转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 3 / 121 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000503 Chr03 NC_080389.1:5421498-5421512promoter 内 3355-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 5 5422144-5426627(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAGATCC
SmilChr01G003411 Chr01 NC_080387.1:52763467-52763481promoter 内 3321-3335 bp - 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 52764147-52770005(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTAGATCC
SmilChr04G000209 Chr04 NC_080390.1:1859519-1859533promoter 内 997-1011 bp + 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 1862523-1862596(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCTGGT
SmilChr02G005093 Chr02 NC_080388.1:72510899-72510913promoter 内 3643-3657 bp + 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 72511257-72514739(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCTGGT
SmilChr02G003696 Chr02 NC_080388.1:58412865-58412879promoter 内 3457-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 58413409-58416767(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGCG
SmilChr01G000409 Chr01 NC_080387.1:8334553-8334567promoter 内 3331-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 8335223-8340175(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTGGATCTGAT
SmilChr03G001019 Chr03 NC_080389.1:11716577-11716591promoter 内 3152-3166 bp - 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 11717426-11718501(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGATTC
SmilChr02G003543 Chr02 NC_080388.1:56593024-56593038promoter 内 2842-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 56594183-56600988(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCTGGT
SmilChr02G005092 Chr02 NC_080388.1:72510899-72510913promoter 内 2023-2037 bp + 1964 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 72507868-72508935(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTAGATCC
SmilChr01G004427 Chr01 NC_080387.1:62379082-62379096promoter 内 1965-1979 bp + 2022 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 62372553-62377060(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGATTC
SmilChr01G004500 Chr01 NC_080387.1:63100730-63100744promoter 内 1382-1396 bp + 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 63097059-63098125(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAGATCC
SmilChr02G004277 Chr02 NC_080388.1:64979557-64979571promoter 内 901-915 bp + 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 64970756-64976471(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTAGATCC
SmilChr01G000408 Chr01 NC_080387.1:8334553-8334567promoter 内 752-766 bp + 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 8329720-8331318(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAGATCC
SmilChr01G000114 Chr01 NC_080387.1:1964375-1964389promoter 内 3300-3314 bp + 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 1965076-1968156(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTGGATCTGAT
SmilChr03G000454 Chr03 NC_080389.1:4842523-4842537promoter 内 3162-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 4843362-4844382(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGATTC
SmilChr03G003430 Chr03 NC_080389.1:52639496-52639510promoter 内 2762-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 52640735-52645165(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTGGATCTGAT
SmilChr04G000137 Chr04 NC_080390.1:1175019-1175033promoter 内 3131-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 1175889-1178517(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTGGATCTGAT
SmilChr02G002716 Chr02 NC_080388.1:47005801-47005815promoter 内 1216-1230 bp + 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 47008586-47011369(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTCTGGATCTGAG
SmilChr03G001104 Chr03 NC_080389.1:12717791-12717805promoter 内 477-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 12721315-12723204(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAGATCC
SmilChr02G002146 Chr02 NC_080388.1:38609163-38609177promoter 内 65-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 38595015-38605241(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAGATCC
SmilChr04G003311 Chr04 NC_080390.1:49843861-49843875promoter 内 2173-2187 bp - 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 5 49841414-49842047(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCCGGATCTGAG
SmilChr04G003310 Chr04 NC_080390.1:49843861-49843875promoter 内 1263-1277 bp - 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 5 49839411-49841137(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCCGGATCTGAG
SmilChr04G003312 Chr04 NC_080390.1:49843861-49843875promoter 内 3216-3230 bp - 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 49842026-49843090(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCCGGATCTGAG
SmilChr01G004246 Chr01 NC_080387.1:60769045-60769059promoter 内 2809-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 60765462-60767867(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGGATCG
SmilChr04G000953 Chr04 NC_080390.1:12606759-12606773promoter 内 1565-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 12603765-12604337(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCTGGATCTGAA
SmilChr02G000664 Chr02 NC_080388.1:10210000-10210014promoter 内 1445-1459 bp - 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 10205962-10207458(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCCGGATCTGAG
SmilChr01G001669 Chr01 NC_080387.1:30782752-30782766promoter 内 930-944 bp + 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 30785823-30786764(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATTCAGATCTGAA
SmilChr01G002950 Chr01 NC_080387.1:48378309-48378323promoter 内 2133-2147 bp + 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 48373487-48376455(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGGATCG
SmilChr01G002333 Chr01 NC_080387.1:40480661-40480675promoter 内 579-593 bp - 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 40471842-40477253(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGATCCAGATCTGGG
SmilChr01G001668 Chr01 NC_080387.1:30782752-30782766promoter 内 271-285 bp + 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 30777945-30779036(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGAATCC
SmilChr04G001371 Chr04 NC_080390.1:22271237-22271251promoter 内 2668-2682 bp + 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 22251609-22269918(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGGAACT
SmilChr01G001562 Chr01 NC_080387.1:29638581-29638595promoter 内 3453-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 5 29635032-29638047(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGATAT
SmilChr02G000129 Chr02 NC_080388.1:1754131-1754145promoter 内 3723-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 4 1754409-1755279(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGATAT
SmilChr04G002202 Chr04 NC_080390.1:35650698-35650712promoter 内 1521-1535 bp + 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 4 35642919-35648232(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTAGATCT
SmilChr04G002462 Chr04 NC_080390.1:39446832-39446846promoter 内 2758-2772 bp + 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 39443057-39445603(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGATAT
SmilChr01G002210 Chr01 NC_080387.1:38427548-38427562promoter 内 2112-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 38429437-38430229(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGATAT
SmilChr01G002209 Chr01 NC_080387.1:38427548-38427562promoter 内 1108-1122 bp - 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 38418887-38424669(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATCCAGATCTGAG
SmilChr02G000731 Chr02 NC_080388.1:11859491-11859505promoter 内 3130-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 11860362-11863701(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGGACTC
SmilChr04G001745 Chr04 NC_080390.1:28734318-28734332promoter 内 363-377 bp + 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 28737956-28740115(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTCCGGATCTGAG
SmilChr01G002087 Chr01 NC_080387.1:36854622-36854636promoter 内 2219-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 5 36856404-36857548(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCGGATCTGAC
SmilChr01G000563 Chr01 NC_080387.1:11675018-11675032promoter 内 3034-3048 bp - 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 3 11675985-11676980(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGTTTT
SmilChr05G000666 Chr05 NC_080391.1:5065252-5065266promoter 内 2459-2473 bp + 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 5061662-5063724(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGTTTT
SmilChr05G000714 Chr05 NC_080391.1:5417878-5417892promoter 内 2420-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 5419459-5421503(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGTTTT
SmilChr05G000153 Chr05 NC_080391.1:1249400-1249414promoter 内 1737-1751 bp - 2250 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 1242503-1247150(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAACCAGATCTGAG
SmilChr01G002334 Chr01 NC_080387.1:40502288-40502302promoter 内 1668-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 40495964-40499969(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGATCG
SmilChr01G001043 Chr01 NC_080387.1:21680234-21680248promoter 内 1664-1678 bp + 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 21673892-21677911(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGATCG
SmilChr05G000145 Chr05 NC_080391.1:1190539-1190553promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 1184607-1187204(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAACCAGATCTGAG
SmilChr04G003406 Chr04 NC_080390.1:50631172-50631186promoter 内 590-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 50622546-50627775(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGGAACC
SmilChr04G003759 Chr04 NC_080390.1:53848815-53848829promoter 内 2489-2503 bp + 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 53850327-53853645(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCTAGATCTGAG
SmilChr04G001809 Chr04 NC_080390.1:29574111-29574125promoter 内 3333-3347 bp + 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 29569743-29573457(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGATTC