转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001059; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014491-RA_Salv SmilChr06G001059 Dof XP_057768449.1 MP00402 TTTTTTTTTTTTTTACTTTTT

可能结合的靶基因

9875 个结合位点 6278 个候选靶基因 第 4 / 126 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002832 Chr02 NC_080388.1:48465074-48465094promoter 内 2691-2711 bp + 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 5 48466384-48467903(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr02G004372 Chr02 NC_080388.1:66075224-66075244promoter 内 1122-1142 bp + 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 66071276-66072365(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAAAGAAAAAAAT
SmilChr02G001844 Chr02 NC_080388.1:33661709-33661729promoter 内 3275-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 33657329-33661003(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr02G004738 Chr02 NC_080388.1:69591260-69591280promoter 内 3209-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 69587773-69590488(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGCAAAATAAAAAAAAA
SmilChr02G003969 Chr02 NC_080388.1:61870475-61870495promoter 内 2282-2302 bp + 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 61872194-61874227(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr01G001225 Chr01 NC_080387.1:24540105-24540125promoter 内 1470-1490 bp - 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 24531958-24537594(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTTTTCTCTTCTACTTTTT
SmilChr01G003799 Chr01 NC_080387.1:56376338-56376358promoter 内 905-925 bp - 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 56370038-56373262(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr02G004112 Chr02 NC_080388.1:63410843-63410863promoter 内 853-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 63413991-63416190(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr01G001226 Chr01 NC_080387.1:24540105-24540125promoter 内 729-749 bp - 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 24534961-24536853(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTTTTCTCTTCTACTTTTT
SmilChr01G005143 Chr01 NC_080387.1:69223675-69223695promoter 内 3974-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 69223702-69225549(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr01G005799 Chr01 NC_080387.1:74065023-74065043promoter 内 3941-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 74065083-74068284(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr02G000992 Chr02 NC_080388.1:17442568-17442588promoter 内 3924-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 17438728-17442511(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr02G004739 Chr02 NC_080388.1:69591260-69591280promoter 内 2572-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 69592689-69597641(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTATTTTGCTTTTT
SmilChr02G004725 Chr02 NC_080388.1:69502004-69502024promoter 内 2502-2522 bp - 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 69497302-69500525(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr01G005169 Chr01 NC_080387.1:69458607-69458627promoter 内 2493-2513 bp + 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 69460115-69467600(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr02G003920 Chr02 NC_080388.1:61279111-61279131promoter 内 2473-2493 bp - 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 61280639-61283858(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr01G003220 Chr01 NC_080387.1:50969702-50969722promoter 内 2238-2258 bp - 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 50971465-50972430(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr02G000993 Chr02 NC_080388.1:17442568-17442588promoter 内 1726-1746 bp - 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 17444843-17447884(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr01G001181 Chr01 NC_080387.1:23862869-23862889promoter 内 1471-1491 bp - 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 23859430-23860359(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTTTTCTCTTCTACTTTTT
SmilChr01G005979 Chr01 NC_080387.1:75453776-75453796promoter 内 1251-1271 bp - 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 75445761-75451046(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr01G003775 Chr01 NC_080387.1:56160152-56160172promoter 内 968-988 bp + 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 56154167-56157139(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAAAGAAAAACCA
SmilChr02G005511 Chr02 NC_080388.1:75231927-75231947promoter 内 924-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 75235004-75238347(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr02G004353 Chr02 NC_080388.1:65804328-65804348promoter 内 537-557 bp + 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 65796321-65800884(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAAAATAAAAGAA
SmilChr01G003931 Chr01 NC_080387.1:57601158-57601178promoter 内 466-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 57594909-57597643(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AACTTTTTTTTTTTACTTTTT
SmilChr02G004726 Chr02 NC_080388.1:69502004-69502024promoter 内 98-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 69505907-69508790(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr02G005263 Chr02 NC_080388.1:73723215-73723235promoter 内 3762-3782 bp + 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 73718345-73722996(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAAAAAGAAACAC
SmilChr01G003499 Chr01 NC_080387.1:53590925-53590945promoter 内 3408-3428 bp + 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 53588664-53590352(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAAAAGAAAGA
SmilChr01G005088 Chr01 NC_080387.1:68756873-68756893promoter 内 3367-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 68757507-68758834(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr01G003183 Chr01 NC_080387.1:50601633-50601653promoter 内 3258-3278 bp + 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 50600254-50600910(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr01G003347 Chr01 NC_080387.1:52231841-52231861promoter 内 3136-3156 bp - 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 52232706-52233291(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr01G003739 Chr01 NC_080387.1:55713843-55713863promoter 内 3132-3152 bp + 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 55714712-55714784(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr01G005066 Chr01 NC_080387.1:68557276-68557296promoter 内 3132-3152 bp + 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 68550983-68556427(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr02G000026 Chr02 NC_080388.1:284060-284080promoter 内 2060-2080 bp - 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 286001-288799(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAAAATAAAAGAA
SmilChr02G003187 Chr02 NC_080388.1:53010314-53010334promoter 内 1847-1867 bp + 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 53012468-53016493(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTT
SmilChr01G003660 Chr01 NC_080387.1:55028189-55028209promoter 内 1221-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 55020547-55025429(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAAAAAAAATGGT
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