转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 4 / 131 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004771 Chr02 NC_080388.1:69890767-69890776promoter 内 1357-1366 bp - 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 69880677-69888132(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr02G003259 Chr02 NC_080388.1:53894408-53894417promoter 内 781-790 bp + 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 53887621-53891197(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr02G002203 Chr02 NC_080388.1:39238550-39238559promoter 内 3786-3795 bp + 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 39238765-39239775(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr02G002181 Chr02 NC_080388.1:39022072-39022081promoter 内 3749-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 39017312-39021829(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr01G002045 Chr01 NC_080387.1:36194903-36194912promoter 内 3595-3604 bp + 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 36195309-36197167(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr02G001293 Chr02 NC_080388.1:23818222-23818231promoter 内 3506-3515 bp + 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 23815193-23817736(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr02G004282 Chr02 NC_080388.1:65066552-65066561promoter 内 3251-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 65055731-65065811(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr01G004204 Chr01 NC_080387.1:60495014-60495023promoter 内 3242-3251 bp - 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 60495773-60497387(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr01G004939 Chr01 NC_080387.1:67502829-67502838promoter 内 3094-3103 bp - 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 67503736-67512271(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr01G001351 Chr01 NC_080387.1:26787982-26787991promoter 内 3093-3102 bp + 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 26788890-26794211(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr02G002182 Chr02 NC_080388.1:39022072-39022081promoter 内 3063-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 39023010-39026640(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr01G004542 Chr01 NC_080387.1:63569999-63570008promoter 内 2872-2881 bp + 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 63571128-63574750(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr01G005890 Chr01 NC_080387.1:74833380-74833389promoter 内 2853-2862 bp - 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 74827259-74832241(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr01G005855 Chr01 NC_080387.1:74494886-74494895promoter 内 2850-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 74491655-74493744(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr01G003058 Chr01 NC_080387.1:49478685-49478694promoter 内 2671-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 49480015-49481680(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr02G003100 Chr02 NC_080388.1:51923268-51923277promoter 内 2320-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 51924949-51926836(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr02G002763 Chr02 NC_080388.1:47699190-47699199promoter 内 2254-2263 bp + 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 47693642-47697452(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr01G000989 Chr01 NC_080387.1:20889680-20889689promoter 内 2229-2238 bp + 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 20891452-20894050(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr02G003481 Chr02 NC_080388.1:56089442-56089451promoter 内 2106-2115 bp - 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 56091337-56093015(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr02G004717 Chr02 NC_080388.1:69436862-69436871promoter 内 2020-2029 bp + 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 69438843-69440768(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr02G004418 Chr02 NC_080388.1:66514633-66514642promoter 内 1869-1878 bp - 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 66516765-66519571(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr01G003348 Chr01 NC_080387.1:52237156-52237165promoter 内 1602-1611 bp - 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 52234547-52234766(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr02G004266 Chr02 NC_080388.1:64871194-64871203promoter 内 1558-1567 bp - 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 64873637-64876958(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr01G000988 Chr01 NC_080387.1:20889680-20889689promoter 内 1463-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 20879571-20887151(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr01G003195 Chr01 NC_080387.1:50710516-50710525promoter 内 1271-1280 bp - 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 50705893-50707795(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr01G005404 Chr01 NC_080387.1:71307214-71307223promoter 内 1039-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 71303109-71304261(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr01G002773 Chr01 NC_080387.1:46188516-46188525promoter 内 1024-1033 bp - 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 46179891-46185548(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr01G002248 Chr01 NC_080387.1:39093115-39093124promoter 内 946-955 bp + 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 39096170-39098340(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr01G000939 Chr01 NC_080387.1:19888412-19888421promoter 内 577-586 bp + 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 19891836-19895713(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr02G002201 Chr02 NC_080388.1:39238550-39238559promoter 内 454-463 bp + 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 39230773-39235012(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr02G000610 Chr02 NC_080388.1:8914784-8914793promoter 内 306-315 bp - 3686 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 8918479-8918931(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr03G000708 Chr03 NC_080389.1:7878499-7878508promoter 内 281-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 7870485-7874788(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
SmilChr01G005380 Chr01 NC_080387.1:71026575-71026584promoter 内 147-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 71030429-71031319(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr01G003709 Chr01 NC_080387.1:55445475-55445484promoter 内 65-74 bp + 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 55449411-55453972(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr01G005862 Chr01 NC_080387.1:74558703-74558712promoter 内 3932-3941 bp - 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 74552627-74558643(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAA
SmilChr03G000779 Chr03 NC_080389.1:8880534-8880543promoter 内 3839-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 8876744-8880381(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGG
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