转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 38 / 120 下载 TSV

上一页 38 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002349 Chr02 NC_080388.1:41262128-41262146promoter 内 2661-2679 bp - 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 41263468-41265907(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AATTTCCAAAATAAGAAAG
SmilChr08G001814 Chr08 NC_080394.1:15291004-15291022promoter 内 1500-1518 bp + 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 15293505-15298971(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCTATTTTTGGAAATA
SmilChr05G000460 Chr05 NC_080391.1:3481577-3481595promoter 内 641-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 3470457-3478235(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TGTTGCCAAAAAAGGAATG
SmilChr02G004846 Chr02 NC_080388.1:70604408-70604426promoter 内 3924-3942 bp - 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70604485-70608280(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AGTTCCCGAAAAAGGAAAA
SmilChr02G004425 Chr02 NC_080388.1:66585901-66585919promoter 内 3682-3700 bp - 301 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 66586220-66589870(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAAGGAAAT
SmilChr04G003674 Chr04 NC_080390.1:53202092-53202110promoter 内 3680-3698 bp - 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 53200836-53201789(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTTGGCAAAA
SmilChr01G003886 Chr01 NC_080387.1:57175058-57175076promoter 内 3670-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 57175389-57181511(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTCCTTTTTTGGCAACA
SmilChr05G004241 Chr05 NC_080391.1:56227215-56227233promoter 内 3553-3571 bp - 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 56227663-56233013(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAAGGAAAT
SmilChr02G002892 Chr02 NC_080388.1:49211017-49211035promoter 内 3549-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 49211469-49213739(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTTGGCAAAA
SmilChr01G005352 Chr01 NC_080387.1:70763399-70763417promoter 内 3450-3468 bp + 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70761623-70762866(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTTCCAAAAATAGAAAC
SmilChr08G000214 Chr08 NC_080394.1:1463539-1463557promoter 内 3396-3414 bp + 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 1451922-1462952(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAAGGAAAT
SmilChr07G003158 Chr07 NC_080393.1:33507279-33507297promoter 内 3309-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 33507971-33508462(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AGTTTCCAAAAAAAGAAGC
SmilChr01G000675 Chr01 NC_080387.1:14953229-14953247promoter 内 3240-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 14951533-14952486(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AGTTTCCAAAAAAAGAAGC
SmilChr04G004048 Chr04 NC_080390.1:55689628-55689646promoter 内 3165-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 55685043-55688810(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCTTTTTTTGGAAAAT
SmilChr06G002013 Chr06 NC_080392.1:25838987-25839005promoter 内 3061-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 25836285-25838065(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAAGGAAAT
SmilChr06G001793 Chr06 NC_080392.1:20981010-20981028promoter 内 2982-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 20976122-20980009(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTCCTTTTTTGGCAACA
SmilChr01G002629 Chr01 NC_080387.1:44594019-44594037promoter 内 2794-2812 bp + 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 44595226-44600028(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTTGGCAAAA
SmilChr04G002993 Chr04 NC_080390.1:46347116-46347134promoter 内 2413-2431 bp + 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 46348704-46355265(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTTGGCAAAA
SmilChr03G000580 Chr03 NC_080389.1:6433278-6433296promoter 内 2060-2078 bp + 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 6435219-6437864(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTTGGCAAAA
SmilChr07G000593 Chr07 NC_080393.1:4051580-4051598promoter 内 1658-1676 bp - 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4053923-4054713(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTTCCAAAAAAAGAAAA
SmilChr04G004050 Chr04 NC_080390.1:55689628-55689646promoter 内 1536-1554 bp - 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 55687120-55687181(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCTTTTTTTGGAAAAT
SmilChr04G001817 Chr04 NC_080390.1:29657628-29657646promoter 内 1432-1450 bp - 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29652716-29655077(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTTGGTAAAG
SmilChr03G003516 Chr03 NC_080389.1:53753075-53753093promoter 内 1430-1448 bp - 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 53755646-53756038(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAAGGAAAT
SmilChr04G004049 Chr04 NC_080390.1:55689628-55689646promoter 内 1266-1284 bp - 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 55686850-55686911(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCTTTTTTTGGAAAAT
SmilChr03G004144 Chr03 NC_080389.1:60274534-60274552promoter 内 1031-1049 bp - 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60277504-60279535(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTTCTAAAAAAGGAAAG
SmilChr04G000464 Chr04 NC_080390.1:4950444-4950462promoter 内 1026-1044 bp + 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4953419-4958842(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCCTTTTTGGTAGGT
SmilChr01G002122 Chr01 NC_080387.1:37228284-37228302promoter 内 1007-1025 bp + 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37222854-37225308(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TGTTGCCAAAAAAGGAATG
SmilChr04G002462 Chr04 NC_080390.1:39448757-39448775promoter 内 829-847 bp + 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 39443057-39445603(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAAGGAAAT
SmilChr03G001681 Chr03 NC_080389.1:22158556-22158574promoter 内 594-612 bp - 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 22161963-22169280(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTTCCACAAAAGGAAAC
SmilChr06G002012 Chr06 NC_080392.1:25838987-25839005promoter 内 334-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 25833595-25835338(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAAGGAAAT
SmilChr07G000937 Chr07 NC_080393.1:6695195-6695213promoter 内 77-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 6687422-6691289(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTTGGCAAAA
SmilChr02G003827 Chr02 NC_080388.1:59933675-59933693promoter 内 3570-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 59934106-59935911(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCTATTTTTGGTAAAA
SmilChr01G005073 Chr01 NC_080387.1:68603523-68603541promoter 内 3077-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 68604447-68611572(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTTCCAAATATGGAAAT
SmilChr03G001384 Chr03 NC_080389.1:16366392-16366410promoter 内 1322-1340 bp + 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 16369071-16369810(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGAAAAT
SmilChr07G001402 Chr07 NC_080393.1:10896446-10896464promoter 内 1028-1046 bp + 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 10899419-10904866(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGAAAAT
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