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转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family，查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中，并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因，不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif；应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引，可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card，点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
SmilChr04G003117 XP_057809539.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr04G003114 XP_057809538.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr01G005298 XP_057788621.1
ARR-B 1
MP00010
 8344 9778 查靶基因
SmilChr03G003924 XP_057798851.1
NAC 1
MP00059
 8333 9940 查靶基因
SmilChr01G005344 XP_057788686.1
MYB 1
MP00296
 8304 9873 查靶基因
SmilChr08G004408 XP_057780613.1
MYB 1
MP00114
 8151 9897 查靶基因
SmilChr04G001094 XP_057804404.1
WRKY 1
MP00408
 8149 9902 查靶基因
SmilChr07G003597 XP_057773587.1
Nin-like 1
MP00449
 8096 9453 查靶基因
SmilChr02G005433 XP_057792682.1
WRKY 1
MP00209
 8083 9910 查靶基因
SmilChr04G004136 XP_057806072.1
MYB 1
MP00627
 8075 9835 查靶基因
SmilChr01G003955 XP_057779712.1
WRKY 1
MP00450
 8044 9901 查靶基因
SmilChr03G003685 XP_057798538.1
ERF 1
MP00558
 8044 9762 查靶基因
SmilChr07G002937 XP_057777490.1
MIKC_MADS 1
MP00096
 8019 9914 查靶基因
SmilChr02G003833 XP_057794421.1
MYB 1
MP00476
 7981 9904 查靶基因
SmilChr07G002803 XP_057777238.1
NAC 1
MP00221
 7965 9903 查靶基因
SmilChr05G002364 XP_057809766.1
WRKY 1
MP00069
 7882 9917 查靶基因
SmilChr08G003267 XP_057779249.1
MYB 1
MP00406
 7839 9917 查靶基因
SmilChr02G005012 XP_057792191.1
TALE 1
MP00670
 7758 9906 查靶基因
SmilChr07G001978 XP_057776996.1
SBP 1
MP00555
 7648 9805 查靶基因
SmilChr05G000741 XP_057764423.1
ARF 1
MP00021
 7629 9812 查靶基因
SmilChr01G004579 XP_057787263.1
MYB 1
MP00132
 7583 9926 查靶基因
SmilChr05G000593 XP_057764223.1
MIKC_MADS 1
MP00609
 7575 9941 查靶基因
SmilChr03G004518 XP_057799834.1
ERF 1
MP00529
 7559 9247 查靶基因
SmilChr06G001829 XP_057766988.1
MYB 1
MP00510
 7526 9799 查靶基因
SmilChr05G000830 XP_057764550.1
NAC 1
MP00058
 7440 9855 查靶基因
SmilChr08G002543 XP_057778423.1
bZIP 1
MP00303
 7416 9868 查靶基因
SmilChr01G002743 XP_057765725.1
MYB_related 1
MP00565
 7412 9785 查靶基因
SmilChr04G002704 XP_057807081.1
ERF 1
MP00026
 7408 9854 查靶基因
SmilChr05G001395 XP_057765344.1
WRKY 1
MP00071
 7408 9764 查靶基因
SmilChr04G002953 XP_057809314.1
ARF 1
MP00033
 7406 9827 查靶基因
SmilChr01G004199 XP_057782208.1
bHLH 1
MP00074
 7396 9969 查靶基因
SmilChr05G004009 XP_057810662.1
MYB 1
MP00216
 7342 9832 查靶基因
SmilChr03G001606 XP_057802772.1
WRKY 1
MP00539
 7338 9848 查靶基因
SmilChr02G004600 XP_057791481.1
ARF 1
MP00574
 7302 9846 查靶基因
SmilChr03G004179 XP_057799230.1
WRKY 1
MP00464
 7299 9864 查靶基因
SmilChr04G003805 XP_057805691.1
MIKC_MADS 1
MP00315
 7291 9567 查靶基因
SmilChr03G003761 XP_057798625.1
WRKY 1
MP00525
 7235 9838 查靶基因
SmilChr01G001885 XP_057806790.1
WRKY 1
MP00171
 7182 9833 查靶基因
SmilChr05G004392 XP_057811204.1
WRKY 1
MP00506
 7173 9818 查靶基因
SmilChr04G002757 XP_057807158.1
MIKC_MADS 1
MP00272
 7172 9889 查靶基因
SmilChr01G003404 XP_057773670.1
bZIP 1
MP00184
 7147 9840 查靶基因
SmilChr03G002335 XP_057801256.1
bZIP 1
MP00647
 7133 9953 查靶基因
SmilChr07G002075 XP_057773918.1
C2H2 1
MP00485
 7130 8059 查靶基因
SmilChr04G000162 XP_057807467.1
MYB 1
MP00134
 7078 8676 查靶基因
SmilChr04G000040 XP_057808382.1
ERF 1
MP00312
 7006 8490 查靶基因
SmilChr08G001896 XP_057783815.1
MYB 1
MP00564
 6984 9893 查靶基因
SmilChr02G005217 XP_057792502.1
G2-like 1
MP00022
 6959 9720 查靶基因
SmilChr05G000260 XP_057763683.1
bZIP 1
MP00040
 6920 9919 查靶基因
SmilChr01G002885 XP_057767601.1
ERF 1
MP00151
 6907 9976 查靶基因
SmilChr05G001518 XP_057765511.1
WRKY 1
MP00455
 6900 9792 查靶基因
SmilChr03G002503 XP_057801356.1
MYB 1
MP00482
 6899 8940 查靶基因
SmilChr03G001252 XP_057802461.1
bZIP 1
MP00291
 6894 9321 查靶基因
SmilChr06G001365 XP_057768799.1
SBP 1
MP00307
 6893 9755 查靶基因
SmilChr03G003439 XP_057798243.1
bHLH 1
MP00195
 6878 9832 查靶基因
SmilChr06G001111 XP_057768512.1
MYB 1
MP00388
 6870 9774 查靶基因
SmilChr02G000949 XP_057795176.1
bZIP 1
MP00318
 6849 9413 查靶基因
SmilChr01G000025 XP_057790305.1
SBP 1
MP00633
 6833 8026 查靶基因
SmilChr01G004313 XP_057783598.1
bHLH 1
MP00308
 6805 9826 查靶基因
SmilChr02G005502 XP_057792768.1
bHLH 1
MP00082
 6784 9435 查靶基因
SmilChr03G004274 XP_057799397.1
MIKC_MADS 1
MP00080
 6766 9850 查靶基因
SmilChr02G003688 XP_057794248.1
MYB 1
MP00028
 6764 9024 查靶基因
SmilChr04G003367 XP_057804957.1
MYB 1
MP00191
 6736 9690 查靶基因
SmilChr04G000157 XP_057807462.1
bHLH 1
MP00081
 6729 9942 查靶基因
SmilChr07G002147 XP_057774045.1
MYB 1
MP00500
 6697 9681 查靶基因
SmilChr05G002277 XP_057809665.1
ERF 1
MP00452
 6671 7783 查靶基因
SmilChr07G004480 XP_057776222.1
WRKY 1
MP00531
 6663 9784 查靶基因
SmilChr02G004447 XP_057797242.1
HD-ZIP 1
MP00200
 6661 9930 查靶基因
SmilChr04G000070 XP_057807324.1
bHLH 1
MP00034
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G002039 XP_057808459.1
bHLH 1
MP00660
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G005851 XP_057789306.1
MYB 1
MP00055
 6638 9685 查靶基因
SmilChr02G005238 XP_057792594.1
SBP 1
MP00634
 6619 7771 查靶基因
SmilChr06G002048 XP_057770293.1
bHLH 1
MP00035
 6618 9903 查靶基因
SmilChr07G000836 XP_057772437.1
MYB_related 1
MP00568
 6611 9696 查靶基因
SmilChr04G003119 XP_057809542.1
bZIP 1
MP00039
 6610 9936 查靶基因
SmilChr01G004114 XP_057781125.1
WRKY 1
MP00284
 6552 9774 查靶基因
SmilChr08G004246 XP_057780410.1
WRKY 1
MP00422
 6535 9791 查靶基因
SmilChr05G001980 XP_057766076.1
ARF 1
MP00153
 6534 9706 查靶基因
SmilChr04G000094 XP_057807365.1
YABBY 1
MP00620
 6504 9844 查靶基因
SmilChr02G002534 XP_057797741.1
TCP 1
MP00169
 6498 7295 查靶基因
SmilChr05G001269 XP_057765199.1
G2-like 1
MP00252
 6478 9780 查靶基因
SmilChr07G003441 XP_057773618.1
NAC 1
MP00108
 6458 9810 查靶基因
SmilChr02G001791 XP_057795933.1
TCP 1
MP00062
 6454 7249 查靶基因
SmilChr05G003285 XP_057810127.1
RAV 1
MP00024
 6450 9853 查靶基因
SmilChr05G000619 XP_057764205.1
WRKY 1
MP00167
 6439 9756 查靶基因
SmilChr04G003745 XP_057809144.1
C2H2 1
MP00416
 6433 9716 查靶基因
SmilChr02G004607 XP_057791470.1
C2H2 1
MP00608
 6398 9817 查靶基因
SmilChr02G003399 XP_057793859.1
ERF 1
MP00240
 6368 9978 查靶基因
SmilChr01G004920 XP_057788125.1
MYB_related 1
MP00607
 6362 9718 查靶基因
SmilChr06G001059 XP_057768449.1
Dof 1
MP00402
 6278 9875 查靶基因
SmilChr01G004552 XP_057786668.1
bZIP 1
MP00409
 6252 8429 查靶基因
SmilChr01G006187 XP_057798078.1
GRAS 1
MP00611
 6232 9807 查靶基因
SmilChr01G001516 XP_057803325.1
bZIP 1
MP00648
 6170 9939 查靶基因
SmilChr04G003955 XP_057805828.1
ERF 1
MP00120
 6144 7514 查靶基因
SmilChr01G004708 XP_057787833.1
WRKY 1
MP00251
 6140 9713 查靶基因
SmilChr05G001961 XP_057766054.1
MIKC_MADS 1
MP00077
 6125 9815 查靶基因
SmilChr08G000478 XP_057781809.1
GATA 1
MP00130
 6015 9821 查靶基因
SmilChr01G000943 XP_057790035.1
MIKC_MADS 1
MP00508
 5979 7481 查靶基因
SmilChr05G004106 XP_057810779.1
WRKY 1
MP00260
 5932 9706 查靶基因
SmilChr04G003973 XP_057805857.1
HD-ZIP 1
MP00013
 5927 9712 查靶基因
SmilChr03G002207 XP_057801109.1
WRKY 1
MP00299
 5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 4 / 162 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001310 Chr08 NC_080394.1:10440615-10440633promoter 内 1397-1415 bp + 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 10443219-10443732(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTGGCGCTGTCGA
SmilChr02G004801 Chr02 NC_080388.1:70200960-70200978promoter 内 3579-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 70197661-70200556(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGCCACCCCTAGGTCAACG
SmilChr04G001898 Chr04 NC_080390.1:31006453-31006471promoter 内 1488-1506 bp + 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 31008966-31011243(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCTGGCAGTTGA
SmilChr03G001060 Chr03 NC_080389.1:12297943-12297961promoter 内 3599-3617 bp + 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 12298345-12300900(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTGGTTTGAATA
SmilChr06G001412 Chr06 NC_080392.1:14814599-14814617promoter 内 3544-3562 bp - 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 14815056-14815812(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGTAATCATCAGTCAACG
SmilChr06G001372 Chr06 NC_080392.1:14381137-14381155promoter 内 3542-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 14381596-14383368(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGTAATCATCAGTCAACG
SmilChr03G001047 Chr03 NC_080389.1:12196303-12196321promoter 内 3314-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 12196990-12199512(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTGGTTTGAATA
SmilChr01G001839 Chr01 NC_080387.1:33322670-33322688promoter 内 3199-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33323472-33324897(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGTAATCATCAGTCAACG
SmilChr03G002392 Chr03 NC_080389.1:37868912-37868930promoter 内 3154-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 37867241-37868083(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGTAATCATCAGTCAACG
SmilChr06G001974 Chr06 NC_080392.1:24925399-24925417promoter 内 3147-3165 bp + 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 24924021-24924563(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTAGAACCAAAGTCAACG
SmilChr01G001041 Chr01 NC_080387.1:21643114-21643132promoter 内 2965-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21637958-21642096(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTATGTTCAATTC
SmilChr08G002565 Chr08 NC_080394.1:24995243-24995261promoter 内 2965-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 24991426-24994225(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTAAGGATGACGT
SmilChr01G001736 Chr01 NC_080387.1:31958120-31958138promoter 内 2957-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 31955859-31957094(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGTAATCATCAGTCAACG
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SmilChr08G002549 Chr08 NC_080394.1:24783056-24783074promoter 内 2852-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 24784205-24788507(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACGTCATCCTTAGTCAACG
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SmilChr05G000410 Chr05 NC_080391.1:3107120-3107138promoter 内 1385-1403 bp + 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 3102551-3104522(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAGCCCGCCGGAGTCAACG
SmilChr04G000319 Chr04 NC_080390.1:2926075-2926093promoter 内 2545-2563 bp + 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 2920848-2924637(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGTTCAGGAAGGTCAACG
SmilChr04G000321 Chr04 NC_080390.1:2926075-2926093promoter 内 1865-1883 bp + 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 2928211-2929657(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTCCTGAACTC
SmilChr02G005108 Chr02 NC_080388.1:72595163-72595181promoter 内 3784-3802 bp + 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 72591050-72594964(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGAAAAAAAAAGTCAACG
SmilChr07G002952 Chr07 NC_080393.1:29937094-29937112promoter 内 3516-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 29928157-29936627(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTCCTGAACTC
SmilChr05G004130 Chr05 NC_080391.1:55247632-55247650promoter 内 1908-1926 bp + 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 55244110-55245557(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGTTCAGGAAGGTCAACG
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SmilChr01G000338 Chr01 NC_080387.1:6928696-6928714promoter 内 1698-1716 bp - 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 6930999-6934624(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTTACAGAAAGGGTCAACG