转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 36 / 121 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000736 Chr04 NC_080390.1:8826700-8826714promoter 内 1932-1946 bp + 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 8821774-8824645(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGGAGAT
SmilChr05G001728 Chr05 NC_080391.1:16676227-16676241promoter 内 1723-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 16678505-16679794(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAGATAA
SmilChr03G002719 Chr03 NC_080389.1:43211976-43211990promoter 内 1631-1645 bp + 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 43214346-43215872(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGAGTAGATCTGGG
SmilChr04G001577 Chr04 NC_080390.1:26201979-26201993promoter 内 1278-1292 bp + 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 26204702-26205620(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATGCAGATCTGCA
SmilChr03G004520 Chr03 NC_080389.1:63276023-63276037promoter 内 1218-1232 bp + 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 63271455-63273254(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATTG
SmilChr02G000456 Chr02 NC_080388.1:6101280-6101294promoter 内 721-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 6093714-6098014(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTGTTGGATCTGAA
SmilChr05G000622 Chr05 NC_080391.1:4708833-4708847promoter 内 412-426 bp - 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 4703618-4705258(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTGCAGATCTGAA
SmilChr03G003520 Chr03 NC_080389.1:53812905-53812919promoter 内 169-183 bp - 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 53805883-53809087(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTATAGATCTGGA
SmilChr04G001295 Chr04 NC_080390.1:20603233-20603247promoter 内 88-102 bp - 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 20607146-20608150(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGAATTG
SmilChr01G004604 Chr01 NC_080387.1:64027457-64027471promoter 内 30-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 64020290-64023500(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAGTTGT
SmilChr02G004098 Chr02 NC_080388.1:63295428-63295442promoter 内 3853-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 63295576-63297600(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTGCC
SmilChr02G005379 Chr02 NC_080388.1:74468487-74468501promoter 内 3505-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74461454-74468005(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTACATCT
SmilChr03G001827 Chr03 NC_080389.1:25023691-25023705promoter 内 3459-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 25020396-25023163(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATTTCA
SmilChr02G003442 Chr02 NC_080388.1:55700147-55700161promoter 内 3433-3447 bp - 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 55696078-55699593(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACTTGGATCTGAA
SmilChr04G003834 Chr04 NC_080390.1:54386346-54386360promoter 内 3424-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54386923-54390307(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTAGATCGGAT
SmilChr02G005010 Chr02 NC_080388.1:71901282-71901296promoter 内 3070-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71902213-71908333(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGGGTGGATCTGAG
SmilChr02G004479 Chr02 NC_080388.1:67219967-67219981promoter 内 3016-3030 bp + 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 67220952-67222163(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATGGATCTGAT
SmilChr02G004588 Chr02 NC_080388.1:68358854-68358868promoter 内 2802-2816 bp - 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 68356906-68357669(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCTAGATCTCAT
SmilChr03G004341 Chr03 NC_080389.1:61716715-61716729promoter 内 2730-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 61717986-61721047(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCCCTAGATCTGCG
SmilChr02G004842 Chr02 NC_080388.1:70545532-70545546promoter 内 2695-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70546838-70550264(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGGGTGGATCTGAG
SmilChr02G002528 Chr02 NC_080388.1:43988087-43988101promoter 内 2685-2699 bp - 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43985345-43986785(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATTTAGATCTGTA
SmilChr01G000480 Chr01 NC_080387.1:9875528-9875542promoter 内 2623-2637 bp - 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9876906-9879740(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCACCCCT
SmilChr01G000748 Chr01 NC_080387.1:16562022-16562036promoter 内 2597-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16556310-16560632(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGGACG
SmilChr01G000803 Chr01 NC_080387.1:17332453-17332467promoter 内 2564-2578 bp - 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17333890-17338222(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGGACG
SmilChr05G001368 Chr05 NC_080391.1:12144362-12144376promoter 内 2503-2517 bp - 1484 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12145860-12147998(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGAGATCTAGACCA
SmilChr04G001649 Chr04 NC_080390.1:27436356-27436370promoter 内 2433-2447 bp - 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27431858-27434802(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAGTAGATCTGAT
SmilChr03G001832 Chr03 NC_080389.1:25124897-25124911promoter 内 2432-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 25095084-25123342(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTCGAGATCTGAT
SmilChr02G003742 Chr02 NC_080388.1:59088929-59088943promoter 内 2195-2209 bp - 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59084848-59087137(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATTTAGATCTCAT
SmilChr02G005009 Chr02 NC_080388.1:71901282-71901296promoter 内 2150-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71896415-71899445(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCACCCCT
SmilChr01G005269 Chr01 NC_080387.1:70125273-70125287promoter 内 1488-1502 bp + 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70127786-70128712(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTTTAGATCTGAT
SmilChr01G001195 Chr01 NC_080387.1:24102346-24102360promoter 内 1478-1492 bp + 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24097390-24099837(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTCGACCT
SmilChr02G003743 Chr02 NC_080388.1:59088929-59088943promoter 内 1376-1390 bp - 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59091554-59091625(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAAATCA
SmilChr02G000124 Chr02 NC_080388.1:1692682-1692696promoter 内 1345-1359 bp + 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1695338-1700632(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCTAGATCTGTG
SmilChr04G000719 Chr04 NC_080390.1:8419615-8419629promoter 内 1309-1323 bp - 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8422307-8424016(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAACGCC
SmilChr01G004558 Chr01 NC_080387.1:63667975-63667989promoter 内 1058-1072 bp - 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 63670918-63672419(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGCTGCC
SmilChr02G002529 Chr02 NC_080388.1:43995555-43995569promoter 内 1029-1043 bp - 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43998527-44004981(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTAAATCA
SmilChr04G001079 Chr04 NC_080390.1:15467108-15467122promoter 内 984-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15470125-15473921(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATGGATCTGAA
SmilChr01G004276 Chr01 NC_080387.1:60993838-60993852promoter 内 862-876 bp + 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 60986629-60990713(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTCGATTT
SmilChr04G000296 Chr04 NC_080390.1:2754762-2754776promoter 内 688-702 bp - 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2758075-2763395(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTAGTTCA
SmilChr03G003128 Chr03 NC_080389.1:48463324-48463338promoter 内 530-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 48457808-48459867(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTACAATC
SmilChr05G001367 Chr05 NC_080391.1:12144362-12144376promoter 内 448-462 bp - 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12139826-12140823(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTCTAGATCTCGA
SmilChr04G003753 Chr04 NC_080390.1:53798033-53798047promoter 内 322-336 bp - 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 53801712-53804937(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGTGTG
SmilChr02G004841 Chr02 NC_080388.1:70545532-70545546promoter 内 274-288 bp + 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70536269-70541819(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCACCCCT
SmilChr02G001524 Chr02 NC_080388.1:28368368-28368382promoter 内 146-160 bp - 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 28372223-28372725(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCACCCCT
SmilChr04G003685 Chr04 NC_080390.1:53266433-53266447promoter 内 3406-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 8 53267028-53269126(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATGTCAGATCTGGA
SmilChr04G003684 Chr04 NC_080390.1:53266433-53266447promoter 内 1970-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 8 53261147-53264416(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGACATC
SmilChr04G000293 Chr04 NC_080390.1:2728086-2728100promoter 内 2244-2258 bp + 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 6 2729843-2733988(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATGTCAGATCTGGA
SmilChr01G000730 Chr01 NC_080387.1:16246285-16246299promoter 内 2845-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 5 16247441-16254213(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGTCACC
SmilChr04G000791 Chr04 NC_080390.1:9772092-9772106promoter 内 2844-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 5 9773249-9773354(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGAACTC
SmilChr04G000290 Chr04 NC_080390.1:2705291-2705305promoter 内 1391-1405 bp + 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 5 2707901-2710966(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATGTCAGATCTGGA