转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 34 / 152 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000198 Chr04 NC_080390.1:1777042-1777060promoter 内 3782-3800 bp + 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 1773695-1776841(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAGAAGTGGTTGTCGAAG
SmilChr05G002475 Chr05 NC_080391.1:27253417-27253435promoter 内 3773-3791 bp - 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 27249475-27253207(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTC
SmilChr04G003739 Chr04 NC_080390.1:53706718-53706736promoter 内 3761-3779 bp - 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 53706958-53713237(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATTTTGTGGTTGGAGATG
SmilChr01G005037 Chr01 NC_080387.1:68307235-68307253promoter 内 3736-3754 bp + 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 68307500-68325829(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTATCCCAACCACTATTGT
SmilChr01G002101 Chr01 NC_080387.1:37049528-37049546promoter 内 3711-3729 bp - 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 37049818-37054190(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATAAAGTGGGTGGAAAAG
SmilChr01G002314 Chr01 NC_080387.1:40125835-40125853promoter 内 3613-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 40123925-40125465(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTTTCAACCACTTTCAG
SmilChr04G001348 Chr04 NC_080390.1:21862181-21862199promoter 内 3536-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 21862646-21872150(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAAATGTGGTTGAAGATT
SmilChr02G002547 Chr02 NC_080388.1:44322154-44322172promoter 内 3463-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 44322692-44324379(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGCCCAACCACCAAAAC
SmilChr03G004382 Chr03 NC_080389.1:62026324-62026342promoter 内 3438-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62026887-62029727(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCACCAACAACCTTTTC
SmilChr03G002882 Chr03 NC_080389.1:45500430-45500448promoter 内 3382-3400 bp + 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45501049-45503141(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTC
SmilChr03G004414 Chr03 NC_080389.1:62305326-62305344promoter 内 3365-3383 bp + 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62305962-62309285(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCACCAACAACCTTTTC
SmilChr01G000931 Chr01 NC_080387.1:19724161-19724179promoter 内 3246-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19724916-19729375(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGGAAGTGGTTGGCCAGA
SmilChr04G001809 Chr04 NC_080390.1:29574349-29574367promoter 内 3091-3109 bp + 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 29569743-29573457(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr03G004405 Chr03 NC_080389.1:62220148-62220166promoter 内 3061-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62221088-62224231(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCACCAACAACCTTTTC
SmilChr01G004893 Chr01 NC_080387.1:66988465-66988483promoter 内 2917-2935 bp - 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 66986539-66987399(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTC
SmilChr02G003431 Chr02 NC_080388.1:55547250-55547268promoter 内 2815-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55544934-55546082(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTGAAGTGGTTGAGCATG
SmilChr01G004894 Chr01 NC_080387.1:66988465-66988483promoter 内 2810-2828 bp - 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 66989656-66992309(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr03G003716 Chr03 NC_080389.1:56150127-56150145promoter 内 2807-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 56147032-56148951(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGTTCCAACCACATTGTC
SmilChr04G001482 Chr04 NC_080390.1:24255679-24255697promoter 内 2698-2716 bp - 1285 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24253149-24254394(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACTACACCCACCTTTTC
SmilChr03G002446 Chr03 NC_080389.1:38858957-38858975promoter 内 2675-2693 bp + 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 38853887-38857649(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGAAGTGGTTGGGTTGC
SmilChr04G001483 Chr04 NC_080390.1:24263123-24263141promoter 内 2675-2693 bp - 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24260570-24261815(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACTACACCCACCTTTTC
SmilChr02G001951 Chr02 NC_080388.1:35214155-35214173promoter 内 2614-2632 bp - 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 35211877-35212786(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCCCCAACCACAGCTTA
SmilChr02G000521 Chr02 NC_080388.1:7161732-7161750promoter 内 2514-2532 bp + 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 7163219-7165430(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCACCAACAACCTTTTC
SmilChr01G001482 Chr01 NC_080387.1:28595903-28595921promoter 内 2494-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28597410-28598474(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACTACACCCACCTTTTC
SmilChr01G001481 Chr01 NC_080387.1:28588420-28588438promoter 内 2426-2444 bp + 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28589995-28591016(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACTACACCCACCTTTTC
SmilChr03G000514 Chr03 NC_080389.1:5527969-5527987promoter 内 2417-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 5529553-5551350(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCTCTCAACCACATTCCT
SmilChr05G002551 Chr05 NC_080391.1:28587054-28587072promoter 内 2403-2421 bp - 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28584707-28585474(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATGTTCAACCACCTGCTG
SmilChr01G004308 Chr01 NC_080387.1:61269815-61269833promoter 内 2264-2282 bp + 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 61261478-61268096(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAAAAGTGGTTGGTGATC
SmilChr01G004867 Chr01 NC_080387.1:66795465-66795483promoter 内 2218-2236 bp - 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 66790523-66793700(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGGCCAACCACTTCTTC
SmilChr03G002679 Chr03 NC_080389.1:42582858-42582876promoter 内 2145-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 42584714-42588608(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGCTCAACCACTTACCC
SmilChr03G004498 Chr03 NC_080389.1:63110887-63110905promoter 内 2099-2117 bp - 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 63107359-63109003(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCACCAACAACCTTTTC
SmilChr03G001949 Chr03 NC_080389.1:27816284-27816302promoter 内 2013-2031 bp - 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 27818272-27819267(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGAGGTGGTTGATTCGT
SmilChr01G003003 Chr01 NC_080387.1:49026265-49026283promoter 内 1990-2008 bp + 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 49021629-49024272(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTATAAGTGGTTGGAGCTT
SmilChr04G003956 Chr04 NC_080390.1:55102712-55102730promoter 内 1963-1981 bp - 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55104750-55107189(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGGATGTGGTTGGAATAA
SmilChr03G004502 Chr03 NC_080389.1:63123139-63123157promoter 内 1953-1971 bp - 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 63125187-63126134(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAAAGGTTGTTGGTGAGG
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