 Chr04 NC_080390.1:33381351-33381362promoter 内 204-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33375366-33377565(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr04G002276 Chr04 NC_080390.1:36978568-36978579promoter 内 198-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 36973110-36974776(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr04G000770 Chr04 NC_080390.1:9468347-9468358promoter 内 192-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9463934-9464549(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACC
SmilChr03G002551 Chr03 NC_080389.1:40701786-40701797promoter 内 178-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40695246-40697974(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr05G001025 Chr05 NC_080391.1:8404697-8404708promoter 内 88-99 bp - 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8408610-8411944(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCAC
SmilChr04G000523 Chr04 NC_080390.1:5749741-5749752promoter 内 60-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5753682-5764897(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACC
SmilChr08G002523 Chr08 NC_080394.1:24435888-24435899promoter 内 3973-3984 bp - 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 24435916-24440795(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCGC
SmilChr01G004682 Chr01 NC_080387.1:64895370-64895381promoter 内 958-969 bp + 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 64890235-64892338(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCGC
SmilChr06G000215 Chr06 NC_080392.1:1446557-1446568promoter 内 764-775 bp + 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 1435126-1443331(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCGC
SmilChr03G001455 Chr03 NC_080389.1:17381684-17381695promoter 内 2366-2377 bp + 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 3 17377904-17380060(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCCC
SmilChr07G000166 Chr07 NC_080393.1:1005190-1005201promoter 内 2421-2432 bp - 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 2 1006770-1011007(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCCC
SmilChr07G002695 Chr07 NC_080393.1:26303801-26303812promoter 内 1184-1195 bp - 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 26298993-26300995(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGGGGGACCACC
SmilChr03G001298 Chr03 NC_080389.1:15188463-15188474promoter 内 636-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 15191828-15199364(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGGGGGACCACC
SmilChr08G003892 Chr08 NC_080394.1:46255971-46255982promoter 内 6-17 bp - 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 46259966-46260039(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCCC
SmilChr03G002056 Chr03 NC_080389.1:31296175-31296186promoter 内 1886-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 31291352-31294071(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCACC
SmilChr04G001322 Chr04 NC_080390.1:21301285-21301296promoter 内 355-366 bp - 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 21304931-21306094(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCAAC
SmilChr04G000822 Chr04 NC_080390.1:10314241-10314252promoter 内 176-187 bp + 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 10318066-10323022(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCACC
SmilChr06G001402 Chr06 NC_080392.1:14712697-14712708promoter 内 3310-3321 bp + 680 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 14713388-14716470(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCACC
SmilChr01G001163 Chr01 NC_080387.1:23619786-23619797promoter 内 2467-2478 bp - 1523 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 23617057-23618263(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCACC
SmilChr07G001096 Chr07 NC_080393.1:8074616-8074627promoter 内 2384-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 8069374-8073010(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCACC
SmilChr05G004188 Chr05 NC_080391.1:55793524-55793535promoter 内 2164-2175 bp - 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 55789551-55791698(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCACC
SmilChr05G004190 Chr05 NC_080391.1:55793524-55793535promoter 内 1988-1999 bp - 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 55795537-55798481(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCAAC
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SmilChr07G001942 Chr07 NC_080393.1:16832738-16832749promoter 内 934-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 16835805-16841396(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCAAC
SmilChr07G002383 Chr07 NC_080393.1:22220922-22220933promoter 内 903-914 bp - 3087 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 22224020-22229474(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCAAC
SmilChr03G003280 Chr03 NC_080389.1:50799623-50799634promoter 内 739-750 bp + 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 50802885-50804174(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCACC
SmilChr08G004342 Chr08 NC_080394.1:53106390-53106401promoter 内 598-609 bp + 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 53109793-53112357(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCACC
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SmilChr08G004203 Chr08 NC_080394.1:51393547-51393558promoter 内 240-251 bp + 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 51386467-51389797(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCGAC
SmilChr01G000219 Chr01 NC_080387.1:3859314-3859325promoter 内 3554-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 2 3854243-3858878(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACA
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SmilChr06G001429 Chr06 NC_080392.1:15125202-15125213promoter 内 3401-3412 bp - 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 2 15121295-15124613(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACA