转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 41 / 130 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002577 Chr04 NC_080390.1:41135239-41135246promoter 内 56-63 bp - 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 41139184-41143763(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G001952 Chr01 NC_080387.1:34733927-34733934promoter 内 53-60 bp + 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34727999-34729986(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr04G000627 Chr04 NC_080390.1:7137129-7137136promoter 内 53-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7132128-7133188(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G003818 Chr01 NC_080387.1:56533854-56533861promoter 内 49-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56537806-56542793(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr03G000392 Chr03 NC_080389.1:4307726-4307733promoter 内 48-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4311679-4313040(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr06G002952 Chr06 NC_080392.1:42323993-42324000promoter 内 47-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42327947-42330031(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr07G003002 Chr07 NC_080393.1:30811743-30811750promoter 内 43-50 bp + 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 30806545-30807792(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr04G002084 Chr04 NC_080390.1:33604601-33604608promoter 内 38-45 bp - 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33598622-33600645(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr07G002857 Chr07 NC_080393.1:28723747-28723754promoter 内 24-31 bp - 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28727724-28732081(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G003112 Chr02 NC_080388.1:52083162-52083169promoter 内 22-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52087141-52087247(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G004607 Chr01 NC_080387.1:64042901-64042908promoter 内 21-28 bp + 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 64046881-64049414(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr08G001842 Chr08 NC_080394.1:15809967-15809974promoter 内 17-24 bp + 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15805048-15805990(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G005130 Chr02 NC_080388.1:72764516-72764523promoter 内 16-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72768501-72771813(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr02G002265 Chr02 NC_080388.1:40105776-40105783promoter 内 12-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40109765-40113205(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G001868 Chr02 NC_080388.1:33964322-33964329promoter 内 9-16 bp + 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33959567-33960337(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr07G001858 Chr07 NC_080393.1:16111235-16111242promoter 内 9-16 bp + 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16097785-16107250(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr08G003892 Chr08 NC_080394.1:46255972-46255979promoter 内 7-14 bp - 3987 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46259966-46260039(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr04G002915 Chr04 NC_080390.1:45341540-45341547promoter 内 5-12 bp - 3989 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45345536-45345640(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G000974 Chr01 NC_080387.1:20604840-20604847promoter 内 3-10 bp - 3991 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 20596198-20600849(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr03G002343 Chr03 NC_080389.1:36942712-36942719promoter 内 3-10 bp - 3991 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 36936490-36938721(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr02G005145 Chr02 NC_080388.1:72852821-72852828promoter 内 3500-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 5 72853322-72853687(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G001846 Chr08 NC_080394.1:15837048-15837055promoter 内 3916-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 15834196-15836970(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G004826 Chr02 NC_080388.1:70379151-70379158promoter 内 3885-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 70369528-70379042(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G001198 Chr08 NC_080394.1:9653480-9653487promoter 内 3865-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 9650913-9653351(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr07G003408 Chr07 NC_080393.1:37103472-37103479promoter 内 3766-3773 bp + 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 37101773-37103244(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G000134 Chr01 NC_080387.1:2270328-2270335promoter 内 3686-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 2270643-2271913(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr04G002616 Chr04 NC_080390.1:41578657-41578664promoter 内 3658-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 41571501-41578321(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G001344 Chr03 NC_080389.1:15705040-15705047promoter 内 3562-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 15702998-15704608(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G003270 Chr08 NC_080394.1:33720876-33720883promoter 内 3562-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 33717647-33720444(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G003308 Chr05 NC_080391.1:43342951-43342958promoter 内 3397-3404 bp - 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 43339660-43342354(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr08G004170 Chr08 NC_080394.1:51016670-51016677promoter 内 3383-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 51006962-51016059(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr08G001848 Chr08 NC_080394.1:15839662-15839669promoter 内 3106-3113 bp + 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 15840557-15845438(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G004615 Chr03 NC_080389.1:63859652-63859659promoter 内 2996-3003 bp + 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 63860657-63864305(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr04G002036 Chr04 NC_080390.1:33063045-33063052promoter 内 2762-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 33057674-33061813(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G001219 Chr04 NC_080390.1:19032980-19032987promoter 内 2606-2613 bp + 1388 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 19034375-19069557(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr01G004101 Chr01 NC_080387.1:59480571-59480578promoter 内 2577-2584 bp + 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 59479083-59479154(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G003895 Chr01 NC_080387.1:57241784-57241791promoter 内 2309-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 57238650-57240099(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G001729 Chr02 NC_080388.1:31781671-31781678promoter 内 2214-2221 bp + 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 31783458-31786897(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G002562 Chr03 NC_080389.1:40818807-40818814promoter 内 2170-2177 bp + 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 40820638-40821840(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G003992 Chr02 NC_080388.1:62220326-62220333promoter 内 2140-2147 bp - 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 62222187-62223521(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G002343 Chr07 NC_080393.1:21776540-21776547promoter 内 2094-2101 bp - 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 21778447-21780152(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr02G003720 Chr02 NC_080388.1:58815100-58815107promoter 内 1895-1902 bp + 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 58812269-58813001(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G002002 Chr08 NC_080394.1:17796663-17796670promoter 内 1842-1849 bp - 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 17793020-17794511(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr08G001543 Chr08 NC_080394.1:12638386-12638393promoter 内 1745-1752 bp + 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 12630918-12636137(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr01G003896 Chr01 NC_080387.1:57242558-57242565promoter 内 1731-1738 bp - 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 57244828-57245883(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr03G003288 Chr03 NC_080389.1:50984618-50984625promoter 内 1341-1348 bp + 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 50980166-50981965(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G002894 Chr08 NC_080394.1:28832115-28832122promoter 内 1267-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 28834849-28838394(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G004758 Chr02 NC_080388.1:69776136-69776143promoter 内 1194-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 69760159-69773336(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G004759 Chr02 NC_080388.1:69777075-69777082promoter 内 956-963 bp + 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 69780120-69781536(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G003046 Chr01 NC_080387.1:49443306-49443313promoter 内 3981-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 49443326-49448527(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC